[發明專利]區分結腸直腸腺瘤和腺癌的方法和工具

無效

• 申請號: 200880011036.2
• 申請日: 2008-04-03
• 公開（公告）號: CN101711362A
• 公開（公告）日: 2010-05-19
• 發明（設計）人: G·A·梅杰;B·平托莫雷斯德卡瓦爾霍
• 申請（專利權）人: 基督教高等教育科學研究及病人護理協會
• 主分類號: G01N33/574
• 分類號: G01N33/574
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 李波;劉紅

發明領域

本發明涉及用于腫瘤診斷，更具體是用于診斷結腸直腸腺瘤和腺癌的方法。本發明進一步提供了用于進行這些方法的標記基因、探針和陣列。

發明背景

胃腸道的結腸直腸部分的癌癥是一種常見病癥。在第一階段，發生良性腫瘤(腺瘤)，其可以轉變為惡性癌癥(腺癌)。不是所有的腺瘤都進展為腺癌。實際上，這種向腺癌的進展僅僅發生在小的腫瘤亞群中。基因組不穩定性的起始是關鍵步驟，并且在結腸直腸癌中以兩種方式發生(Lengauer?et?al.(1998)Nature，396，643-649)。已經最廣泛研究了導致微衛星不穩定性(縮寫為MIS或MIN)的DNA錯配修復缺陷(di?Pietro?et?al.(2005)Gastroenterology，129，1047-1059)，但僅僅解釋了約15％的腺瘤進展為腺癌。在結腸直腸腺瘤進展為腺癌的其他85％的情況下，基因組不穩定在染色體水平(CIN)發生，產生非整倍性。盡管在長時間中，這些染色體異常被認為是繼發于癌癥發展的隨機噪音，已經充分確立了這些DNA拷貝數改變以特定模式發生，并且與不同的臨床行為相關(Hermsen?et?al.(2002).Gastroenterology?123，1109-1119)。在結腸直腸癌中經常報道的染色體異常是7pq，8q，13q，20q獲得和4pq，5q，8p，15q，17p，18q缺失。已經顯示了8q，13q和20q獲得以及8p，15q，17p和18q缺失與結腸直腸腺瘤進展為腺癌相關(Hermsen?et?al.(2002)cited?above)。染色體臂20q的獲得是在結腸直腸癌中觀察到的最常見的獲得，在65％以上的情況下改變(Meijer?etal.(1998)J.Clin.Pathol.51，901-909)。20q上的獲得，特別是20q12-q13區上的獲得，也通常在其他類型的實體瘤中描述，并且與胃和結腸直腸癌的不良結局相關。

臨床上最重要的是盡量早期鑒定上述腺瘤向腺癌的進展，使得能夠早期治療癌，同時避免對腺瘤的不必要的手術干預。理想地，腺癌可以在惡性的細胞存在通過經典顯微鏡分析還不能檢測的階段時就被鑒定出來。

不同的研究參照了單個或有限組的基因，與腺癌相比，它們在腺瘤中顯示不同的表達水平，大多數情況下與作為基礎的染色體不穩定性不相關(Habermann?et?al.(2007)Genes?Chromosomes?Cancer.46，10-26，US20040258761)。

發明概述

本發明基于以下觀察結果，即，當與結腸直腸腺瘤細胞的基因表達模式相比時，在結腸直腸腺癌細胞中的基因表達模式中存在顯著差異，并且這些差異與腺癌中的染色體異常的存在相關。因此，可以根據染色體異常對腺癌分類，并且已經鑒定了這些染色體異常的標記基因。在本分析中調查的大量樣品得到了用于所有存在的染色體異常的一個標記基因集合。

因此，本發明涉及用于癌癥診斷的方法和工具，更特別是用于區分結腸和/或直腸中的腺瘤和癌的方法和工具。更具體地，本發明涉及檢測腺瘤向腺癌的進展。本發明的方法的優點是它們允許在非常早的階段，即在能夠通過回波描記術、放射照相術或MRI(核磁共振成像)檢測到腺癌細胞的存在之前，就能夠檢測到腺癌細胞的存在。

本發明基于以下發現，即，結腸直腸腺瘤進展為腺癌，通常是由腺瘤細胞中的染色體獲得或缺失的出現而導致的。因此，本發明提供了通過間接分析方法檢測染色體獲得或缺失而檢測腺癌的方法和工具。

根據本發明，與從結腸直腸腺瘤進展為腺癌相關的染色體獲得或缺失是通過檢測染色體獲得或缺失的標記基因的改變的表達水平而間接檢測的。

可以將表達與染色體獲得或缺失相關的標記基因分為兩類。第一類基因是位于獲得或缺失的染色體區域中的那些基因。盡管位于缺失的染色體區域中的基因將不被表達，但細胞中的調節機制可以上調其他完整染色體上的相應基因的表達。與可以預期的相反，并不是位于染色體獲得區域上的所有基因都超量表達。因此，僅僅了解染色體獲得或缺失區域內的基因的位置還不足以預測基因的表達是否受影響，并且如果受影響，還不足以預測是如何受影響的。第二類基因是這樣的基因，即自身不位于染色體獲得或缺失的區域中，但其表達受到位于染色體異常上的一個或多個基因的影響。

本發明提供了標記基因的組合，其允許可靠檢測樣品中腺癌細胞的存在。

一方面，本發明公開了標記基因，其以前沒有被鑒定為結腸直腸腺瘤細胞進展為癌細胞的標記基因(表17)。