[發(fā)明專利]一種基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)產(chǎn)物測序序列分型的實現(xiàn)方法和系統(tǒng)

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201010117703.4
• 申請日: 2010-03-04
• 公開（公告）號: CN101984445A
• 公開（公告）日: 2011-03-09
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 劉濤;樊清華
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: G06F19/00
• 分類號: G06F19/00
• 代理公司: 中國國際貿(mào)易促進(jìn)委員會專利商標(biāo)事務(wù)所 11038
• 代理人: 孫寶海

1.一種基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)產(chǎn)物測序序列分型的實現(xiàn)方法，其特征在于，包括：

通過計算機(jī)程序根據(jù)測序結(jié)果判讀雜合子位點和待分型堿基序列；

將含有雜合子的所述待分型堿基序列比對到對應(yīng)位點的分型數(shù)據(jù)庫，識別所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系；

根據(jù)所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系檢索所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型，根據(jù)定序策略獲得所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型的罰分值；

根據(jù)所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型的罰分值獲得候選型別組合集。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的實現(xiàn)方法，其特征在于，根據(jù)所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系檢索所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型的步驟包括：

從待分型堿基序列中取出變異堿基對應(yīng)位置上的堿基符號，順序排列，然后遍歷預(yù)先建立的所述分型數(shù)據(jù)庫中等位基因型中變異堿基的堿基符號形成的哈希數(shù)組，進(jìn)行打分。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的實現(xiàn)方法，其特征在于，所述定序策略以DNA測序堿基質(zhì)量為單位、按不同錯配類型加權(quán)后的分值累加和作為罰分。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的實現(xiàn)方法，其特征在于，所述定序策略為：

假定錯配位點的質(zhì)量值為q，待測序列Q與標(biāo)的基因型T，則：

(1)缺失位，+1；

(2)非缺失位錯配，基礎(chǔ)罰分為+q；

(3)非缺失位錯配，如果Q為純合子，且不為T中對應(yīng)位置的簡并堿基所包含，則+2q；

(4)非缺失位錯配，如果Q為雜合子，且為T中對應(yīng)位置的堿基所包含，則+2q；

(5)非缺失位錯配，如果Q為雜合子，且不被T中對應(yīng)位置的簡并堿基所包含，則+3q。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的實現(xiàn)方法，其特征在于，通過動態(tài)規(guī)劃算法或者點矩陣方法識別所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的實現(xiàn)方法，其特征在于，還包括步驟：

將測序結(jié)果文件的峰圖圖形化顯示輸出，進(jìn)行峰圖形態(tài)縮放調(diào)節(jié)和/或序列峰圖連動查看。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的實現(xiàn)方法，其特征在于，還包括步驟：

自動存儲分型人員的修改和/或分型結(jié)果。

8.一種基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)產(chǎn)物測序序列分型系統(tǒng)，其特征在于，包括：

堿基序列判斷子系統(tǒng)，用于接收測序結(jié)果，根據(jù)所述測序結(jié)果判讀雜合子位點和待分型堿基序列；

聯(lián)配位置識別子系統(tǒng)，用于接收來自所述堿基序列判斷子系統(tǒng)的待分型堿基序列，將所述待分型堿基序列比對到對應(yīng)位點的分型數(shù)據(jù)庫，識別所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系；

罰分值確定子系統(tǒng)，用于根據(jù)所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系檢索所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型，根據(jù)定序策略獲得所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型的罰分值；

候選型別確定子系統(tǒng)，用于根據(jù)所述分型數(shù)據(jù)庫中的等位基因型的罰分值獲得候選型別組合集。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的分型系統(tǒng)，其特征在于，還包括：

索引預(yù)處理子系統(tǒng)，用于預(yù)先建立所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列，以及所述參考序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的等位基因型序列之間的位置對應(yīng)關(guān)系；根據(jù)所述分型數(shù)據(jù)庫的等位基因型中變異堿基的堿基符號形成的哈希數(shù)組；

所述罰分值確定子系統(tǒng)從待分型堿基序列中取出變異堿基對應(yīng)位置上的堿基符號，順序排列，然后遍歷所述分型數(shù)據(jù)庫的哈希數(shù)組，進(jìn)行打分。

10.根據(jù)權(quán)利要求8或9所述的分型系統(tǒng)，其特征在于，所述定序策略以DNA測序堿基質(zhì)量為單位、按不同錯配類型加權(quán)后的分值累加和作為罰分值。

11.根據(jù)權(quán)利要求8所述的分型系統(tǒng)，其特征在于，聯(lián)配位置識別子系統(tǒng)通過動態(tài)規(guī)劃算法或者點矩陣方法識別所述待分型堿基序列和所述分型數(shù)據(jù)庫的參考序列的聯(lián)配位置關(guān)系。

12.根據(jù)權(quán)利要求8所述的分型系統(tǒng)，其特征在于，還包括：

圖形化顯示子系統(tǒng)，用于將測序結(jié)果文件的峰圖圖形化顯示輸出，進(jìn)行峰圖形態(tài)縮放調(diào)節(jié)和/或序列峰圖連動查看。