[發明專利]一種SNP復合檢測體系和檢測方法

有效

• 申請號: 201010577908.0
• 申請日: 2010-12-02
• 公開（公告）號: CN102115788A
• 公開（公告）日: 2011-07-06
• 發明（設計）人: 李彩霞;胡蘭;葛蕓英
• 申請（專利權）人: 公安部物證鑒定中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京同立鈞成知識產權代理有限公司 11205
• 代理人: 劉芳

技術領域

本發明涉及一種基于基因分型的個體檢測體系和方法，尤其涉及一種用于基于SNP位點分型的SNP復合檢測體系和檢測方法。

背景技術

隨著各方面對司法訴訟活動的科學性、客觀性以及準確性要求的不斷提高，物證鑒定領域不斷發展，要求更為精確的分析手段來對案件中檢材的個體來源進行確定，DNA分析由于其檢驗結果精確，成為物證鑒定領域的重要技術手段。

目前法醫DNA實驗室常采用復合PCR-STR分型技術對未知個體來源的檢材進行基于STR位點的分型以達到確定檢材個體來源的目的，該復合PCR-STR分型技術可檢測的DNA片段主要分布在300-400bp之間，但在實際案件中常會遇到因各種因素(包括高溫、潮濕、暴曬、微生物等)發生降解的檢材，主要表現為，檢材中的DNA分子受損，片段斷裂、丟失，分子變小等，使用復合PCR-STR分型技術對這些檢材進行檢測時，經常出現“優勢擴增”或“無效擴增”，導致片段較大的STR基因座無法有效分型。雖然通過改進DNA提取方法，提高模板DNA的濃度和純度，優化PCR擴增條件等在一定程度上提高降解檢材的擴增效率，但仍不能獲得良好的確定檢材個體來源的分型結果，難以滿足案件分析的需要。

SNP是目前為止人類基因組中分布最廣泛、存在數量最多的DNA多態型，每300個堿基對出現一次，NCBI數據庫中dbSNP?Build?131版中人類SNP的數目為23,652,081，SNP廣泛存在于非編碼區和編碼區，比STR要高出幾個數量級，大約90％的人類遺傳變異是單核苷酸多態性。SNP突變率低，相比STR更加穩定可靠，另外SNP片段短，更易進行PCR擴增，并且產物的長度不到100bp，這與300-400bp的STR相比能夠更好的適用于降解的DNA樣本，而且SNP引物結合位點間的距離較近，在法醫鑒定中有利于對高度降解的DNA進行分析。

如何從上述眾多SNP位點中選擇出一組SNP位點構建一種檢測體系可對痕量、降解檢材的DNA同時進行個體識別、ABO基因分型以及性別鑒定，以達到確定檢材個體來源的目的，擴大犯罪現場的檢材范圍，為公安機關刑事執法和行政執法、保障社會公共安全提供有力的技術支撐，成為有待解決的問題。

發明內容

本發明提供一種SNP復合檢測體系，通過確定48個SNP位點，擴增引物組以及微測序引物組，可對未知個體來源的，痕量、降解檢材的DNA同時進行個體識別、ABO基因分型以及性別鑒定，以確定所述痕量、降解檢材的個體來源。

本發明還提供了一種利用所述SNP復合檢測體系進行個體識別、ABO基因分型和性別鑒定的SNP復合檢測的方法，通過該方法可對痕量、降解檢材DNA進行準確的個體識別、ABO基因分型和性別鑒定。

本發明提供SNP復合檢測體系，包括48個SNP位點，擴增引物組、微測序引物組以及通用芯片；

所述擴增引物組中包括與所述48個SNP位點一一對應的48對擴增引物，每對擴增引物能擴增待檢測DNA上包括其相應的SNP位點的突變型或野生型堿基在內的核苷酸序列；

所述微測序引物組中包括與所述48個SNP位點一一對應的48條微測序引物，每條微測序引物的5’端連有標簽序列能與通用芯片上的標簽序列互補，3’端包括與待檢測DNA上其相應的SNP位點之前的核苷酸序列互補的序列；

所述48個SNP位點為：rs8176747、rs10488710、rs2272998、rs689512、rs445251、rs5746846、rs9606186、rs3744163、rs722290、rs521861、rs1821380、rs2269355、rs7520386、rs10773760、rs13218440、rs560681、rs221956、rs4530059、rs338882、rs430046、rs13182883、rs9951171、rs1109037、rs1736442、rs159606、rs321198、rs4606077、rs1336071、rs1294331、rs3780962、rs9905977、rs1058083、rs740598、rs8176720、rs8176719、amelogenin、rs8078417、rs2342747、rs10092491、rs6444724、rs1498553、rs12997453、rs7041158、rs214955、rs6955448、rs993934、rs1523537、rs1053878。