[發明專利]用于選擇統計上確認的候選基因的方法

有效

• 申請號: 201080015488.5
• 申請日: 2010-02-05
• 公開（公告）號: CN102369531A
• 公開（公告）日: 2012-03-07
• 發明（設計）人: V.K.基肖爾;郭志剛;李珉;王道龍;L.A.谷迪爾萊茲羅賈斯;J.D.V.克拉克;J.拜勒姆
• 申請（專利權）人: 先正達參股股份有限公司
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張文輝

1.一種選擇與在感興趣的種類中的感興趣的性狀相關聯的一種或多種標記的方法，該方法包括：

a)使用適當編程的計算機來進行全基因組聯合作圖(GWA)從而鑒定與在所述種類的種群中的所述感興趣的性狀相關聯的一種或多種標記；

b)使用適當編程的計算機來進行以下各項之一從而鑒定與所述感興趣的性狀相關聯的一種或多種標記：

i)嵌套聯合作圖(NAM)；以及

ii)表達數量性狀基因座(eQTL)分析；

c)將在步驟(a)中鑒定的每個標記在所述種類的物理遺傳圖譜上進行比對；

d)將步驟在(b)中鑒定的每個標記在步驟(c)中所述的物理遺傳圖譜上進行比對；并且

e)選擇從以下比對產生的任何重疊標記：或者在步驟(c)中的標記與在所述種類中的在相同基因座處的在步驟(d)中映射(mapped)的標記的比對，亦或在步驟(c)中的標記與在其它種類的同線區中的在相同基因座處的在步驟(d)中映射的標記的比對。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述種群是通過在一個單共同親本系與多個創立系中的每一個之間雜交產生的近交種群。

3.如權利要求2所述的方法，其中所述種群包括通過在所述單共同親本與所述多個創立系的每一個之間雜交的子代的一輪或多輪自交而產生的種群。

4.如權利要求1所述的方法，其中在步驟(b)中使用單標記回歸(SMR)模型和多標記回歸(MMR)模型的組合來鑒定所述標記，其中：

a)在使用SMR模型對在性狀值與標記基因型之間的關聯進行評估之前，將非信息基因型去除；并且

b)使用逐步回歸來選擇用于包含在MMR模型中的輔因子標記。

5.如權利要求4所述的方法，其中所述SMR模型包括：

y_ij＝μ+x_ija+g_iu_i+e_ij

其中y_ij是在亞種群i中的個體j的表型值；

其中μ是總平均數；

其中a是QTL的加性效應；

其中g_i是亞種群i的指示變量；

其中u_i是亞種群i的效應；

其中e_ij是殘差；并且

其中如果個體j攜帶來自共同親本的等位基因時x_ij被定義為1，如果個體j攜帶來自其它親本的等位基因時x_ij被定義為-1。

6.如權利要求4所述的方法，其中所述MMR模型包括：

y_ij＝μ+x_ija+∑(k＝1，m)c_ijkb_k+g_iu_i+e_ij

其中y_ij是在亞種群i中的個體j的表型值；

其中μ是總平均數；

其中x_ij是QTL的基因型；

其中a是QTL的加性效應；

其中m是輔因子的總數。

其中c_ijk是用于在亞種群i中的個體j的輔因子標記k；

其中b_k是輔因子標記k的效應；

其中g_i是亞種群i的指示變量；

其中u_i是亞種群i的效應；并且

其中e_ij是殘差。

7.如權利要求6所述的方法，其中這些輔因子標記是基于定義的顯著性水平而選擇的。

8.如權利要求7所述的方法，其中所述顯著性水平是小于或等于0.1。