[發明專利]乙肝病毒阿德福韋耐藥變異株的檢測探針及其應用方法

無效

• 申請號: 200910055836.0
• 申請日: 2009-08-03
• 公開（公告）號: CN101988129A
• 公開（公告）日: 2011-03-23
• 發明（設計）人: 張繼明;劉紅艷;李義良;毛日成;尹永喜;夏佳慧;范麗麗;李新艷
• 申請（專利權）人: 復旦大學附屬華山醫院
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 上海正旦專利代理有限公司 31200
• 代理人: 吳桂琴;包兆宜

技術領域

本發明屬醫學領域，涉及乙肝病毒阿德福韋耐藥變異株的檢測探針及慢性乙肝患者使用阿德福韋抗病毒治療后耐藥情況的臨床監測。

背景技術

阿德福韋酯(adefovir?dipivoxil，ADV)是開環嘌呤類核苷酸類似物，不僅對慢性乙型肝炎患者有較好的療效，對阿德福韋耐藥的HBV也有較好的抑制作用，已被廣泛應用于慢性乙型肝炎患者(包括阿德福韋耐藥患者)的治療。盡管HBV對阿德福韋耐藥的發生率低于拉米夫定，但長期服用仍有較高的耐藥率，對于初治的患者，ADV治療5年的耐藥率分別為0，2％～3％，5.9％～11％，18％，28％；對于LAM治療失敗后換用ADV單藥治療的患者，ADV的耐藥率更高，1～2年的耐藥率分別為6.4％～17.5％和25.4％。目前已證實ADV耐藥相關的變異主要包括有兩種：rtA181V/T/S和rtN236T。對于阿德福韋耐藥變異的檢測，除了DNA測序分析之外，國外報道可使用聚合酶鏈反應-限制性片段長度多態性分析(PCR-RFLP)、INNO-LiPA探針檢測法、PCR及固相雜交等方法。測序分析方法需要昂貴的測序儀，檢測過程耗時較長，且只有當病毒群中HBV變異株至少占30％以上時(通常需50％以上)，才能檢測到變異株，用于變異株檢測有較大的局限性；基于PCR的方法可能一次只能檢測一種類型的變異；而RFLP方法只能判斷有無變異，具體的點突變的情況無法檢測；INNO-LiPA探針檢測法雖然靈敏度較高，但檢測成本較高，且操作復雜耗時，檢測通量較低，同時價格昂貴，應用受到限制，難以在我國推廣應用。為了適應我國的國情，滿足醫療、科研的需要，急需建立快速、簡便的、高度敏感性和特異性的高通量檢測阿德福韋變異株的方法。

對于LAM耐藥相關性變異的檢測，除了DNA測序分析之外，國外報道可使用聚合酶鏈反應-限制性片段長度多態性分析(PCR-RFLP)、INNO-LiPA探針檢測法、特異性PCR及固相芯片等方法。測序分析方法需要昂貴的測序儀，檢測過程耗時較長，且只有當病毒群中HBV變異株至少占30％以上時(通常需50％以上)，才能檢測到變異株，用于變異株的早期檢測有較大的局限性；基于PCR-RFLP的方法可能一次只能檢測一種類型的變異；而INNO-LiPA探針檢測法雖然靈敏度較高，但檢測成本較高，且操作復雜耗時，檢測通量較低，同時價格昂貴，推廣應用受到限制。

發明內容

本發明的目的是提供一種乙肝病毒阿德福韋耐藥變異株的檢測探針及相應的乙肝病毒阿德福韋相關變異應用檢測方法。

本發明提供了一種乙肝病毒阿德福韋耐藥變異株的檢測探針，該檢測探針可以是SEQ?ID?NO?6、SEQ?ID?NO?7、SEQ?ID?NO?8、SEQ?ID?NO?9、SEQ?ID?NO10、SEQ?ID?NO?11、SEQ?ID?NO?12、SEQ?ID?NO?13、SEQ?ID?NO?14、SEQ?IDNO?15、SEQID?NO?16、SEQID?NO?17、SEQ?ID?NO?18或者SEQ?ID?NO?19中的一種或者幾種。

較好的，該探針由SEQ?ID?NO?6、SEQID?NO?7、SEQ?ID?NO?8、SEQ?IDNO?9、SEQ?ID?NO?10、SEQ?ID?NO?11、SEQ?ID?NO?12或者SEQ?ID?NO?13中的一種或者幾種，以及SEQ?ID?NO?14、SEQ?ID?NO?15、SEQ?ID?NO?16、SEQID?NO?17、SEQ?ID?NO?18或者SEQ?ID?NO?19中的一種或者幾種組成。

將序列如SEQ?ID?NO?6、SEQ?ID?NO?7、SEQ?ID?NO?8、SEQ?ID?NO?9、SEQ?ID?NO?10、SEQ?ID?NO?11、SEQ?ID?NO?12或者SEQ?ID?NO?13中的一種寡聚核苷酸分子與序列如SEQ?ID?NO?14、SEQ?ID?NO?15、SEQ?ID?NO?16、SEQ?ID?NO?17、SEQ?ID?NO?18或者SEQ?ID?NO?19所示的一種寡聚核苷酸分子組合，進行檢測可同時獲得兩個耐藥性位點的測試結果，能夠更準確地獲得樣本的阿德福韋耐藥性特征。