[發明專利]基于甲基化富集母體樣品中胎兒核酸的非侵入性產前診斷用方法和組合物

無效

• 申請號: 200980145856.5
• 申請日: 2009-09-16
• 公開（公告）號: CN102216456A
• 公開（公告）日: 2011-10-12
• 發明（設計）人: M·埃里希;A·O·H·尼格倫
• 申請（專利權）人: 塞昆納姆股份有限公司;塞昆納姆分子醫學中心
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 崔佳佳

1.一種制備胎兒核酸的方法，其包括：

a)提供妊娠女性的樣品；

b)根據所述妊娠女性樣品中胎兒核酸與母體核酸之間的不同甲基化狀態分離該胎兒核酸與相應母體核酸，其中所述胎兒核酸包含SEQ?ID?NO：1-89所示一種或多種多核苷酸序列中的一個或多個CpG位點；和

c)通過將在步驟(b)中分離的胎兒核酸用作模板的方法，制備含胎兒核酸的核酸。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，通過特異性結合甲基化核苷酸的物質分離所述胎兒核酸與所述母體核酸。

3.如權利要求2所述的方法，其特征在于，結合甲基化核苷酸的所述物質是甲基-CpG結合蛋白(MBD)或其片段。

4.如權利要求2所述的方法，其特征在于，結合甲基化核苷酸的所述物質結合甲基化的胎兒核酸。

5.如權利要求2所述的方法，其特征在于，結合甲基化核苷酸的所述物質結合甲基化的母體核酸。

6.如權利要求2所述的方法，其特征在于，借助特異性結合未甲基化核苷酸的物質分離所述胎兒核酸與所述母體核酸。

7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，借助特異性消化未甲基化母體核酸的物質分離所述胎兒核酸與所述母體核酸。

8.如權利要求7所述的方法，其特征在于，所述特異性消化未甲基化母體核酸的物質是甲基化敏感的限制性內切酶。

9.如權利要求8所述的方法，其特征在于，在同一反應中采用兩種或更多種甲基化敏感的限制性內切酶。

10.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟c)的過程是擴增反應。

11.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟c)的過程是測定胎兒核酸的絕對含量的方法。

12.如權利要求1所述的方法，其特征在于，制備SEQ?ID?NO：1-89所示多核苷酸序列中的三種或更多種。

13.一種測定母體樣品中胎兒核酸絕對含量的方法，其中所述母體樣品包含差異甲基化的母體和胎兒核酸，所述方法包括：

a)用一種或多種甲基化敏感的限制性內切酶消化母體樣品中的所述母體核酸，從而富集所述胎兒核酸；和

b)采用非多態性和非亞硫酸氫鹽的定量測定方法測定步驟a)的胎兒核酸的絕對含量。

14.如權利要求13所述的方法，其特征在于，聯用胎兒核酸的絕對含量或濃度與診斷方法來測定胎兒性狀，其中所述診斷方法需要使給定的胎兒核酸絕對含量或濃度符合某些臨床靈敏度或特異性要求。

15.一種測定母體樣品中胎兒核酸濃度的方法，其中所述母體樣品包含差異甲基化的母體和胎兒核酸，所述方法包括：

a)測定所述母體樣品中存在的核酸總量；

b)用甲基化敏感的限制性內切酶消化母體樣品中的所述母體核酸，從而富集所述胎兒核酸；

c)采用非多態性和非亞硫酸氫鹽的定量測定方法測定步驟b)中胎兒核酸的含量；和

d)比較步驟c)的胎兒核酸含量與步驟a)的核酸總量，從而測定所述母體樣品中胎兒核酸的濃度。

16.如權利要求15所述的方法，其特征在于，聯用胎兒核酸的絕對含量或濃度與診斷方法來測定胎兒性狀，其中所述診斷方法需要使給定的胎兒核酸絕對含量或濃度符合某些臨床靈敏度或特異性要求。

17.一種利用母體樣品中的胎兒核酸測定胎兒非整倍性存在與否的方法，其中所述母體樣品包含差異甲基化的母體和胎兒核酸，所述方法包括：

a)用甲基化敏感的限制性內切酶消化母體樣品中的所述母體核酸，從而富集所述胎兒核酸；

b)采用非多態性和非亞硫酸氫鹽的定量測定方法測定靶染色體的胎兒核酸含量；

c)采用非多態性和非亞硫酸氫鹽的定量測定方法測定參比染色體的胎兒核酸含量；

d)比較步驟b)與步驟c)的胎兒核酸含量，胎兒靶核酸與胎兒參比核酸含量之間有統計學顯著差異表明存在胎兒非整倍性。

18.如權利要求17所述的方法，其特征在于，測定靶染色體和參比染色體各自3和15個基因座之間的胎兒核酸含量。