[發(fā)明專利]一種生物病毒的計(jì)算機(jī)自動(dòng)分類方法

無效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200710100246.6
• 申請(qǐng)日: 2007-06-06
• 公開（公告）號(hào): CN101320404A
• 公開（公告）日: 2008-12-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王守覺;貊睿
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院半導(dǎo)體研究所
• 主分類號(hào): G06F19/00
• 分類號(hào): G06F19/00
• 代理公司: 中科專利商標(biāo)代理有限責(zé)任公司
• 代理人: 周國城

1.一種生物病毒的計(jì)算機(jī)自動(dòng)分類方法，其特征在于，該方法包括：

A、根據(jù)長度為N的基因全序列字符集中K種片段序列出現(xiàn)的頻率作為K個(gè)特征，再加上全基因組序列長度這一特征，將全基因組序列映射到K+1維的同一特征空間；

B、對(duì)所述特征空間的某類病毒類型樣本構(gòu)建種系進(jìn)化樹；

C、根據(jù)所述種系進(jìn)化樹反映的同類型病毒樣本之間的相互關(guān)系，采用超橢球?qū)γ款悩颖咀涌臻g進(jìn)行近似覆蓋；

D、形成封閉的同類病毒的樣本子空間，所有映射點(diǎn)落在這個(gè)封閉子空間里的病毒都屬于同一類，而映射點(diǎn)落在封閉子空間以外的病毒都屬于其它類。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生物病毒的計(jì)算機(jī)自動(dòng)分類方法，其特征在于，所述步驟B包括：

通過計(jì)算病毒在特征空間的歐式距離，近似描述同類病毒在進(jìn)化上的遠(yuǎn)近關(guān)系。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生物病毒的計(jì)算機(jī)自動(dòng)分類方法，其特征在于，所述步驟C包括：

按照構(gòu)建的種系進(jìn)化樹關(guān)系，采用超橢球這一幾何形體對(duì)該類病毒樣本子空間進(jìn)行近似覆蓋。