[發明專利]多核苷酸作圖和測序

有效

• 申請號: 200980154567.1
• 申請日: 2009-11-18
• 公開（公告）號: CN102292454A
• 公開（公告）日: 2011-12-21
• 發明（設計）人: 肖明;曹涵;帕里克史特·A·德施潘德;邁克爾·博伊斯-加西諾
• 申請（專利權）人: 生物納米芯股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中原信達知識產權代理有限責任公司 11219
• 代理人: 張穎;樊衛民

1.一種分析一個或多個外顯子的相對位置的方法，其包含：

分別使用第一和第二標記物來標記生物聚合物樣本上的第一和第二位置，使得所述第一和第二標記物位于包含至少一個常外顯子的所述生物聚合物樣本第一區域的兩側；和

將所述第一和第二標記物之間的距離與在生物聚合物所述第一區域中可變外顯子的存在或相對位置聯系起來。

2.權利要求1的方法，其中所述生物聚合物包含與mRNA互補的DNA。

3.權利要求1的方法，其中所述第一和第二標記物包含相同的熒光團。

4.權利要求1的方法，其中所述第一和第二標記物包含不同的熒光團。

5.權利要求1的方法，其中將所述第一和第二標記物之間的距離與一個或多個可變外顯子的存在、不存在、或相對位置聯系起來包含將存在于所述生物聚合物樣本上的第一和第二標記物之間的距離與位于已知不含可變外顯子的生物聚合物第一區域兩側的標記物之間的距離進行比較。

6.權利要求1的方法，其中所述聯系包含將所述第一和第二標記物之間的距離與生物聚合物上在第一和第二位置之間缺乏可變外顯子的第一和第二位置之間的距離進行比較。

7.權利要求1的方法，其還包含使用第三標記物來標記生物聚合物樣本上的第三位置。

8.權利要求7的方法，其中所述第三標記物包含與第一標記物、第二標記物、或二者相同的熒光團。

9.權利要求8的方法，其還包含將所述第三標記物和第一標記物、第三標記物和第二標記物之間的距離、或二者與位于第三標記物和第一標記物之間、第三標記物和第二標記物之間、或二者的可變外顯子的存在、不存在、或相對位置聯系起來。

10.權利要求9的方法，其中所述聯系包含將第三和第一標記物之間、第三和第二標記物之間的距離、或二者與生物聚合物上在第三和第一位置之間、第三和第二位置之間、或二者缺乏可變外顯子的第三和第一標記物之間、第三和第二標記物之間的距離、或二者進行比較。

11.權利要求1的方法，其還包含對所述生物聚合物樣本的至少一部分進行線性化。

12.權利要求11的方法，其中生物聚合物樣本的線性化部分包含至少兩個標記物。

13.權利要求1的方法，其中兩個標記物彼此隔開約30bp。

14.權利要求1的方法，其還包含將兩個或更多個探針的相對順序與所述生物聚合物樣本的一個或多個結構特征聯系起來。

15.一種獲得關于DNA樣本的結構信息的方法，其包含：

使用序列特異性切口核酸內切酶使第一個雙鏈DNA樣本產生切口；

將一個或多個染料標記的核苷酸摻入在由所述切口核酸內切酶所產生的兩個或更多個切口位點處；

對包含至少兩個染料標記的核苷酸的所述第一個雙鏈DNA樣本的一部分進行線性化；和

記錄兩個或更多個標記的染料標記的核苷酸的相對位置。

16.權利要求15的方法，其中一個或多個所述標記的核苷酸包含終止核苷酸。

17.權利要求15的方法，其中兩個或更多個染料標記的核苷酸包含相同的熒光團。

18.權利要求15的方法，其還包含將兩個或更多個染料標記的核苷酸的相對位置與所述第一個雙鏈DNA樣本的一個或多個結構特征聯系起來。

19.權利要求15的方法，其還包含確定所述第一個雙鏈DNA樣本在主雙鏈DNA樣本內的相對位置，所述第一個雙鏈DNA樣本來源于所述主雙鏈DNA樣本。

20.權利要求19的方法，其中所述第一個雙鏈DNA樣本是通過消化從所述主雙鏈DNA樣本中獲得的。

21.權利要求15的方法，其還包含：使用序列特異性切口核酸內切酶使第二個雙鏈DNA樣本產生切口，將一個或多個染料標記的核苷酸摻入在由所述切口核酸內切酶產生的兩個或更多個切口位點處，對包含至少兩個染料標記的核苷酸的所述第二個雙鏈DNA樣本的一部分進行線性化，并記錄兩個或更多個標記的染料標記的核苷酸的相對位置。