[發(fā)明專利]亞洲玉米螟不同發(fā)育時期表達(dá)基因標(biāo)簽庫及差異表達(dá)基因

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201010197338.2
• 申請日: 2010-06-10
• 公開（公告）號: CN102277415A
• 公開（公告）日: 2011-12-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 苗雪霞;李海超;張浩;黃勇平;王玉冰
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司 31100
• 代理人: 陳靜

1.一種獲得亞洲玉米螟(Ostrinia?furnacalis?Guenée)的基因表達(dá)譜的方法，包括：

(S1)獲得亞洲玉米螟某一發(fā)育時期的數(shù)字基因表達(dá)譜，其中包括基因表達(dá)標(biāo)簽的序列及豐度；

(S2)對(S1)獲得的基因表達(dá)標(biāo)簽進(jìn)行生物信息學(xué)分析，從而得知該標(biāo)簽對應(yīng)的基因、其潛在的功能、其表達(dá)量或表達(dá)模式。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的發(fā)育時期包括：卵期、幼蟲期、蛹期、成蟲期。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(S1)包括：

(a1)提取亞洲玉米螟的總RNA，分離出mRNA，反轉(zhuǎn)錄并合成雙鏈cDNA，利用內(nèi)切酶NlaIII切斷雙鏈cDNA，連接帶有Mmel酶識別位點(diǎn)的接頭，然后用Mmel酶切獲得帶有CATG位點(diǎn)的長度為21bp的片段；

(b1)利用Illumina平臺合成基因表達(dá)標(biāo)簽庫并進(jìn)行測序，選擇長度為21bp且拷貝數(shù)高于1的標(biāo)簽；

(c1)統(tǒng)計(jì)(b1)獲得的每個基因表達(dá)標(biāo)簽的豐度。

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(S2)中，所述的生物信息學(xué)分析包括：

基因注釋、標(biāo)準(zhǔn)化；差異基因篩選。

5.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述的差異表達(dá)基因篩選包括：表達(dá)模式聚類分析，GO功能顯著性富集分析，Pathway顯著性富集分析。

6.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述的基因注釋、標(biāo)準(zhǔn)化之前或其間還包括Tag表達(dá)量即分布分析、測序飽和度分析、實(shí)驗(yàn)重復(fù)性分析，共有、特有、差異Tag分析。

7.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述的差異基因篩選之前或其間還包括基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)，反義鏈的轉(zhuǎn)錄分析。