[發(fā)明專利]一種聯(lián)合限制性酶切法和質(zhì)譜法以檢測(cè)SNP的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200810085029.9
• 申請(qǐng)日: 2008-03-14
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN101251510A
• 公開(kāi)（公告）日: 2008-08-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 趙洪斌;馬慶偉;于中連;呂芳;呂萍萍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 毅新興業(yè)（北京）科技有限公司
• 主分類號(hào): G01N27/64
• 分類號(hào): G01N27/64;C12Q1/68
• 代理公司: 暫無(wú)信息
• 代理人: 暫無(wú)信息

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及到基因組學(xué)和分子生物學(xué)中有機(jī)生物分子特別是核酸分子的質(zhì) 譜分析，具體是提供一種聯(lián)合限制性酶切法和質(zhì)譜法以檢測(cè)單核苷酸多態(tài)性的 方法，更具體地說(shuō)，提供一種在基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜 (MALDI-TOF?MS)中對(duì)基因組單核苷酸多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)的方法。

技術(shù)背景

人類的遺傳信息儲(chǔ)存在基因組中，2002年國(guó)際合作項(xiàng)目人類基因組計(jì)劃的 最終完成，繪制出了人類基因組結(jié)構(gòu)的精細(xì)圖，為相關(guān)研究提供了參考序列。 人類基因組序列共由30億個(gè)位點(diǎn)組成，研究表明，任意兩個(gè)人之間的基因組差 異在0.1％左右，即大約300萬(wàn)個(gè)位點(diǎn)的差異。這些差異極有可能是造成兩個(gè)人 之間個(gè)體差異的遺傳因素。發(fā)現(xiàn)這些位點(diǎn)，可廣泛地應(yīng)用于遺傳標(biāo)記的研究、 評(píng)估個(gè)體遺傳關(guān)系、評(píng)估物種進(jìn)化等研究領(lǐng)域。

在人類基因組中，約90％的差異是以單個(gè)核苷酸的形式體現(xiàn)出來(lái)的，這樣 的差異位點(diǎn)被稱作單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?polymorphism，SNP)。SNP 具有兩個(gè)顯著的特點(diǎn)：一是數(shù)目眾多，據(jù)估計(jì)人類基因組中的SNP數(shù)目約在1100 萬(wàn)左右，目前國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù)dbSNP中已收錄來(lái)源于人類基因組的SNP達(dá)1083萬(wàn)， 其中經(jīng)過(guò)確認(rèn)的為644萬(wàn)(截至2007年8月22日)，如此大量的SNP方便了研 究這選擇合適的位點(diǎn)進(jìn)行研究，也使得絕大多數(shù)基因組區(qū)域在SNP效力的覆蓋 范圍內(nèi)；另外一個(gè)特點(diǎn)是SNP位點(diǎn)大多數(shù)為雙態(tài)，即在一個(gè)位點(diǎn)上僅有兩種表 現(xiàn)形式(基因型)，這樣很容易就能設(shè)計(jì)出高通量自動(dòng)化的檢測(cè)方法。正因?yàn)檫@ 兩個(gè)特點(diǎn)，使得SNP位點(diǎn)越來(lái)越受到研究者的青睞，被譽(yù)為是繼限制性片段長(zhǎng) 度多態(tài)性(Restriction?Fragment?Length?Polymorphism，RFLP)和短串聯(lián)重復(fù)序 列(short?tandem?repeat，STR)之后的第三代分子標(biāo)記物。人類基因組計(jì)劃完成 前后，基因組學(xué)研究的重點(diǎn)逐漸轉(zhuǎn)向SNP領(lǐng)域，因此，SNP在遺傳標(biāo)記學(xué)、生 物群體遺傳學(xué)、生物分類學(xué)、遺傳育種學(xué)、物種或人類進(jìn)化學(xué)、法科學(xué)、藥物 基因組學(xué)等領(lǐng)域都有重要的應(yīng)用。

例如，SNP的豐富性和雙等位基因特性使作物或家畜遺傳作圖更加精細(xì)， 使得育種工作者能夠更精確的進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇(MAS)和標(biāo)記輔助導(dǎo)入(MAI)， 降低或消除了目的基因之外的遺傳背景對(duì)這些技術(shù)帶來(lái)的不良影響，同時(shí)也給 品種資源和品種純度鑒定帶來(lái)嶄新局面。姜運(yùn)良等人通過(guò)對(duì)3種“雙肌臀”豬 品種的肌肉生長(zhǎng)抑制基因3個(gè)不同位點(diǎn)進(jìn)行分析，獲得肉質(zhì)提高的新品種。 Monna等人利用SNP標(biāo)記技術(shù)成功地將水稻半矮桿基因sd-1圖位克隆，Shen 等人構(gòu)建了水稻全基因組SNP數(shù)據(jù)庫(kù)，并成功地篩選多個(gè)水稻功能基因。

例如，不同個(gè)體中存在的SNP差異，成為了法科學(xué)中身份鑒別的有力工具。 Gabirel等人對(duì)105個(gè)樣本的線粒體HVI/HVII區(qū)域的SNP進(jìn)行分析，并用途分 析了實(shí)際案例中毛發(fā)和骨骼等檢材，證明了該方法用于法醫(yī)檢案是可行的。李 莉、李成濤等人對(duì)人HLA-DR基因的SNP進(jìn)行檢驗(yàn)，在應(yīng)用于親子關(guān)系鑒定的 25個(gè)案例中，成功率達(dá)到96％。