[發明專利]合成編碼文庫的方法

無效

• 申請號: 201010159364.6
• 申請日: 2004-12-17
• 公開（公告）號: CN101864412A
• 公開（公告）日: 2010-10-20
• 發明（設計）人: 巴里·摩根;斯蒂芬·黑爾;克里斯托弗·C·阿里科·馬恩德爾;馬修·克拉克;理查德·瓦格納;戴維德·I·伊斯雷爾;馬爾科爾姆·L·格夫特;丹尼斯·本杰明;尼爾斯·雅各布·維斯特·漢森;馬爾科爾姆·J·卡瓦爾納;斯蒂芬·菲利普·克里澤;喬治·J·富蘭克林;保羅·A·森特里爾拉;雷克沙·A·阿查雅
• 申請（專利權）人: 普雷西斯藥品公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C07H21/00;C40B50/06;C40B40/06;C12Q1/68
• 代理公司: 北京市金杜律師事務所 11256
• 代理人: 陳文平;尚繼棟

1.一種合成包含與編碼寡核苷酸可操作連接的功能部分的分子的方法，該方法包括以下步驟：

(a)提供由包含n個結構單元的起始功能部分組成的起始化合物，其中n是1或大于1的整數，其中該起始功能部分包含至少一個反應基團，并且與起始寡核苷酸可操作連接；

(b)將該起始化合物與包含至少一個互補反應基團的結構單元反應，其中該至少一個互補反應基團與步驟(a)的反應基團互補，反應條件適合所述互補反應基團反應形成共價鍵；

(c)將所述起始寡核苷酸與標識步驟(b)的結構單元的引入寡核苷酸反應，反應條件適合所述引入寡核苷酸與起始寡核苷酸連接形成編碼寡核苷酸，并存在催化起始寡核苷酸與引入寡核苷酸連接的酶；

從而產生包含功能部分的分子，該功能部分含有n+1個結構單元，并且與編碼寡核苷酸可操作連接。

2.權利要求1的方法，其中步驟(c)的功能部分包含反應基團，重復步驟(a)至(c)一次或多次，從而形成循環1至i，其中i是2或大于2的整數，其中循環s的步驟(c)的產物是循環s+1的起始化合物，其中s是i-1或更小的整數。

3.權利要求1的方法，其中步驟(c)在步驟(b)之前，或者步驟(b)在步驟(c)之前。

4.權利要求1的方法，其中所述結構單元的至少一個是氨基酸或活化的氨基酸。

5.權利要求1的方法，其中所述反應基團和互補反應基團選自氨基、羧基、磺酰基、膦酰基、環氧基、吖丙啶基和異氰酸酯基。

6.權利要求1的方法，其中所述反應基團和互補反應基團選自羥基、羧基、磺酰基、膦酰基、環氧基、吖丙啶基和異氰酸酯基。

7.權利要求1的方法，其中所述反應基團和互補反應基團選自氨基和醛基或酮基。

8.權利要求7的方法，其中所述反應基團與互補反應基團之間的反應在還原條件下進行。

9.權利要求1的方法，其中所述反應基團和互補反應基團選自磷葉立德基和醛基或酮基。

10.權利要求1的方法，其中所述反應基團和互補反應基團通過環加成作用反應，形成環結構。

11.權利要求10的方法，其中所述反應基團和互補反應基團選自炔和疊氮基。

12.權利要求10的方法，其中所述反應基團和互補反應基團選自鹵代雜芳基和親核基團。

13.權利要求12的方法，其中所述鹵代雜芳基選自氯代嘧啶、氯代三嗪和氯代嘌呤。

14.權利要求12的方法，其中所述親核基團是氨基。

15.權利要求1的方法，其中所述酶選自DNA連接酶、RNA連接酶、DNA聚合酶、RNA聚合酶和拓撲異構酶。

16.權利要求1的方法，其中所述起始寡核苷酸是雙鏈或單鏈的。

17.權利要求16的方法，其中所述起始寡核苷酸包含PCR引物序列。

18.權利要求16的方法，其中所述起始寡核苷酸是單鏈的，且引入寡核苷酸是單鏈的；或者起始寡核苷酸是雙鏈的，且引入寡核苷酸是雙鏈的。

19.權利要求18的方法，其中起始功能部分和起始寡核苷酸通過連接部分連接。

20.權利要求19的方法，其中所述起始寡核苷酸是雙鏈的，所述連接部分與起始功能部分和與起始寡核苷酸的兩條鏈共價偶聯。

21.權利要求1的方法，其中所述引入寡核苷酸為3到10個核苷酸的長度。

22.權利要求2的方法，其中循環i的引入寡核苷酸包含PCR封閉引物。

23.權利要求2的方法，其在循環i中進一步包括以下步驟：

(d)將包含封閉PCR引物序列的寡核苷酸與編碼寡核苷酸連接。

24.權利要求23的方法，其中在催化所述連接的酶的存在下，將包含封閉PCR引物序列的寡核苷酸與編碼寡核苷酸連接。

25.權利要求2的方法，其在循環i后進一步包括以下步驟：

(e)環化所述功能部分。