[發明專利]豬的SNP分子標記及其引物

無效

• 申請號: 200910199140.5
• 申請日: 2009-11-20
• 公開（公告）號: CN101705232A
• 公開（公告）日: 2010-05-12
• 發明（設計）人: 唐雪明;吳瀟
• 申請（專利權）人: 上海市農業科學院
• 主分類號: C12N15/12
• 分類號: C12N15/12;C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 上海天翔知識產權代理有限公司 31224
• 代理人: 呂伴

技術領域

本發明涉及基因生物工程領域；進一步來說利用豬的PSMB6的基因，在商品豬廣泛使用的豬種中鑒定到新的SNP分子標記，將此分子標記可用于豬肉產品的DNA溯源。

背景技術

民以食為天，隨著生活水平和保健意識的提高，人們越來越注重食品安全問題。豬肉制品作為人膳食中重要的蛋白質來源，成為食品安全的重要組成部分。肉制品的安全隱患主要是藥物殘留超標和人畜共患病攜帶。因此實現對肉制品的可追溯管理，包括養殖、運輸、屠宰、分割、銷售等各個環節。通過對肉制品的溯源管理，能夠為消費者提供準確而詳細的有關產品的信息，有利于生產經營管理者及時發現各環節中存在的不安全隱患，為消費者提供一個獲取有效可靠信息的途徑，更為重要的是，大大加強了政府部門對肉質品質量安全的監管，為國家迅速建立食品安全風險的應對機制提供有效信息，將有助于社會的安定。

肉制品的溯源方法可以分為物理方法(標簽溯源技術，如條形碼、電子標簽等)、化學方法(包括同位素溯源技術、礦物元素指紋溯源技術、有機物溯源技術等)和生物方法(虹膜特征技術和DNA溯源技術)。由于標簽溯源技術存在標簽丟失、記錄出差、標記圖案模糊不清以及標簽容易人為改換等缺點，而指紋溯源技術、有機物溯源技術、虹膜特征溯源技術分別因為檢測時間長，檢測過程比較復雜，無法規模化而不易推廣，而DNA溯源技術因為其易分型、重復性好、檢測手段簡單快捷、成本低廉等成為目前國際上被公認為最具發展潛力和應用價值的快速溯源技術。

DNA溯源技術的產生源于DNA的遺傳與變異。每個個體所擁有獨一無二的DNA序列，通過分子生物學方法所顯示出來的DNA圖譜也就獨一無二，因此可以把DNA作為像指紋那樣的獨特特征來識別不同的個體。DNA指紋鑒定早已作為一種法醫學物證分析方法運用到人類的刑事案件偵破以及親子鑒定中。同樣，DNA指紋鑒定也適用于肉制品的溯源乃至所有食品的溯源。用于構建個體DNA指紋圖譜的分子標記，早期的有AFLP標記(擴增片段長度多態性)、SSR標記(微衛星標記)，以及新興的SNP標記(單核苷酸多態性)。

AFLP具有的高度可靠性和操作簡便性，但是AFLP存在著對模板反應表現遲鈍、譜帶可能發生錯配與缺失、成本相對比較高等缺點。相比SSR標記和SNP標記來講，AFLP標記更適于品種指紋的鑒定、品種質量和純度的檢測。相比SNP標記，微衛星標記的等位基因眾多，多態豐富，研究表明，每個微型衛星標記的信息容量至少相當于3個SNPs甚至更多SNPs獲得的信息容量，但也正因如此，使得SSR標記的帶型復雜，給DNA指紋識別自動化和規模化帶來困難。

SNP標記是美國學者Lander?E于1996年提出的DNA遺傳標記，是指基因組同一位點上單個核苷酸的變異，從理論上來說每一個SNP位點都可以有4種不同的變異形式，包括置換、顛換、缺失和插入，但實際上發生的只有兩種，即轉換和顛換，二者之比為2∶1，并且大部分表現為二等位基因，非此即彼.SNP標記因分布廣泛，遺傳穩定，并且適宜高通量自動化分析，所以日益成為動物身份識別最受關注的分子標記，并將逐步取代AFLP標記和SSR標記.

豬的育種工作者在長期的研究過程中，積累了大量的SNP標記信息，但并非所有的SNP標記都可以用作溯源，可以用于溯源的SNP標記具有以下特點：(1)變異度高，等位基因頻率接近；(2)品種間等位基因分布差異小；(3)SNP側翼序列不存在任何變異。

專利200410013385.1公開了PSMB6基因，并指出該基因主要參與泛素-蛋白酶體途徑的蛋白水解，還參與其他的代謝途徑。雖然已有的技術對其進行了RFLP分析，但RFLP用于品種指紋的鑒定、品種質量和純度的檢測，對上述的基因的SNP標記研究和用于溯源研究尚未有報道。

發明內容

本發明所要解決的技術問題在于，在商品豬培育中使用廣泛的豬種和組合中篩選PSMB6基因中以尋找可以用于豬肉產品DNA溯源的SNP分子標記。

本發明還提供了一組用于鑒定豬PSMB6基因序列中SNP分子標記的引物。

本發明還提供了用于鑒定豬PSMB6基因序列中SNP分子標記方法。

為了解決上述問題本發明的技術方案是這樣的：

豬PSMB6基因中的SNP分子標記，該分子標記是通過DNApool測序獲得，并根據該SNP標記在試驗群體中等位基因的分布情況，可用于豬肉產品溯源。

所述的豬PSMB6基因的DNA序列，共587bp，其中包含完整內含子1的序列，部分外顯子1和部分的外顯子2的序列。