[發明專利]一種PDGFRA基因突變檢測液相芯片

有效

• 申請號: 201010292641.0
• 申請日: 2010-09-21
• 公開（公告）號: CN101984072A
• 公開（公告）日: 2011-03-09
• 發明（設計）人: 許嘉森;余剛
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香;曾旻輝

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種PDGFRA基因突變檢測液相芯片。

背景技術

胃腸間質瘤(gastrointestinal?stroml?tumor，GIST)是胃腸道最常見的間葉源性腫瘤，其發病率有逐年增高的趨勢。甲磺酸伊馬替尼(格列衛)是一種分子靶向藥物，用于治療不能切除、或發生轉移的惡性胃腸道間質腫瘤，在GIST的治療中取得了非常好的療效。伊馬替尼的作用機制是抑制血小板衍化生長因子(PDGFR)受體的酪氨酸激酶，從而抑制由PDGFR導的細胞行為，體外實驗顯示伊馬替尼可抑制GIST細胞的增殖并誘導其凋亡。盡管伊馬替尼的療效很好，卻不可避免地出現了耐藥的問題。研究中約15％的病人在服藥2個月內發現原發耐藥，還有獲得性耐藥的產生，其耐藥產生的分子機制差異較大。另外，近2年隨著治療時間的延長，發現約50％本來治療有效的胃腸道間質瘤病人在用藥3年左右發生繼發性耐藥，這成為目前伊馬替尼治療GIST亟待解決的難題。

大多數GISTs存在c-KIT基因以及血小板源性生長因子受體PDGFRA基因突變，其中PDGFRA基因的突變大多發生于胃腸道外GIST(網膜、腹膜)，組織學形態以上皮及混合型細胞為多，并且生物學行為具有高度侵襲危險性，對預后有提示作用。其中發生在PDGFR基因外顯子18上的突變D842V、DIMH?842-845缺失和IMHD?843-846缺失對伊馬替尼耐藥，而發存在外顯子12的V561D突變則對伊馬替尼敏感。因此，檢測GIST患者PDGFRA基因突變情況可用于判斷格列衛治療能否有效，對于指導GIST患者的合理用藥，具有重要的參考價值。

目前對PDGFRA多態性的檢測產品主要有定量PCR、直接測序法、Pyrosequencing焦磷酸測序技術、DHPLC等，存在靈敏度低、樣品易污染、假陽性率高、價格昂貴等缺點，同時由于檢測通量的局限性，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的是提供PDGFRA基因突變檢測液相芯片。該液相芯片可用于檢測PDGFRA基因V561D、DIMH?842-845缺失突變、IMHD?843-846缺失突變、D842V的野生型和突變型。

實現上述目的的技術方案如下：

一種PDGFRA基因突變檢測液相芯片，主要由以下組成：

(A)針對PDGFRA基因的突變位點，分別設計的野生型和突變型的ASPE引物對：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對突變位點的特異性引物組成，所述特異性引物是：針對V561D突變位點的SEQ?ID?NO.8～SEQ?ID?NO.9、針對DIMH?842-845del缺失突變和/或IMHD843-846del缺失突變的SEQ?ID?NO.10～SEQ?ID?NO.12、和/或針對D842V突變位點的SEQ?ID?NO.13～SEQ?ID?NO.14，所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.7；

(B)分別包被有特異的anti-tag序列的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列選自SEQ?ID?NO.15～SEQ?ID?NO.21中的序列，所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對，且所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；

(C)用于擴增具有V561D突變位點、DIMH?842-845del缺失突變、IMHD?843-846del缺失突變和/或D842V的突變位點的PDGFRA基因目標序列的擴增引物。

優選地，所述擴增引物為：針對V561D突變位點的SEQ?ID?NO.22～SEQ?ID?NO.23、和/或針對DIMH?842-845del缺失突變及IMHD?843-846del缺失突變和D842V突變位點的SEQ?ID?NO.24～SEQ?ID?NO.25。