[發(fā)明專利]一種熒光標記的插入缺失遺傳多態(tài)性位點復(fù)合擴增系統(tǒng)及其應(yīng)用

有效

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• 申請日: 2010-08-13
• 公開（公告）號: CN101956005A
• 公開（公告）日: 2011-01-26
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 趙書民;李成濤;張素華
• 申請（專利權(quán)）人: 司法部司法鑒定科學技術(shù)研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N21/64
• 代理公司: 上海正旦專利代理有限公司 31200
• 代理人: 陸飛;盛志范

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物學檢測技術(shù)領(lǐng)域，涉及檢測人類基因組中具有多態(tài)性的遺傳標記，尤其涉及一種通過復(fù)合擴增35個插入缺失遺傳多態(tài)性標記(Insertion/Deletion,?InDel)來進行的熒光標記復(fù)合擴增系統(tǒng)及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

STR基因座（short?tandem?repeat,?STR）是一類廣泛存在于真核生物基因組中的DNA串聯(lián)重復(fù)序列，其核心序列為2-7bp，重復(fù)次數(shù)通常在15-30次。STR基因座的高度多態(tài)性和其在基因傳遞過程中遵循孟德爾共顯性遺傳規(guī)律等特點，使得PCR-STR復(fù)合擴增熒光檢測技術(shù)已經(jīng)成為國際法醫(yī)學界不可或缺的一項重要技術(shù)手段，在各國的罪犯DNA數(shù)據(jù)庫建設(shè)、個體識別以及親權(quán)鑒定等司法實踐中發(fā)揮著越來越重要的作用。但隨著人們對STR基因座的廣泛應(yīng)用和了解，STR的一些缺陷愈顯突出，主要體現(xiàn)在以下幾方面：一、STR基因座的突變率較高，原本很稀有的突變問題正在成為常見事件，這一問題已經(jīng)引起廣泛關(guān)注；二、STR基因座一般有多個等位基因，等位基因間長度差別大，PCR擴增產(chǎn)物一般較長，不易實現(xiàn)多個基因座的復(fù)合擴增；三、具備法醫(yī)學應(yīng)用價值的STR基因座數(shù)量十分有限。

單核苷酸多態(tài)性(Single?Nucleotide?Polymorphism,?SNP)作為第三代遺傳標記，由于自發(fā)突變率明顯低于STR基因座(10^-8vs10^-3)，且位點多為二等位基因，分型是定性問題，更易于實現(xiàn)自動化。此外，對于單個SNP位點，其擴增產(chǎn)物可以很短，容易實現(xiàn)多個位點復(fù)合擴增，有利于降解檢材、石蠟包埋腫瘤組織等的分型，其應(yīng)用于法醫(yī)學實踐的優(yōu)越性已經(jīng)越來越明確。SNP在美國“9.11”事件遇難者身份識別中已發(fā)揮了重要作用。目前國際法醫(yī)遺傳學界已達成了一種初步共識，即SNP可能是替代STR的理想的遺傳多態(tài)性標記。但是在以往關(guān)于SNP的研究中，選擇的SNP位點均是經(jīng)典的二等位基因SNP，是單個堿基的替換或顛換，采用的技術(shù)平臺無論是Minisequencing(核心是單堿基延伸)、連接反應(yīng)還是質(zhì)普分析，要么需要特殊儀器設(shè)備(如SNPStream、MALDI-TOF質(zhì)普儀)，要么核心技術(shù)為國外技術(shù)公司掌握(如SNPlex)，均不利于在常規(guī)的法醫(yī)學實驗室推廣應(yīng)用。

插入/缺失多態(tài)性(Insertion/Deletion,?InDel)作為一種特殊類型的二等位基因SNP，由于兼具SNP和STR的特征、并可直接采用現(xiàn)已廣泛應(yīng)用的STR分型技術(shù)平臺，而受到了國內(nèi)外法醫(yī)遺傳學者的關(guān)注。國外學者如Pereira等人與Edelmann等人于2009年分別建立了一個包含38個常染色體InDel位點和26個X染色體InDel位點的可用于個體識別目的的復(fù)合擴增體系，該體系采用多色熒光標記，毛細管電泳，依靠插入缺失片段的大小就可以實現(xiàn)快速、準確的進行分型，體現(xiàn)出了InDel遺傳標記在法醫(yī)學中應(yīng)用的優(yōu)越性。目前，針對中國人群開發(fā)的一種熒光標記的插入缺失遺傳多態(tài)性標記復(fù)合擴增系統(tǒng)尚未見報道。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于針對現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種在中國人群中具有高個體識別率的InDel位點并建立相應(yīng)的熒光標記復(fù)合擴增系統(tǒng)。

本發(fā)明的另一個目的在于提供上述復(fù)合擴增系統(tǒng)在為三聯(lián)體親子鑒定、二聯(lián)體親子鑒定、祖孫鑒定、同胞鑒定以及個體識別、疾病診斷和人類學等領(lǐng)域中的應(yīng)用。