[發明專利]用于預測HIV病毒趨向性和分類氨基酸序列的技術

無效

• 申請號: 200980141385.0
• 申請日: 2009-10-15
• 公開（公告）號: CN102203603A
• 公開（公告）日: 2011-09-28
• 發明（設計）人: 廖國春;鄭明
• 申請（專利權）人: 豪夫邁羅氏有限公司
• 主分類號: G01N33/48
• 分類號: G01N33/48
• 代理公司: 北京東方億思知識產權代理有限責任公司 11258
• 代理人: 肖善強

1.將測試序列歸類為第一類或第二類的方法，所述方法包括：

提供第一訓練組，所述第一訓練組包括數個第一類序列；

提供第二訓練組，所述第二訓練組包括數個第二類序列；

確定與數個位置相關的數個概率，所述數個位置包括位置、在先位置和在后位置，所述多個概率包括：

所述第一類序列上的位置和所述測試序列上的位置被屬于第一特定類別的元件占據的概率，其中所述第一類序列上的在先位置和所述測試序列上的在先位置被屬于第二特定類別的元件占據，并且其中所述第一類序列上的在后位置和所述測試序列上的在后位置被屬于第三特定類別的元件占據；和

所述第二類序列上的位置和所述測試序列上的位置被屬于第四特定類別的元件占據的概率，其中所述第二類序列上的在先位置和所述測試序列上的在先位置被屬于第五特定類別的元件占據，并且其中所述第二類序列上的在后位置和所述測試序列上的在后位置被屬于第六特定類別的元件占據；

基于所述數個概率確定所述測試序列的得分；和

基于所述得分將所述測試序列歸類為第一類或第二類。

2.如權利要求1所述的方法，還包含確定除序列上起始位置和最終位置之外所述序列上每個位置的數個概率。

3.如權利要求1所述的方法，其中確定所述得分包括通過加權因數對所述數個概率中的每個加權。

4.如權利要求1所述的方法，其中所述數個概率還包括：

所述第一類序列上的起始位置和所述測試序列上的起始位置被屬于第七特定類別的元件占據的概率；

所述第一類序列上的最終位置和所述測試序列上的最終位置被屬于第八特定類別的元件占據的概率；

所述第二類序列上的起始位置和所述測試序列上的起始位置被屬于第九特定類別的元件占據的概率；

所述第二類序列上的最終位置和所述測試序列上的最終位置被屬于第十特定類別的元件占據的概率。

5.如權利要求1所述的方法，其中所述測試序列、所述數個第一類序列和所述數個第二類序列是氨基酸序列。

6.如權利要求5所述的方法，其中所述第一類序列包括由CXCR4型人免疫缺陷病毒(HIV)GP120蛋白的V3環組成的氨基酸序列，并且其中所述第二類序列包括由CCR5型人免疫缺陷病毒(HIV)GP120蛋白的V3環組成的氨基酸序列。

7.如權利要求5所述的方法，其中氨基酸被分入四個預定的類別之一，所述四種預定的類別包括：包括H、K和R的第一類別，包括A、F、I、L、M、P、V和W的第二類別，包括C、G、N、Q、S、T和Y的第三類別，和包括D和E的第四類別。

8.如權利要求5所述的方法，其中氨基酸被分入十二種預定的類別之一，所述十二種預定的類別包括：包括A和P的第一類別，包括F和W的第二類別，包括I、L和V的第三類別，包括M的第四類別，包括H的第五類別，包括K和R的第六類別，包括D的第七類別，包括E的第八類別，包括N、S和T的第九類別，包括Q的第十類別，包括C和G的第十一類別，和包括Y的第十二類別。

9.如權利要求5所述的方法，其中氨基酸被分入數個預定的類別之一，所述預定的類別以每種氨基酸的物理-化學特性為基礎。

10.如權利要求5所述的方法，其中二十種氨基酸的每一種組成二十種預定類別之一。

11.如權利要求1所述的方法，其中所述測試序列、所述數個第一類序列和所述數個第二類序列是核酸序列。

12.基于數個數據點對數據點進行歸類的方法，所述方法包括：

提供數個數據點；

將數個數據點再分進數個數據亞組中，所述數個數據亞組的每一個滿足一個標準；

確定數個訓練組，所述數個訓練組的每一個是通過從所述數個數據亞組的每一個中選擇一個數據點而形成；

訓練數個分類器，所述數個分類器的每一個在所述數個訓練組上被訓練；

針對與所述數個分類器相關的數據點確定數個試驗性歸類；和

基于所述數個試驗性歸類的表決，對所述數據點進行歸類。

13.如權利要求12所述的方法，其中所述數據點表示與數個人免疫缺陷病毒(HIV)GP120蛋白的V3環相關的數個測量，所述方法被調整為將氨基酸序列分類為CCR5類序列或CXCR4類序列。