[發(fā)明專利]一種單核苷酸多態(tài)性檢測方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200810218343.X
• 申請日: 2008-12-12
• 公開（公告）號: CN101539967A
• 公開（公告）日: 2009-09-23
• 發(fā)明（設計）人: 李英睿;李瑞強;方曉東;李松崗;余昶;王俊;楊煥明;汪建
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳華大基因研究院;深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: G06F19/00
• 分類號: G06F19/00;C12Q1/68
• 代理公司: 深圳中一專利商標事務所
• 代理人: 張全文

1.一種單核苷酸多態(tài)性檢測方法，其特征在于，所述方法包括下述步驟：

將高通量測序技術(shù)得到的測序片段比對到參考基因組序列上；

將測序得到的待測基因組中每個堿基的測序質(zhì)量分數(shù)轉(zhuǎn)換為堿基錯配率，并根據(jù)比對到參考基因組上的每個位點的所有測序片段堿基的錯配率之積，得到待測基因組上對應位點的各種基因型的似然概率；

根據(jù)所述似然概率和為每種基因型預設的先驗概率，計算參考基因組上每個位點上每種基因型的后驗概率，并將后驗概率最高的基因型確定為待測基因組對應位點最有可能正確的基因型，得到待測基因組的一致序列；

檢測待測基因組的一致序列中與參考基因組序列不一致的位點，得到待測基因組中的多態(tài)性位點。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，在所述將測序得到的待測基因組中每個堿基的測序質(zhì)量分數(shù)轉(zhuǎn)換為堿基錯配率，并根據(jù)比對到參考基因組上的每個位點的所有測序片段堿基的錯配率之積，得到待測基因組上對應位點的各種基因型的似然概率的步驟之前，所述方法還包括下述步驟：

對測序得到的待測基因組中每個堿基的測序質(zhì)量分數(shù)進行校正。

3.如權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述對測序得到的待測基因組中每個堿基的測序質(zhì)量分數(shù)進行校正的步驟具體為：

根據(jù)唯一比對到參考基因組序列的測序片段，統(tǒng)計特定測序質(zhì)量分數(shù)和測序序列坐標下每兩種堿基之間的錯配比例，將所述錯配比例作為錯配率的估計，記錄在四維概率矩陣中；

對于參考基因組上每一個位點，收集比對在該位點上所有的測序片段的堿基，并記錄其堿基類型、測序質(zhì)量分數(shù)和在測序片段上的序列坐標，從四維概率矩陣中查出四種堿基觀察到測序堿基的概率。

4.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，在所述根據(jù)唯一比對到參考基因組序列的測序片段，統(tǒng)計特定測序質(zhì)量分數(shù)和測序序列坐標下每兩種堿基之間的錯配比例，將所述錯配比例作為錯配率的估計，記錄在四維概率矩陣中的步驟之前，所述方法還包括下述步驟：

過濾掉已知的單核苷酸多態(tài)性位點。

5.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，當比對到參考基因組上的測序片段中有N個相同測序片段，且所述N個相同測序片段在參考基因組上定位相同時，所述N為正整數(shù)，所述方法還包括：

當?shù)贜條測序片段比對到參考基因組的位點時，將從四維概率矩陣中查出四種堿基觀察到測序堿基的概率×校正因子(N-1)后的積進行概率歸一化后，得到待測基因組上對應位點的各種基因型的似然概率。

6.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述將測序得到的待測基因組中每個堿基的測序質(zhì)量分數(shù)轉(zhuǎn)換為堿基錯配率，并根據(jù)比對到參考基因組上的每個位點的所有測序片段堿基的錯配率之積，得到待測基因組上對應位點的各種基因型的似然概率的步驟具體為：

根據(jù)從四維概率矩陣中查出的每一種真實基因型觀察到每一個單獨堿基的概率之積，得到待測基因組上對應位點的各種基因型的似然概率。

7.如權(quán)利要求1至6任一權(quán)利要求所述的方法，其特征在于，所述方法還包括下述步驟：

將后驗概率最高的基因型確定為待測基因組對應位點最有可能正確的基因型時，所述基因型正確的概率為所述基因型的后驗概率在對應位點每種基因型的后驗概率之和中所占的比例；

將所述基因型正確的概率轉(zhuǎn)換為質(zhì)量分數(shù)，并通過對質(zhì)量分數(shù)設置閥值，過濾掉檢測出的潛在多態(tài)性位點中質(zhì)量分數(shù)小于設置的閥值的多態(tài)性位點。

8.如權(quán)利要求1至6任一權(quán)利要求所述的方法，其特征在于，所述方法還包括下述步驟：

對支持多態(tài)性堿基型的測序片段的數(shù)目設定閥值，過濾掉支持多態(tài)性堿基型的測序片段的數(shù)目小于預設閥值的多態(tài)性位點。

9.如權(quán)利要求1至6任一權(quán)利要求所述的方法，其特征在于，所述方法還包括下述步驟：

比較檢測出的多態(tài)性位點之間的距離，并過濾掉距離小于預設閥值的多態(tài)性位點。