[發明專利]蛋白質三維結構的預測方法

有效

• 申請號: 200710098715.5
• 申請日: 2007-04-25
• 公開（公告）號: CN101294970A
• 公開（公告）日: 2008-10-29
• 發明（設計）人: 唐鶴云;張正國;楊嘯林;郭亞峰
• 申請（專利權）人: 中國醫學科學院基礎醫學研究所
• 主分類號: G01N35/00
• 分類號: G01N35/00;G06F19/00
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司
• 代理人: 程偉

1.一種預測蛋白質三維結構的方法，其包括如下步驟：

1)以目標序列的第一個氨基酸作為預測的起點設定其坐標值，

2)分割目標序列，以該序列的第二個氨基酸為一個九肽片段的中央 氨基酸，即第五個氨基酸，在序列中截取九肽長度的片段，不足的部 分用空格補齊，

3)在含有九肽片段及其中央氨基酸坐標的九肽數據庫中搜索與步驟 2)中所截得的片段最佳匹配的九肽片段，

4)根據搜索出的最佳匹配片段的中央氨基酸的相對坐標計算目標九 肽片段中央氨基酸的坐標，將其裝配到目標蛋白上，

5)裝配完成上述第二個氨基酸之后，沿目標序列移至第三個氨基酸， 并以第三個氨基酸作為下一個中央氨基酸重復進行上述步驟2)至步驟 4)的截取、搜索、裝配步驟，直至最后一個氨基酸裝配結束。

2.根據權利要求1所述的方法，其中作為預測起點的第一個氨基酸的 坐標值，在滿足相應氨基酸各原子間相互位置關系的基礎上，根據用 戶需要而設定。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中搜索步驟中根據用戶需要選 擇各種序列比對矩陣。

4.根據權利要求1所述的方法，其中在對目標蛋白的三維結構進行預 測之前，首先根據目前可得到的所有九肽片段及其中央氨基酸的坐標， 建立數據庫和索引，所述的搜索步驟在該數據庫中進行。

5.根據權利要求1所述的方法，其中九肽片段及其中央氨基酸的坐標 數據庫的索引是根據數據庫中所有片段的中間三個氨基酸而建立的。

6.根據權利要求1所述的方法，其中對蛋白質結構的預測從蛋白質的 N端開始。

7.根據權利要求1所述的方法，其中對蛋白質結構的預測從蛋白質的 C端開始。