[發明專利]基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法

有效

• 申請號: 201010277719.1
• 申請日: 2010-09-10
• 公開（公告）號: CN101950326A
• 公開（公告）日: 2011-01-19
• 發明（設計）人: 劉曉;唐鴻鈴;黃揚帆;曾浩;劉玲
• 申請（專利權）人: 重慶大學
• 主分類號: G06F19/00
• 分類號: G06F19/00
• 代理公司: 北京同恒源知識產權代理有限公司 11275
• 代理人: 楊明

1.基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法，其特征在于：包括如下步驟：

1)獲取不同物種相同功能區域的DNA編碼序列作為初始序列；

2)對步驟1)所得的初始序列進行數字轉換，得到初始序列對應的數值序列；

3)對步驟2)所得的每個數值序列通過R/S分析方法獲得得到各個數值序列的Hurst指數；

4)利用步驟3)所得的Hurst指數構建距離矩陣；

5)從步驟4)獲得的距離矩陣獲得序列相似性信息，即：距離數值越小的Hurst指數對應的DNA編碼序列，其對應物種相似性越大，反之，其對應物種相似性越小。

2.如權利要求1所述的基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法，其特征在于：所述步驟2)中，采用2D圖形表示法對初始序列進行數字化。

3.如權利要求2所述的基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法，其特征在于：所述步驟3)中，對任一數值序列使用R/S分析方法通過如下步驟獲得數值序列的Hurst指數：

a)通過下式，獲得均值序列：

b)通過下式，獲得累計離差：

c)通過下式，獲得極差：R(n)＝maxu(i，n)-minu(i，n)；

d)通過下式，獲得標準差：

e)若存在常數H使得則H為該序列的Hurst指數；

以上步驟中，3≤n≤N。

4.如權利要求3所述的基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法，其特征在于：步驟e)中，通過在雙對數坐標ln(n)-ln(R(s)/S(n))系下得到N-2個點，利用最小二乘法對N-2個點進行擬合得到Hurst指數。

5.如權利要求1至4中任一項所述的基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法，其特征在于：所述步驟4)中的距離矩陣是所有初始序列對應的Hurst指數兩兩比較所得差值構成的數值矩陣。

6.如權利要求5所述的基于Hurst指數的DNA序列相似性檢測方法，其特征在于：所述數值矩陣為上三角矩陣。