[發(fā)明專利]用于非二進(jìn)制序列比較的系統(tǒng)、方法和計(jì)算機(jī)程序

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200680008749.4
• 申請(qǐng)日: 2006-03-20
• 公開（公告）號(hào): CN101142479A
• 公開（公告）日: 2008-03-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 杰弗里·M·克拉克
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 生物信息有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): G01N33/48
• 分類號(hào): G01N33/48
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司
• 代理人: 王達(dá)佐;韓克飛

1.用于序列分析的系統(tǒng)，其包括：

分析模塊，其適于計(jì)算第一核苷酸序列和第二核苷酸序列之間的非二進(jìn)制相似性得分；以及

與分析模塊通信的用于輸出所述相似性得分的輸出。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其中所述相似性得分基于每一堿基對(duì)的相似性得分的組合。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的系統(tǒng)，其中所述堿基對(duì)的相似性得分依賴于所述堿基對(duì)的化學(xué)結(jié)構(gòu)的相似性。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的系統(tǒng)，其中如果所述堿基對(duì)的核苷酸匹配則堿基對(duì)的相似性得分是第一值，如果所述堿基對(duì)的核苷酸不匹配但具有相同的結(jié)構(gòu)，則堿基對(duì)的相似性得分是第二值，并且其中所述第一值、第二值和第三值不同。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的系統(tǒng)，其中根據(jù)所述堿基對(duì)的相對(duì)位置來(lái)確定堿基對(duì)的相似性得分。

6.根據(jù)權(quán)利要求3所述的系統(tǒng)，其中所述堿基對(duì)的相似性得分基于在所述第一序列的核苷酸中存在但不在所述第二序列的核苷酸中存在的多個(gè)元素。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其還包括報(bào)告模塊、文件管理模塊和作圖模塊。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的系統(tǒng)，其還包括用戶選項(xiàng)模塊或用戶幫助模塊或既包括用戶選項(xiàng)模塊又包括用戶幫助模塊。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其中所述文件管理模塊包括：

加載序列模塊，其適于加載至少一個(gè)序列文件；

清空當(dāng)前序列模塊，其適于從內(nèi)存中清空序列文件；以及

清空加載序列模塊，其適于從所述內(nèi)存中清空加載序列文件。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的系統(tǒng)，其中所述加載序列模塊包括：

加載序列顯示模塊，其適于當(dāng)序列被加載時(shí)生成和顯示概要報(bào)告筆記頁(yè)面，其中所述概要報(bào)告筆記頁(yè)面適于顯示序列文件名稱和一些序列。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其中所述報(bào)告模塊適于生成和顯示序列概要、每一加載序列的內(nèi)容列表或關(guān)于每一加載序列的統(tǒng)計(jì)信息中的至少一種。

12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其中所述分析模塊包括：

比對(duì)序列模塊，其適于比對(duì)靶序列和基本序列并顯示比對(duì)報(bào)告；

ω₀模塊，其適于計(jì)算序列的ω₀得分并顯示所述ω₀得分；

查詢重復(fù)模塊，其適于定位所述靶序列在所述基本序列中的多次出現(xiàn)并顯示所述多次出現(xiàn)；

查詢?chǔ)刂貜?fù)模塊，其適于確定重復(fù)的核苷酸何時(shí)是復(fù)制體；

計(jì)算斜率模塊，其適于計(jì)算所述堿基序列中每一核苷酸位置的斜率并顯示斜率報(bào)告；以及

比較序列模塊，其適于比較所述靶序列和所述基本序列并顯示相似性報(bào)告。

13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的系統(tǒng)，其中所述比對(duì)序列模塊還適于進(jìn)行反轉(zhuǎn)所述基本序列、反轉(zhuǎn)模數(shù)、比對(duì)所述基本序列和所述靶序列至最短長(zhǎng)度、計(jì)算對(duì)齊百分比或計(jì)算ω相似性得分中的至少一種。

14.根據(jù)權(quán)利要求12所述的系統(tǒng)，其中所述比較序列模塊還適于進(jìn)行下列中至少一種：

反轉(zhuǎn)所述基本序列；

反轉(zhuǎn)所述靶序列；

反轉(zhuǎn)模數(shù)；以及

計(jì)算每一所述基本序列和所述靶序列的ω₀值。

15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其中所述作圖模塊包括：

光譜陣列模塊，其適于將基本序列和靶序列的比對(duì)系數(shù)作圖；

單鏈模塊，其適于將所述基本序列和所述靶序列將單鏈作圖；

斜率模塊，其適于對(duì)所述基本序列中每一核苷酸位置計(jì)算斜率并顯示所述斜率的圖；以及

ω_N模塊，其適于對(duì)所述基本序列計(jì)算ω_N并顯示所述ω_N的圖。

16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的系統(tǒng)，其中所述光譜陣列模塊還適于：

計(jì)算基本比較的ω_N值；以及

提取比對(duì)系數(shù)。

17.根據(jù)權(quán)利要求15所述的系統(tǒng)，其中所述單鏈模塊還適于對(duì)所述基本序列和所述靶序列計(jì)算ω_N值。