[發明專利]后生修飾的鑒定和監測方法

無效

• 申請號: 200680046596.2
• 申請日: 2006-12-13
• 公開（公告）號: CN101553576A
• 公開（公告）日: 2009-10-07
• 發明（設計）人: R·D·格林;A·P·范伯格;H·T·比約恩森
• 申請（專利權）人: 羅氏寧博根有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司
• 代理人: 范 征

1.一種鑒定至少一個印記基因的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)分離對象的生物樣品；

(b)分析對象基因組的染色質結構，建立對象染色質結構圖；和

(c)在至少有一個印記基因的圖上鑒定基因組區域，該基因的特征是存在至少一組重疊的開放和封閉染色質標記。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述對象是人。

3.如權利要求1的方法，其特征在于，所述染色質結構標記包含修飾的組蛋白或RNA聚合酶II。

4.如權利要求3的方法，其特征在于，所述修飾的組蛋白選自組蛋白3乙?；嚢彼?(AcK9H3)、組蛋白3三甲基賴氨酸9(3MeK9H3)和組蛋白3二甲基賴氨酸9(2MeK9H3)。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述分析步驟用染色質免疫沉淀微陣列ChIP?Chip^TM進行。

6.一種染色質結構標記，其用于鑒定真核細胞基因組中的印記基因。

7.一種用于鑒定真核細胞基因組中印記基因的染色質結構標記，其特征在于，所述標記包含修飾的組蛋白或RNA聚合酶II。

8.一種檢測對象基因印記缺失的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)獲得對象的生物樣品，有正常基因印記的正常生物樣品的特征是存在至少一組重疊的封閉和開放染色質標記；

(b)從生物樣品中篩選至少一個基因中的印記缺失；和

(c)在至少一個基因中檢測基因印記缺失，其中與正常基因印記相比，顯示印記缺失的基因的特征是至少一個封閉染色質標記缺失。

9.如權利要求8所述的方法，其特征在于，所述封閉染色質標記是3MeK9H3。

10.如權利要求8所述方法的應用，其用于診斷與印記缺失相關的疾病如癌癥的易患性。

11.如權利要求8所述的方法，其特征在于，所述篩選步驟用ChIP?Chip^TM或定量PCR進行。

12.一種檢測對象疾病的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)獲得對象的生物樣品，有正常基因印記的正常生物樣品的特征是存在至少一組重疊的封閉和開放染色質標記；

(b)從生物樣品中篩選至少一個基因中的印記缺失；其中與正常基因印記相比，顯示印記缺失的基因的特征是至少一個封閉染色質標記缺失；和

(c)在至少一個基因中檢測印記缺失，這種印記缺失表明患病。

13.如權利要求12所述的方法，其特征在于，所述篩選用基于陣列的方法如ChIP?Chip^TM或定量PCR進行。

14.如權利要求12所述的方法，其特征在于，所述疾病選自下組：癌癥、出生缺陷、智力遲鈍、肥胖、神經疾病、糖尿病和妊娠糖尿病。

15.如權利要求14所述的方法，其特征在于，所述癌癥選自下組：結腸直腸癌、食管癌、胃癌、白血病/淋巴瘤、肺癌、前列腺癌、子宮癌、乳腺癌、皮膚癌、內分泌癌、泌尿系癌癥、胰腺癌、其他胃腸道癌、卵巢癌、子宮頸癌、頭部癌癥、頭頸癌和腺瘤。

16.如權利要求12所述的方法，其特征在于，所述至少一個基因選自IGF2、H19、p57/KIP2、KvLQT1、TSSC3、TSSC5或ASCL2。

17.如權利要求12所述的方法，其特征在于，所述生物樣品選自血液、唾液、頰液、眼淚、精液、尿液、汗液、糞便物質、皮膚和頭發。

18.一種評估對象患病風險的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)獲得對象的生物樣品，有正?；蛴∮浀恼Ｉ飿悠返奶卣魇谴嬖谥丿B的封閉和開放染色質標記；

(b)從生物樣品中篩選至少一個基因中的印記缺失；其中與正?；蛴∮浵啾?，顯示印記缺失的基因的特征是至少一個封閉染色質標記缺失；和

(c)在至少一個基因中檢測印記缺失，其中這種印記缺失表明有患病風險。

19.如權利要求18所述的方法，其特征在于，所述印記缺失的特征是，相對于健康個體的印記狀態缺乏重疊的封閉和開放染色質標記。