[發明專利]一種與綿羊背膘性狀相關的SNP及其應用

無效

• 申請號: 201010277397.0
• 申請日: 2010-09-10
• 公開（公告）號: CN101942438A
• 公開（公告）日: 2011-01-12
• 發明（設計）人: 杜立新;魏彩虹;張莉;張菊;路國彬
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王加嶺;張慶敏

技術領域

本發明涉及生物工程領域中一種利用單核苷酸多態性預測綿羊背膘性狀的方法。

背景技術

根據一個物種已知的基因序列設計簡并引物是獲得另一個物種未知基因的一種發法。獲得基因后可以利用生物信息學手段對新基因進行功能預測，并通過半定量RT-PCR和熒光定量PCR對該基因進行組織表達分析，通過多態性分析進行驗證。鈣蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin，CAST)基因在小鼠、人、兔和牛等物種存在不同的轉錄本，而且不同的轉錄本在不同組織中的表達存在差異(Emori?et?al.，1987，Proc?Natl?Acad?Sci?USA?84(11)：3590-3594；Killefer?andKoohmaraie，1994，J?Anim?Sci?72(3)：606-614；Takano?et?al.，2000，JBiochem?128(1)：83-92)。Zhu等人發現CAST在睪丸組織中存在一新的亞型，克隆了新基因，并推測可能與精子的發生與關(Zhu，H.et?al.，2002，Acta?Pharmacol?Sin?23(5)：450-454)。

單核苷酸多態性標記(single?nucleotide?polymorphism，SNP)是1996年被美國MIT的E.Lander提出的，被稱為“第二代DNA遺傳標記″。其基本原理是：對于一個經PCR擴增后具有固定長度的DNA片斷，其分子構象是由堿基序列所決定的，因此單個堿基的改變能夠引起DNA分子單鏈或等位基因間形成的錯配異源雙鏈在變性條件下存在微小的構象差別，這些不同的構象體在電泳或高效液相檢測中因移動性的差異而得以區分。SNP的檢測可以通過PCR-SSCP、PCR-RFLP、測序及SNP芯片等多種技術實現。

目前知道牛的CAST基因存在四種轉錄本，但在羊上CAST基因的研究較少，而且GenBank上的序列不能清楚知道它屬于CAST基因的那種轉錄本。有關羊CAST基因SNP的檢測及功能驗證研究還是一個空白，對于羊的標記輔助選擇及育種帶來很大的障礙。

發明內容

本發明的一個目的是提供一種綿羊單核苷酸多態性標記，自SEQID?No?1所示序列的5’端起第162位堿基為G或者T。

本發明還提供上述的綿羊單核苷酸多態性標記在綿羊背膘性狀預測中的應用。

本發明的另一個目的是提供利用單核苷酸多態性預測綿羊背膘性狀的引物，其序列如SEQ?ID?No?2和SEQ?ID?No?3所示。

本發明提供的綿羊單核苷酸多態性標記在綿羊背膘性狀預測中的應用，具體是用上述的引物對綿羊的總DNA進行PCR擴增，然后再對PCR擴增產物進行單核苷酸多態性檢測，確定自序列表中SEQID?No?1的5’端第162位堿基為G還是T，GT基因型的個體的背膘厚度顯著性的大于GG基因型的個體。

所述單核苷酸多態性檢測的方法為DNA測序、聚合酶鏈式反應-限制性酶切位點長度多態性、聚合酶鏈式反應-單鏈構象多態性或等位基因特異的寡核苷酸雜交。優選為聚合酶鏈式反應-限制性酶切位點長度多態性。其中限制性內切酶選用HinfI。

本發明還提供含有SEQ?ID?No?2和SEQ?ID?No?3所述引物的用于單核苷酸多態性預測綿羊背膘性狀的試劑盒。該試劑盒還包括PCR緩沖液、Taq?DNA聚合酶、dNPTs、滅菌雙蒸水。該試劑盒還可包括限制性內切酶HinfI及其緩沖液。

本發明利用綿羊的CAST基因的SNP突變位點進行基因型快速分型。不同的綿羊群體存在這些多態位點上的基因型頻率和基因頻率存在顯著差異。利用一般線性模型對CAST基因的CAST-S3的g.G162T與綿羊的生產性狀進行關聯分析，通過SASv8.02軟件進行線性模型分析發現，CAST-S3的g.G162T突變與背膘厚度間存在關聯，GT型的背膘厚度顯著高于GG型(P＜0.05)。該多態位點的檢出，不僅為分子育種提供了新的素材，同時為綿羊背膘厚度的標記輔助選擇提供科學依據。

附圖說明

圖1為CAST-S3擴增片段的SSCP結果。

圖2為CAST-S3擴增片段的測序峰圖。

圖3為CAST-S3擴增片段的RFLP結果。

具體實施方式

以下實施例用于說明本發明，但不用來限制本發明的范圍。在不背離本發明精神和實質的情況下，對本發明方法、步驟或條件所作的修改或替換，均屬于本發明的范圍。

若未特別指明，實施例中所用的技術手段為本領域技術人員所熟知的常規手段。

實施例1