[發明專利]篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片及其應用

無效

• 申請號: 200910086546.2
• 申請日: 2009-06-05
• 公開（公告）號: CN101570799A
• 公開（公告）日: 2009-11-04
• 發明（設計）人: 張永江;朱水芳;黃新;李明福;李桂芬
• 申請（專利權）人: 中國檢驗檢疫科學研究院
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/68;C40B40/06;C12R1/94
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司
• 代理人: 關 暢;任鳳華

技術領域

本發明涉及篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片及其應用。

背景技術

本發明涉及生物信息學及生物檢測鑒定技術領域，具體地說涉及黃瓜花葉病毒屬已知及未知病毒鑒定的探針及操作系統。主要用于出入境檢驗檢疫系統的黃瓜花葉病毒屬病毒檢疫、植保站植物病毒病的診斷以及植物病毒分類學研究中的病毒鑒定等領域。

根據國際病毒分類委員會(International?Committee?on?Taxonomy?of?Viruses，ICTV)第八次分類報告，黃瓜花葉病毒屬(Cucumovirus)有3種確定病毒，即黃瓜花葉病毒(Cucumber?mosaic?virus，CMV)、花生矮化病毒(Peanut?stunt?virus，PSV)、番茄不孕病毒(Tomato?aspermy?virus，TAV)。代表種黃瓜花葉病毒有很寬的寄主范圍，可侵染1000多種雙子葉和單子葉植物，是我國十字花科、茄科、豆科及葫蘆科蔬菜上最主要的病原病毒之一，也是煙草、香蕉、西番蓮的重要病原，還有許多花卉、藥用植物及野生雜草也受到該病毒侵染。目前，我國已從39個科的120多種植物上分離到該病毒。花生矮化病毒是2007年發布的《中華人民共和國進境植物檢疫性有害生物名錄》中的檢疫性病毒。

由于本屬具有潛在新發檢疫性病毒的可能，同時存在著多種分組，特異性的抗血清及引物在檢測鑒定已知病毒時容易出現漏檢錯檢，而且也無法對本屬內可能存在的未知病毒進行鑒定，從而導致危險性病毒傳播擴散的可能性增加，造成經濟損失和社會影響的風險增大。

目前用于黃瓜花葉病毒屬病毒的檢測方法包括生物學方法、免疫學方法、電子顯微鏡技術、分子生物學技術等，這些方法主要針對黃瓜花葉病毒屬已知病毒進行特異性檢測，對于未知的、新發的病毒的監測無能為力。

發明內容

本發明的目的是提供一種篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片及其應用。

本發明所提供的篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片，是在載體表面固定16種DNA片段陣列的DNA芯片，所述16種DNA片段陣列的核苷酸序列分別為序列表中的序中的序列1至序列16。

本發明的另一個目的是提供一種篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的方法。

本發明所提供的篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的方法，是用所述芯片進行表達檢測植物中黃瓜花葉病毒屬病毒。

本發明的篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片中的探針具有黃瓜花葉病毒屬屬水平上的高兼容性和病毒屬內的特異性，數小時內完成對待檢樣品中可能存在的新發病毒的篩查，所需的樣品量極少，一般僅需0.1g。另外數據的分析與計算機圖像處理軟件相結合，達到分析結果能夠直觀化、可視化。

本發明采用生物信息學方法對黃瓜花葉病毒屬的核苷酸序列進行分析，設計了該屬的兼容性探針，標準毒源驗證結果證明探針效果良好。本發明的篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片可用于黃瓜花葉病毒屬病毒檢疫、植物病毒病的診斷或植物病毒鑒定。

附圖說明

圖1為黃瓜花葉病毒屬病毒篩查芯片探針點陣(7×9)。

圖2為應用TAV標準毒源驗證黃瓜花葉病毒屬篩查芯片的結果。

圖3為應用CMV標準毒源驗證黃瓜花葉病毒屬篩查芯片的結果。

圖4為篩查芯片靈敏度檢測結果。

圖5為PCR靈敏度檢測結果。

具體實施方式

實施例1、篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片

一、制備篩查黃瓜花葉病毒屬病毒的芯片

1、屬級高兼容性寡核苷酸探針的設計

1)從美國國立生物技術信息中心(NCBI)及國際病毒學分類委員會(ICTV)數據庫下載黃瓜花葉病毒屬全基因組及核酸序列數據用于設計探針。

2)分別使用病毒全基因組序列和全部核酸序列設計探針。使用全部核酸序列時需進行篩選，去除小于160bp長度的核酸序列。如果此病毒屬全部核酸序列數目大于300，則使用NCBI的序列比對程序BLASTN對核酸序列去冗余，即如果某核酸序列90％以上長度與其他序列有95％相似度，則從數據庫中刪除此序列。

3)從NCBI?RefSeq數據庫下載全部植物mRNA序列數據、全部動物病毒基因組序列數據及能夠感染植物的細菌基因組序列，用于做為探針設計的特異性數據庫。