[發明專利]選擇探針擴增

無效

• 申請號: 200680011151.0
• 申請日: 2006-01-25
• 公開（公告）號: CN101155931A
• 公開（公告）日: 2008-04-02
• 發明（設計）人: G·付;L·斯塔夫;J·希漢;A·奧爾曼;N·沈;A·B·斯帕斯;D·巴林格
• 申請（專利權）人: 珀爾根科學公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司
• 代理人: 劉冬;黃可峻

1.一種由核酸樣品中分離靶核酸序列的方法，所述方法包括：

(a)由所述樣品產生核酸片段；

(b)擴增所述核酸片段；

(c)在促進選擇探針和互補于選擇探針的擴增核酸片段之間退火的條件下，在單一反應介質中使擴增核酸片段與至少約2,000種不同選擇探針接觸，其中所述選擇探針具有與靶核酸序列互補的序列；

(d)去除未強結合至選擇探針的擴增核酸片段；和

(e)由選擇探針釋放退火的擴增核酸片段，其中所述退火的擴增核酸片段是所述靶核酸序列，由此分離所述靶核酸序列。

2.權利要求1的方法，所述方法還包括基于(e)中釋放的靶核酸序列表征核酸樣品。

3.權利要求2的方法，其中所述表征通過將靶核酸序列應用于核酸陣列實施。

4.權利要求3的方法，所述方法還包括：

擴增(e)中釋放的靶核酸序列；和

標記所述靶核酸序列，之后使它們與所述核酸陣列接觸。

5.權利要求4的方法，所述方法還包括在標記前進一步片段化靶核酸片段。

6.權利要求1-5中任一項的方法，其中片段化所述核酸樣品產生具有約25個至約2,000個堿基對的平均大小的核酸片段。

7.權利要求6的方法，其中所述核酸片段的平均大小為約500個堿基對。

8.權利要求1-5中任一項的方法，其中在(a)中產生核酸片段時產生的核酸片段所具有的平均大小允許在核酸陣列上測定基因型，而不用進一步片段化。

9.權利要求1-5中任一項的方法，其中擴增核酸片段包括對在(a)中產生的基本所有核酸片段實施聚合酶鏈反應(PCR)。

10.權利要求1-5中任一項的方法，所述方法還包括在擴增核酸片段之前將連接物連接至核酸片段末端，其中所述連接物包含與用于擴增操作的引物互補的序列。

11.權利要求10的方法，其中所述各連接物均包含相同序列。

12.權利要求10的方法，其中所述連接物包含dsDNA和ssDNA尾。

13.權利要求10的方法，其中未連接至核酸片段末端的過量連接物在擴增核酸片段時用作引物。

14.權利要求10的方法，其中連接連接物包括將所述連接物連接至核酸片段的平端。

15.權利要求1-5中任一項的方法，其中所述選擇探針包含利于連接至固體基質的部分。

16.權利要求15的方法，所述方法還包括將選擇探針連接至固體基質，其中至少一部分選擇探針在操作(c)和(d)之間與擴增的核酸片段退火。

17.權利要求16的方法，其中所述固體基質包含多個珠。

18.權利要求16的方法，其中去除未強結合至選擇探針的擴增核酸片段包括清洗固體基質，以去除未結合的核酸片段。

19.權利要求18的方法，其中清洗固體基質包括在由結合的選擇探針中去除部分退火的擴增核酸片段的條件下，使固體基質與溶液接觸。

20.權利要求1-5中任一項的方法，其中在單一反應介質中使擴增核酸片段與不同選擇探針接觸包括在單一反應介質中提供至少約50,000種不同選擇探針，每種探針均與不同的靶核酸序列互補。

21.權利要求20的方法，其中在單一反應介質中使用的不同選擇探針數在約50,000至約10⁷之間。

22.權利要求1-5中任一項的方法，其中在單一反應介質中使擴增核酸片段與不同的選擇探針接觸包括在所述單一反應介質中使擴增核酸片段與至少約5,000種不同選擇探針接觸。

23.權利要求22的方法，其中在單一反應介質中使擴增核酸片段與不同的選擇探針接觸包括在所述單一反應介質中使擴增核酸片段與至少約10,000種不同的選擇探針接觸。