[發明專利]檢測APEC、UPEC毒力基因表達水平的DNA芯片及其構建方法

無效

• 申請號: 200710023940.2
• 申請日: 2007-06-29
• 公開（公告）號: CN101096706A
• 公開（公告）日: 2008-01-02
• 發明（設計）人: 高崧;劉秀梵;宦海霞;陳祥;趙李祥
• 申請（專利權）人: 揚州大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 揚州市錦江專利事務所
• 代理人: 江平

技術領域

本發明涉及禽致病性大腸桿菌、人尿道致病性大腸桿菌毒力基因表達芯 片的研究，屬于人獸共患病技術領域。

背景技術

禽大腸桿菌病(Avian?Colibacillosis)是指部分或全部由禽病原性大腸桿菌 (Avian?Pathogenic?Escherichia?coli，APEC)所引起的局部或全身性感染的疾病， 包括大腸桿菌性敗血癥、大腸桿菌肉芽腫(Hjarre氏病)、氣囊病(慢性呼吸道 病，CRD)、禽蜂窩織炎、腫頭綜合癥、腹膜炎、輸卵管炎、滑膜炎、全眼球 炎及臍炎/卵黃囊感染。禽大腸桿菌病是2至12周齡雞和火雞的一種常見傳染 病，給養禽業造成了嚴重的經濟損失。APEC感染相關的毒力因子已被相繼報 道，但是其發病機理尚未完全清楚。

APEC和人尿道致病性大腸桿菌(Uropathogenic?Escherichia?coli，UPEC) 均能引起腸道外感染，可能與它們的毒力特性有關，如黏附素，鐵獲得系統， 毒素，保護素和侵襲素等，這些毒力特性使它們能夠在宿主環境中生存進而產 生疾病。很多研究證明，APEC和UPEC的毒力因子之間存在著一定的相似性。 但APEC的毒力基因是否人類UPEC毒力基因來源，或反過來，人類UPEC毒力 基因是否APEC毒力基因的來源，更是我們關注的問題。了解APEC、UPEC這 些毒力基因在相同條件下的表達情況可為APEC、UPEC是否互為對方毒力基 因貯庫這一問題提供依據。

基因芯片技術是近年來發展起來并逐漸完善的一種微型化、集成化、平行 化和高通量的基因分析新技術。基因芯片技術的應用已不局限于最初的DNA 序列測定，現已在基因表達分析、基因突變及多態性分析、藥物及毒物基因組 學等多個領域顯示出重大的理論意義和實際應用價值，具有廣闊的前景。自 Stanford大學的Schena?M等首次發表了用DNA微陣列研究基因表達的論文 后，基因芯片正越來越多地應用于基因表達的研究。

發明內容

本發明的目的在于發明一種可同時對APEC、UPEC毒力基因表達水平實 行檢測的DNA芯片。

本發明是主要由154個靶基因探針組成的DNA芯片。其中97個基因片段擴 增自大腸桿菌已知的毒力基因和部分耐藥基因，44個基因片段擴增自用SSH方 法獲得的APEC特異性基因，13個基因片段擴增自用SCOTS方法獲得的APEC 特異性基因。

本發明應用APEC、UPEC已知的毒力基因、耐藥基因及通過SSH、SCOTS 方法獲得的APEC特異的潛在毒力基因作為探針，構建APEC、UPEC毒力基因 表達芯片。通過對APEC?E058株和UPEC?HEC4株體內、外毒力因子表達水平 的檢測結果表明，該基因芯片具有高通量、微型化、集成化和平行化的優點。 本發明之基因芯片可對APEC、UPEC在體內、外培養條件下的毒力基因的表 達水平進行檢測。

本發明所述97個基因片段是：fimC、fimH、tsh、iroN、irp2、fyuA、kpsM、 csgA、papC、felA、facA、cvaC、iss、iucCD、vat、bmaE、hlyE、cnf1、chuA、 hlyA、iutA、sitA、kfiB、papGII、papGIII、ireA、focG、malX、afaBC、sfaDE、 gyrB、recA、mdh、uspA、sepL、fepC、rtx、ehxA、espP、flic、iha、tir、eae、 ler、stx1、stx2、rfbE、paa、katP、neuC、etpD、toxB、tagA、cesT、pas、espA、 cdtA、east、bfpA、cif、efaI、sheA、perA、espB、ompA、faeG、fanC、fasA、 f41、f17a-A、lt、sta、stb、stx2eB、tetA、tetB、tetG、blaTEM-1、carb2、addA1、 sulI、sulII、addA2、strA-B、qac、int-I、catI、floR、aac(3)-IV、dfr-12、aph(3)-Ia、 cmlA、uidA、fhuA、yjaA、feoB、16srDNA。