[發(fā)明專(zhuān)利]CD147胞外區(qū)晶體結(jié)構(gòu)及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200710018514.X
• 申請(qǐng)日: 2007-08-21
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN101139391A
• 公開(kāi)（公告）日: 2008-03-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳志南;余曉玲;朱平;楊濱;楊向民;張征
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 陳志南
• 主分類(lèi)號(hào): C07K14/705
• 分類(lèi)號(hào): C07K14/705;G06F19/00
• 代理公司: 西安文盛專(zhuān)利代理有限公司
• 代理人: 彭冬英

1.一種CD147(HAb18G/CD147、Basigin、EMMPRIN、M6、Neurothelin)胞外區(qū)的晶體及模型，其特征在于，該晶體具有正方晶系中的空間群P4₁2₁2和SEQ?ID?NO：1中列出的氨基酸序列；所述模型具有符合表1的三維結(jié)構(gòu)。

2.如權(quán)利要求1所述的CD147胞外區(qū)結(jié)晶，其特征在于，該結(jié)晶具有四方體形的晶胞，具有晶格常數(shù)：a＝126.481±0.5％，b＝126.481±0.5％，c＝169.926±0.5％，α＝β＝γ＝90°，在一個(gè)不對(duì)稱(chēng)單元有四個(gè)分子，一個(gè)分子的分子量約20±0.5kD，溶劑含量約70±1％。

3.如權(quán)利要求1，CD147胞外區(qū)晶體的三維空間結(jié)構(gòu)特點(diǎn)：CD147胞外區(qū)晶體結(jié)構(gòu)揭示其胞外區(qū)由兩個(gè)Ig樣結(jié)構(gòu)域，其中N末端的結(jié)構(gòu)域?yàn)镮gC2-set，而靠近胞膜的C端結(jié)構(gòu)域?qū)儆贗g?I-set。

4.權(quán)利要求1所述，CD147胞外區(qū)序列來(lái)源于人。

5.權(quán)利要求1所述，CD147胞外區(qū)晶體中CD147胞外區(qū)包含序列SEQ?IDNO：1，或其同系物、片段、變異體、類(lèi)似物及其衍生物。

6.CD147胞外區(qū)與抗CD147抗體HAb18、整合素、配體及其它相互作用分子復(fù)合物的晶體。

7.如權(quán)利要求6，CD147胞外區(qū)與抗CD147抗體HAb18、整合素、配體及其它相互作用分子復(fù)合物的晶體中CD147胞外區(qū)符合權(quán)利要求1～5任意一項(xiàng)。

8.一種利用計(jì)算機(jī)分子模建對(duì)接測(cè)定CD147胞外區(qū)與抗CD147抗體HAb18接合的復(fù)合物，其具有以下特點(diǎn)：CD147胞外區(qū)與HAb18單抗對(duì)接模型中含有3條肽鏈、即CD147胞外區(qū)和HAb18V_L、V_H；6176個(gè)原子，形成6635個(gè)共價(jià)鍵；對(duì)接能量評(píng)估為：binding?energy＝101.21、dockingenergy＝29.05、intermolecular?energy＝30.54、trosional?energy＝70.67、internal?energy＝-1.49。

9.測(cè)定如權(quán)利要求1～5所述的CD147胞外區(qū)晶體或如權(quán)利要求6所述的CD147胞外區(qū)與CD147分子配體復(fù)合物的晶體的三維空間結(jié)構(gòu)，其中CD147胞外區(qū)為：(1)全長(zhǎng)野生型CD147胞外區(qū)或突變體、片段、衍生物、變異體、類(lèi)似物或同源物；或(2)野生型CD147胞外區(qū)的突變體、片段、衍生物、變異體、類(lèi)似物或同源物。

10.如權(quán)利要求9所述，用(1)全長(zhǎng)野生型CD147胞外區(qū)或突變體、片段、衍生物、變異體、類(lèi)似物或同源物；或(2)野生型CD147胞外區(qū)的突變體、片段、衍生物、變異體、類(lèi)似物或同源物的三維結(jié)構(gòu)通過(guò)計(jì)算機(jī)模建方法或其它方法評(píng)估CD147胞外區(qū)的抗體、配體或相互作用分子與CD147胞外區(qū)結(jié)合的活性位點(diǎn)。

11.如權(quán)利要求10所述，CD147胞外區(qū)的活性位點(diǎn)位于該蛋白N端C2-set結(jié)構(gòu)域遠(yuǎn)膜環(huán)區(qū)，參與表位的氨基酸殘基為：Glu28、Thr30、Asp44、Ala45、Leu46、Pro47、Gly48、Lys50、Glu52。

12.鑒別能與CD147胞外區(qū)結(jié)合的物質(zhì)的方法，包括用CD147晶體浸泡可能的小分子化合物并共結(jié)晶、以及采用測(cè)定分子間相互作用的方法，如Biacore，酵母雙雜交，噬菌體肽庫(kù)或抗體庫(kù)篩選可能的配體或拮抗劑及通過(guò)計(jì)算機(jī)模建方法利用CD147晶體結(jié)構(gòu)與可能的配體進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)比對(duì)、設(shè)計(jì)、對(duì)接。

13.一種利用計(jì)算機(jī)輔助三維模建、分子對(duì)接技術(shù)選擇及確定CD147胞外區(qū)抗體、配體及其它相互作用分子的方法，如下：(1)如權(quán)利要求9、10所述通過(guò)計(jì)算機(jī)三維模建CD147胞外區(qū)及可能性抗體、配體及其它作用分子的三維結(jié)構(gòu)；(2)CD147胞外區(qū)三維結(jié)構(gòu)和抗體、配體及其它相互作用分子三維結(jié)構(gòu)的對(duì)接；(3)評(píng)估抗體、配體及其它作用分子的三維結(jié)構(gòu)是否能與CD147胞外區(qū)活性位點(diǎn)的三維結(jié)構(gòu)結(jié)合。