[發明專利]基因聚類程序、基因聚類方法及基因聚類分析裝置

無效

• 申請號: 200980147398.9
• 申請日: 2009-12-01
• 公開（公告）號: CN102227731A
• 公開（公告）日: 2011-10-26
• 發明（設計）人: 納塔利婭·波盧利亞赫;理查德·諾克;弗蘭克·尼爾森;北野宏明
• 申請（專利權）人: 索尼公司
• 主分類號: G06F19/24
• 分類號: G06F19/24
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 余剛;吳孟秋

1.一種基因聚類程序，用于至少執行以下步驟：

步驟(1)，基于表示基因表達量隨時間的變化的數據計算反映數據間相似性的特征值；

步驟(2)，基于算出的特征值對所有基因組合計算相似性矩陣M的本征向量；

步驟(3)，在保持本征向量的本征值的同時將相似性矩陣M轉換成布爾矩陣N；以及

步驟(4)，基于布爾矩陣N聚類數據。

2.根據權利要求1所述的基因聚類程序，其中，在所述步驟(1)中，通過線性回歸分析或小波變換基于所述數據計算所述特征值。

3.根據權利要求2所述的基因聚類程序，其中，在所述步驟(2)中，利用核方法或余弦相似性基于所述特征值計算所述本征向量。

4.根據權利要求3所述的基因聚類程序，其中，在所述步驟(3)中，通過對稱最近鄰濾波(FSNN)算法將相似性矩陣M轉換成布爾矩陣N。

5.根據權利要求4所述的基因聚類程序，其中，在所述步驟(3)中，在用對稱最近鄰濾波算法進行轉換后，通過圖形拉普拉斯、馬爾科夫鏈、雙隨機近似(DSA)算法或雙隨機尺度(DSS)算法中的任一種將矩陣標準化。

6.根據權利要求5所述的基因聚類程序中，其中，在所述步驟(4)中，通過最大期望(EM)算法和完全正分解(CP)算法進行軟聚類。

7.根據權利要求6所述的基因聚類程序中，其中，在所述步驟(4)中，在軟聚類后通過布萊格曼-亞瑟-瓦斯爾維斯基初始化(BAV)算法進行硬聚類。

8.一種記錄介質，記錄計算機可讀的、根據權利要求1所述的基因聚類程序。

9.一種基因聚類方法，至少包括以下步驟：

步驟(1)，基于表示基因表達量隨時間的變化的數據計算反映數據間相似性的特征值；

步驟(2)，基于算出的特征值對所有基因組合計算相似性矩陣M的本征向量；

步驟(3)，在保持本征向量的本征值的同時將相似性矩陣M轉換成布爾矩陣N；以及

步驟(4)，基于布爾矩陣N聚類數據。

10.一種基因聚類分析裝置，至少包括：

裝置(1)，用于基于表示基因表達量隨時間的變化的數據計算反映數據間相似性的特征值；

裝置(2)，用于基于算出的特征值對所有基因組合計算相似性矩陣M的本征向量；

裝置(3)，用于在保持本征向量的本征值的同時將相似性矩陣M轉換成布爾矩陣N；以及

裝置(4)，用于基于布爾矩陣N聚類數據。