[發明專利]荷包豬SLA-1基因及其應用

無效

• 申請號: 201010545216.8
• 申請日: 2010-11-16
• 公開（公告）號: CN101979575A
• 公開（公告）日: 2011-02-23
• 發明（設計）人: 高鳳山;白婧
• 申請（專利權）人: 大連大學
• 主分類號: C12N15/12
• 分類號: C12N15/12;C12N15/10;C12Q1/68
• 代理公司: 大連東方專利代理有限責任公司 21212
• 代理人: 劉曉琴

技術領域

本發明涉及我國特色品種荷包豬SLA-1等位基因(SLA-1-HB)cDNA的擴增、序列測定和分析，以及利用其進行荷包豬品種鑒定及優化遺傳育種。

背景技術

荷包豬是東北民豬的一個小型類群，分布于遼西封閉山區，因其外形酷似“荷包”而得名。該品種豬長期自繁自育，自然進化，已有300多年歷史；該品種豬野生性強，具有良好的抗病能力；另外該品種豬肉質鮮美，味感醇香，俗有“北方香豬”之稱。1987年被農業部列為國家一級保護豬種，2002年被列入《國家畜禽遺傳資源保護名錄》，2006年被確定為《國家級畜禽遺傳資源保護品種》，是東北地區唯一得到國家保護的豬種。由于荷包豬還沒有開發出利用市場，其保種目前完全依靠國家投入，成本昂貴，保種壓力非常大。為了維持荷包豬數量的穩定，除了自繁自育外，每年要從一些山區農戶收購一些散落的荷包豬。但對其的品種鑒別和人工繁育都缺乏科學有效的指導，這給荷包豬商品化養殖繁育帶來巨大的難題。

本申請的發明人通過長期對荷包豬資源的調查研究，考慮到該品種獨特的性能和地位，推測其在進化上也具有獨特的地位和背景。此外，豬的主要組織相容性復合體(major?histocompatibility?complex，MHC)，又稱之為豬白細胞抗原(swine?leukocyte?antigen，SLA)，其中SLA-1(又稱為SLA-C)是一重要的功能基因。Piontkivska等(2003)報道，脊椎動物的MHC分子代表物種的進化特征，據此推測豬MHC類分子重要功能基因SLA-1有可能反映荷包豬的分子進化背景。基于此，本申請的發明人擬從荷包豬的SLA-1基因入手，針對性地研發準確可靠的品種鑒別方法并為荷包豬優質遺傳育種提供科學數據。

發明內容

本發明的目的之一在于提供荷包豬SLA-1基因序列，發明人通過設計特異性引物，經RT-PCR擴增荷包豬SLA-1基因cDNA，再克隆至pMD-18T載體，然后測序。結果顯示，共克隆出荷包豬SLA-1基因的4個等位基因，即SLA-1-HB01～04，其堿基序列如SEQ?ID?NO：1、SEQ?ID?NO：2、SEQ?ID?NO：3和SEQ?ID?NO：4所示。

本申請的發明人利用RT-PCR擴增得到上述荷包豬SLA-1等位基因，擴增所用的引物序列是：

上游引物pM-1F：5’-ATGGGGCCTGGAGCCCTCTTC-3’(SEQ?ID?NO：5)；

下游引物pM-1R：5’-TTAGGATGCTCATAGGAACACA-3’(SEQ?ID?NO：6)；

擴增PCR程序為：

94℃??5min；

94℃??1min，64℃??1min，72℃??1min，3循環；

94℃??45s，62℃??1min，72℃??1min，3循環；

94℃??1min，60℃??1min，72℃??1min，31循環；

72℃??10min。

本發明的另一目的是提供用于荷包豬品種鑒別及指導遺傳育種的方法。基于上述克隆得到的荷包豬SLA-1基因的4個等位基因序列，發明人調集DDBJ/EMBL/GenBank上除荷包豬外其他58個SLA-1等位基因，利用Gentyx?9.0(Software?Development?co.，Ltd)推導基因的氨基酸序列、DNAMANVersion5.2.2(Lynnon?Biosoft)對SLA-1各等位基因進行序列對比，最后通過Mega2(Mega?software?Co.，Ltd)的neighbor-joining法繪制各基因的分子進化圖譜。

通過分析荷包豬SLA-1-HB的基因分子特征，即特征性氨基酸位點，發明人發現荷包豬SLA-1基因在其編碼區的88位、89位、90位、92位、97位、135位、145位、176位和177位均為特征性氨基酸，具體信息如下表：