[發明專利]一種高致病性禽流感病毒血凝素蛋白識別方法

無效

• 申請號: 200810069933.0
• 申請日: 2008-07-07
• 公開（公告）號: CN101308526A
• 公開（公告）日: 2008-11-19
• 發明（設計）人: 梁桂兆;梅虎;楊力;李志良
• 申請（專利權）人: 重慶大學
• 主分類號: G06F19/00
• 分類號: G06F19/00
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種高致病性禽流感病毒血凝素蛋白識別方法，其特征在于包括如下步驟：

a)具體包括a1)精選23種氨基酸的1262種性質參數；a2)對1262種性質參數做主成分分析，得到22個主成分；a3)計算各主成分得分，將得分矢量定義為氨基酸全息拓撲結構得分；

b)用氨基酸全息拓撲結構得分所涉及的22個主成分對流感病毒血凝素蛋白序列進行表征，其中的每個氨基酸殘基用22個氨基酸全息拓撲結構得分矢量表征；

c)用自交叉協方差處理得到的每個血凝素蛋白的表征變量，設置步長l為6，使每個血凝素蛋白的表征變量數目一致，并將經自交叉協方差處理得到的變量作為高致病性禽流感病毒血凝素蛋白識別模型的自變量；

d)以1和-1兩個指示變量分別表示禽流感病毒血凝素蛋白樣本和非禽流感病毒血凝素蛋白樣本，并以此指示變量作為禽流感病毒血凝素蛋白識別模型的因變量，用徑向基核支持向量機建立禽流感病毒血凝素蛋白識別模型，將每個蛋白樣本的自變量帶入模型并計算，若得1，則該蛋白樣本被識別為禽流感病毒血凝素蛋白樣本，若得-1，則該蛋白樣本被識別為非禽流感病毒血凝素蛋白樣本；

e)以1和-1兩個指示變量分別表示高致病性禽流感病毒血凝素蛋白樣本和低或非致病性禽流感病毒血凝素蛋白樣本，并以此指示變量作為高致病性禽流感病毒血凝素蛋白識別模型的因變量，用徑向基核支持向量機建立高致病性禽流感病毒血凝素蛋白識別模型，將每個蛋白樣本的自變量帶入模型并計算，若得1，則該蛋白樣本被識別為高致病性禽流感病毒血凝素蛋白樣本，若得-1，則該蛋白樣本被識別為低或非致病性禽流感病毒血凝素蛋白樣本。