[發明專利]一種利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法

有效

• 申請號: 201010174553.0
• 申請日: 2010-05-18
• 公開（公告）號: CN101845500A
• 公開（公告）日: 2010-09-29
• 發明（設計）人: 李軒;熊慧;郝沛;李亦學
• 申請（專利權）人: 蘇州眾信生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/70
• 代理公司: 南京眾聯專利代理有限公司 32206
• 代理人: 趙楓

1.一種利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是采用

方式一：將10個核酸序列組成的序列條碼(用N代表)加到454建庫adaptor的下游直接與樣本DNA相連的部分(其中字體加粗的部分為序列互補部分)或者，

方式二：將10個核酸序列組成的序列條碼(用N代表)通過2個PCR引物加到測序樣品的一端，核酸序列條碼通過最后一輪PCR引入

5’-NNNNNNNNNN-與樣本序列上游互補的特異序列-3’

5’-NNNNNNNNNN-與樣本序列下游互補的特異序列-3’，或者，

方式三：將高通量測序引導序列和10(5×2)個核酸序列條碼(用N代表)通過PCR加到測序樣品的兩端(每端5個核酸條碼序列)，核酸序列條碼通過最后一輪PCR引入

#PA：5’-CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAG-N5-與樣本序列上游互補的特異序列

#PB：5’-CCTATCCCCTGTGTGCCTTGGCAGTCTCAG-N5-與樣本序列下游互補的特異序列，

上述三種方式DNA序列條碼對不同樣品DNA通過測序平臺高通量測序獲得的豐度數據進行矯正。

2.根據權利要求1所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：所述方式一主要應用于多種不知序列DNA混合片段。

3.根據權利要求2所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：所述方式一通過DNA接頭與DNA樣本的連接(ligation)反應來引入核酸序列條碼，DNA樣本片段利用nebulization的方法打斷后，使用Agencourt的AMPure?XP試劑提取400-800bp的DNA片段，經過末端修復后，利用Klenow?polymerase酶和dATP加入3’A-tail。然后對3，A-tailed?DNA樣品和有酸序列條碼的DNA接頭連接(ligation)。

4.根據權利要求1所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：所述方式二和方式三應用于已知序列的單一或幾種DNA混合片段。

5.根據權利要求4所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：所述單一或幾種DNA混合片段為PCR產物或病毒DNA。

6.根據權利要求4所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：所述方式二和方式三利用與樣本序列互補的特異序列作為引物，通過一輪的PCR反應來引入核酸序列條碼。

7.根據權利要求1所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：所述測序平臺為454Genome?Sequencer、SOLiD或Polynator。

8.根據權利要求7所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：通過方式二引入核酸序列條碼后的產物，還要通過建庫步驟才能進入454的高通量測序的emPCR步驟。

9.根據權利要求7所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：通過方式三引入核酸序列條碼后的產物，可直接進入454的高通量測序的emPCR步驟。

10.根據權利要求7所述的利用DNA序列條碼矯正二代高通量測序的序列豐度偏差的方法，其特征是：適用于病毒或病毒片段的測序、PCR片段的測序、cDNA的測序或DNA序列甲基化分析。