[發明專利]一種人類基因啟動子識別方法

無效

• 申請號: 200810069941.5
• 申請日: 2008-07-08
• 公開（公告）號: CN101307359A
• 公開（公告）日: 2008-11-19
• 發明（設計）人: 梁桂兆;舒茂;梅虎;楊力;李志良
• 申請（專利權）人: 重慶大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種人類基因啟動子識別方法，其特征在于包括如下步驟：

a)基于主成分分析方法，構建堿基廣義性質得分表征體系；

b)應用堿基廣義性質得分對人類基因啟動子和非啟動子的結構進行表征；

c)用自交叉協方差方法對每個人類基因啟動子和非啟動子的表征變量做歸一化處理；

d)用徑向基核支持向量機建立人類基因啟動子識別模型。

2.根據權利要求1的一種人類基因啟動子識別方法，其特征在于步驟a)具體包括如下步驟：

a1)選擇5種堿基的1209種0D-3D性質參數；

a2)對1209種性質參數做相關性分析，精選得到41個性質參數；

a3)用主成分分析法處理得到的堿基性質參數，得到4個主成分；

a4)計算各主成分得分，將得分矢量定義為堿基廣義性質得分。

3.根據權利要求2的一種人類基因啟動子識別方法，其特征在于步驟b)具體包括：用堿基廣義性質得分矢量所涉及的4個主成分對人類基因啟動子和非啟動子的序列進行表征，序列中的每個堿基用4個堿基廣義性質得分矢量表征。

4.根據權利要求3的一種人類基因啟動子識別方法，其特征在于步驟c)具體包括如下步驟：用自交叉協方差處理得到的每個啟動子和非啟動子序列的表征變量，設置步長l為6，使每個序列的表征變量數目一致，并將經自交叉協方差處理得到的變量作為啟動子識別模型的自變量。

5.根據權利要求1至4中任一項的一種人類基因啟動子識別方法，其特征在于步驟d)具體包括如下步驟：首先定義兩個指示變量，分別用“1”表示啟動子樣本，用“-1”表示非啟動子樣本，以此指示變量作為啟動子識別模型的因變量，用徑向基核支持向量機建立人類基因啟動子識別模型。