[發明專利]對FMR1和FMR2基因5’非翻譯區進行表征的PCR方法

有效

• 申請號: 201080032511.1
• 申請日: 2010-02-16
• 公開（公告）號: CN102449171A
• 公開（公告）日: 2012-05-09
• 發明（設計）人: G.J.拉薩姆;陳良進;S.薩
• 申請（專利權）人: 奧斯瑞根公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 閔丹

1.分析樣品中至少一種模板所包含的至少一種CGG富含區的方法，所述方法包括：

(a)提供至少兩種不同引物，包括含有CGG、CCG、GCG、CGC、GCC或GGC重復的第一引物；和與CGG富含區之外的位點退火的第二引物；

(b)用所述至少兩種不同引物和包含至少一種CGG富含區的至少一種模板進行PCR，其中所述PCR產生一組產物；

(c)利用分辨率高的技術將產物分開，產生產物大小和豐度的表現形式；以及

(d)得出關于所述至少一種CGG富含區中是否存在中斷序列，或者中斷序列在所述至少一種CGG富含區中處于何處的信息。

2.分析樣品中至少一種模板所包含的至少一種CGG富含區的方法，所述方法包括：

(a)提供至少三種不同引物，包括含有CGG、CCG、GCG、CGC、GCC或GGC重復和5’側翼的第一引物；與CGG富含區之外的位點退火的第二引物；和具有第一引物的5’側翼所包含的序列的第三引物，其中第一引物提供的濃度低于第三引物；

(b)用所述至少三種不同引物和所述至少一種模板進行PCR，其中所述PCR產生一組產物；

(c)利用分辨率高的技術將產物分開，產生產物大小和豐度的表現形式；以及

(d)由上述表現形式得出關于所述至少一種CGG富含區中是否存在中斷序列，或者中斷序列在所述至少一種CGG富含區中處于何處的信息。

3.權利要求1或2中任一項所述的方法，包括由所述表現形式得出關于中斷序列在CGG富含區中處于何處的信息。

4.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中所述中斷序列是AGG元件。

5.權利要求1或2中任一項所述的方法，進一步包括由所述表現形式得出關于CGG重復數目的信息。

6.權利要求5所述的方法，其中所述關于CGG重復數目的信息決定了CGG富含重復區包含多于還是少于200個CGG重復。

7.權利要求6所述的方法，其中所述關于CGG重復數目的信息決定了CGG富含區內存在的CGG重復數目。

8.權利要求1或2中任一項所述的方法，附帶條件是由上述表現形式得出關于所述至少一種CGG富含區中是否存在中斷序列，或者中斷序列在所述至少一種CGG富含區中處于何處的信息時，沒有使用外部標準或校準物。

9.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中所述CGG富含區包含在FMR1的5’UTR中。

10.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中所述CGG富含區包含在FMR2的5’UTR中。

11.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中所述高分辨率技術可以將長度相差3個核苷酸或堿基對的產物區分開。

12.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中所述高分辨率技術是毛細管電泳。

13.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中所述表現形式是電泳圖。

14.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中從所述表現形式得出關于CGG富含區中是否存在中斷序列、或者中斷序列在所述CGG富含區中處于何處的信息，包括確定第一引物結合顯著減少的位置。

15.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中從所述表現形式得出關于CGG富含區中是否存在中斷序列，或者中斷序列在所述CGG富含區中處于何處的信息包括確定與相鄰長度的產物量相比，產物的量明顯減少的一個或多個長度。

16.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中從所述表現形式得出關于CGG富含區中是否存在中斷序列，或者中斷序列在所述CGG富含區中處于何處的信息包括確定與相鄰長度的產物量相比，產物的量減少至少50％的一個或多個長度。

17.權利要求1或2中任一項所述的方法，其中從所述表現形式得出關于CGG富含區中是否存在中斷序列，或者中斷序列在所述CGG富含區中處于何處的信息包括確定與相鄰長度的產物量相比，產物的量減少至少90％的一個或多個長度。