[發明專利]一種識別顯著差異表達基因集合的方法

無效

• 申請號: 200810019862.3
• 申請日: 2008-03-19
• 公開（公告）號: CN101250584A
• 公開（公告）日: 2008-08-27
• 發明（設計）人: 王進;顧祖光;楊嶸;張辰宇
• 申請（專利權）人: 南京大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/00
• 代理公司: 南京蘇高專利商標事務所
• 代理人: 柏尚春

1.一種識別顯著差異表達基因集合的方法，其特征在于，它包括以下步驟：

(1)設置和輸入芯片數據；

(2)將基因表達譜芯片所含基因歸屬至各個基因集合；

(3)判斷每一個基因集合中基因的個數是否大于設置中定義的個數，如果 判斷結果為否，則拋棄此基因集合；否則，執行下一步；

(4)計算每一個基因集合的表達變化指數，即E’值；

(5)將整張芯片上所有基因作為背景基因，按照步驟4的方法計算背景基 因集合的表達變化指數；對每一個基因集合去除背景，產生真實的基因集合表 達變化指數E值；

(6)檢驗各基因集合E值的顯著性；

(7)根據設定的E值和p值的閾值，判斷是否符合閾值要求，如果判斷結 果為否，則拋棄；如果判斷結果為是，則輸出識別結果；

其中，步驟(7)中所述p值為置信度；

步驟(4)中計算基因集合的表達變化指數的方法具體包括以下步驟：

(11)基因表達值的離散化；

(12)計算表達分布的一階權重得分；

(13)計算基因集合的表達變化指數；

步驟(12)包括以下步驟：

計算上調區和下調區的差異表達離散分布和權重分布得分；

對于有重復實驗的單樣本芯片數據，計算差異表達權重分布后，將所有重 復實驗中的加權表達值疊加；

對于有重復實驗的多樣本芯片數據，將樣本分級并賦予標簽值，組合各種 標簽值的加權表達值；

步驟(13)用上調區和下調區得分比值的對數來表示在此集合中的基因表 達變化指數；

所述的權重分布得分計算使用一階權重公式為：

U=Σx>0x·P(x),D=Σx<0|x|·P(x)]]>

其中，U為上調區權重分布得分和D為下調區的權重分布得分；P(x)為離散 型的表達值分布；其中x＞0的部分為上調基因的分布，x＜0的部分為下調基因 的分布；

其中所述的賦予標簽值，根據所識別基因集合的要求，樣本之間正相關取 +1，樣本之間負相關取-1；

所述的閾值要求為：基因集合的表達變化指數的絕對值大于1；p值不大于 0.05。