[發(fā)明專利]一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200810069934.5
• 申請(qǐng)日: 2008-07-07
• 公開（公告）號(hào): CN101320405A
• 公開（公告）日: 2008-12-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 梁桂兆;康麗芳;梅虎;楊力;李志良
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 重慶大學(xué)
• 主分類號(hào): G06F19/00
• 分類號(hào): G06F19/00
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• 代理人: 暫無(wú)信息

1.一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于包括如下步驟：

a)精選天然氨基酸的1369種多維變量參數(shù)，包括構(gòu)成特征、官能團(tuán)數(shù)目、原子中心碎片、分子特性、分子電性作用矢量、分子電距矢量、全息分子電距矢量、拓?fù)?、拓?fù)潆姾芍笖?shù)、運(yùn)轉(zhuǎn)和路徑數(shù)目、邊緣鄰接指數(shù)、Burden特征值、自相關(guān)、連接性指數(shù)、信息指數(shù)、特征值指數(shù)、Randic分子剖面、幾何特征、基于不同原子間距的徑向基函數(shù)特征、基于電衍射法的分子結(jié)構(gòu)表征參數(shù)、加權(quán)整體不變分子的特征及幾何、拓?fù)渑c原子重量的集合參數(shù)，基于主成分分析方法，建立氨基酸多維信息得分矢量；

b)應(yīng)用氨基酸多維信息得分矢量對(duì)人免疫缺陷病毒蛋白酶可裂解肽與非裂解肽的結(jié)構(gòu)進(jìn)行表征；

c)用逐步方法挑選與肽裂解密切相關(guān)的性質(zhì)參數(shù)；

d)應(yīng)用線性判別分析方法建立裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析模型；

e)分別以自取代檢驗(yàn)，留一法交互檢驗(yàn)以及外部檢驗(yàn)驗(yàn)證模型的預(yù)測(cè)能力；

f)對(duì)人免疫缺陷病毒蛋白酶可裂解肽與非裂解肽的各位點(diǎn)的性質(zhì)參數(shù)進(jìn)行方差分析。

2.根據(jù)權(quán)利要求1的一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于步驟a)具體包括如下步驟：

a1)精選天然氨基酸的1369種多維變量參數(shù)，包括構(gòu)成特征、官能團(tuán)數(shù)目、原子中心碎片、分子特性、分子電性作用矢量、分子電距矢量、全息分子電距矢量、拓?fù)?、拓?fù)潆姾芍笖?shù)、運(yùn)轉(zhuǎn)和路徑數(shù)目、邊緣鄰接指數(shù)、Burden特征值、自相關(guān)、連接性指數(shù)、信息指數(shù)、特征值指數(shù)、Randic分子剖面、幾何特征、基于不同原子間距的徑向基函數(shù)特征、基于電衍射法的分子結(jié)構(gòu)表征參數(shù)、加權(quán)整體不變分子的特征及幾何、拓?fù)渑c原子重量的集合參數(shù)；

a2)用主成分分析法處理精選得到的氨基酸變量參數(shù)，得到13個(gè)主成分；

a3)計(jì)算各主成分得分，將得分矢量定義為氨基酸多維信息得分矢量。

3.根據(jù)權(quán)利要求2的一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于步驟b)具體包括：用氨基酸多維信息得分矢量所涉及的13個(gè)主成分對(duì)人免疫缺陷病毒蛋白酶可裂解肽與非裂解肽的序列進(jìn)行表征，其中每個(gè)氨基酸殘基用13個(gè)氨基酸多維信息得分矢量表征，并將表征結(jié)果作為裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)模型的自變量。

4.根據(jù)權(quán)利要求3的一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于步驟c)具體包括：用逐步方法挑選與肽裂解密切相關(guān)的結(jié)構(gòu)性質(zhì)參數(shù)，以偏F檢驗(yàn)對(duì)應(yīng)的F值為依據(jù)，當(dāng)F值大于3.84時(shí)，則該變量留在模型中，當(dāng)該變量對(duì)應(yīng)F值小于2.71時(shí)，則剔除該變量。

5.根據(jù)權(quán)利要求4的一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于步驟d)具體包括如下步驟：首先定義兩個(gè)指示變量，分別用“1”表示可裂解肽樣本，用“2”表示非裂解肽樣本，以此指示變量作為肽裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)模型的因變量，用線性判別分析方法建立肽裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)模型。

6.根據(jù)權(quán)利要求5的一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于步驟e)具體包括如下步驟：先將肽總樣本分為訓(xùn)練集和測(cè)試集，然后用自取代檢驗(yàn)，留一法交互檢驗(yàn)、外部檢驗(yàn)驗(yàn)證模型的預(yù)測(cè)能力。

7.根據(jù)權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)的一種人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位點(diǎn)預(yù)測(cè)及特異性分析方法，其特征在于步驟f)具體包括如下步驟：將肽總樣本按照其是否可裂解分為兩類，對(duì)肽各位點(diǎn)的性質(zhì)參數(shù)進(jìn)行方差齊性檢驗(yàn)，對(duì)屬于方差齊性的，進(jìn)行費(fèi)歇爾檢驗(yàn)，對(duì)不屬于方差齊性的，使用布朗-菲奧思近似方差分析，顯著水平為P＝0.05。