[發明專利]一種蛋白激酶磷酸化特異位點計算識別方法

無效

• 申請號: 200910191888.0
• 申請日: 2009-12-14
• 公開（公告）號: CN101710365A
• 公開（公告）日: 2010-05-19
• 發明（設計）人: 梁桂兆;馬秀巖;趙巍;楊力;梅虎
• 申請（專利權）人: 重慶大學
• 主分類號: G06F19/00
• 分類號: G06F19/00
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種蛋白激酶磷酸化特異位點計算識別方法，其特征在于包括如下步驟：

a)具體包括a1)精選20種天然氨基酸的629種三維性質參數，包括Randic 分子剖面參數，幾何特征參數，基于不同原子間距的徑向基函數描述子， 基于電衍射法的分子結構表征得到的描述子，加權整體不變分子的描述 子以及幾何、拓撲與原子重量的集合參數；a2)對629種三維性質參數做 主成分分析，得到12個主成分；a3)計算各主成分得分，建立氨基酸三維 性質得分；

b)用氨基酸三維性質得分表征蛋白激酶磷酸化特異位點的結構特征，其中的 每個氨基酸用12個氨基酸三維性質得分表征；

c)用費歇爾準則得分方法挑選與蛋白激酶磷酸化特異位點特征密切相關的 性質參數，并作為模型的輸入變量；

d)用徑向基核支持向量機建立蛋白激酶磷酸化特異位點識別模型，以自取代 檢驗，留1/10法交互檢驗以及外部檢驗驗證模型的預測能力，將每個樣 本的輸入變量帶入模型并識別蛋白激酶磷酸化特異位點。