[發明專利]具有不同表達量的基因的鑒定方法

無效

• 申請號: 200580048457.9
• 申請日: 2005-12-15
• 公開（公告）號: CN101124341A
• 公開（公告）日: 2008-02-13
• 發明（設計）人: 油谷浩幸;石川俊平
• 申請（專利權）人: 國立大學法人東京大學;株式會社哈普羅制藥
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/09
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司
• 代理人: 劉冬;李平英

技術領域

本發明涉及用于判定在等位基因之間表達量不同的基因的遺傳多態性檢索方法以及與表型相關的遺傳多態性的檢索方法。

背景技術

即便是處于基因組相同位點的相同基因，當位于不同等位基因上時其基因表達量不同的現象是近年來報告的比較新的概念(非專利文獻1：Knight?JC.Allele-specific?gene?expression?uncovered(等位基因-特異性基因表達無遮蓋).Trends?Genet.Mar；20(3)：113-6.PMID：15049300、2004年)。

在等位基因之間顯示不同表達量的基因大致分為印跡基因和非印跡基因兩種。前者所謂的印跡是指在某種細胞或組織中，當從雙親各遺傳一半等位基因時，任意一方受到生理性鈍化(例如甲基化等)，基因的表達被抑制的現象。后者，即非印跡基因中，有時也會在等位基因之間可見不同表達量的情況。這是由于，基因內或與其鄰近的等位基因之間的基因組的多態性作為調節附近基因的表達的順式作用區域起作用，產生等位基因之間的基因表達量的差別。在后者中可見的、由于基因組DNA序列的不同所引起的每個等位基因的表達變化認為是超過世代遺傳而來的性質，會影響個體間的基因表達量的差別、甚至個體的體質差別、病態及其危險率、或者對藥物應答性的不同。

為了測定等位基因之間基因表達量的差別，在同一細胞內、即在相同環境條件下進行測定是最為精確的。而且在測定等位基因之間的基因表達量的差別時，重要的是能夠鑒定某個RNA是來自于哪個等位基因。因此，能夠區別等位基因的多態性(SNP等)必須也存在于作為基因轉錄產物的RNA序列上，通過對其進行測定從而能夠鑒定。目前已經有數個使用該RNA上的多態性(SNP)測定等位基因之間的表達量差別的報告(非專利文獻2～4：Cowles?CR，Hirschhorn?JN，Altshuler?D，Lander?ES.Detection?of?regulatory?variation?in?mouse?genes(在小鼠基因中調節變異的檢測).Nat?Genet.Nov；32(3)：432-7.PMID：12410233、2002年；Yan?H，Yuan?W，Velculescu?VE，Vogelstein?B，Kinzler?KW.Related?Allelic?variation?in?human?gene?expression(在人類基因表達中相關的等位基因變異).Science.Aug?16；297(5584)：1143.PMID：12183620、2002年；Bray?NJ，Buckland?PR，Owen?MJ，O’DonovanMC.Cis-acting?variation?in?the?expression?of?a?high?proportion?of?genes?inhuman?brain(順式作用變異在人腦基因的高比率表達).Hum?Genet.2003?Jul；113(2)：149-53.Epub?May?01.PMID：12728311、2003年)。

這些報告均是組合了RT-PCR法和直接測序反應或單核苷酸延伸反應的技術，即由mRNA合成cDNA，擴增后，將任意選擇的多態性分別地分型，并非是能夠同時測定多個基因的技術。

到目前為止，有一個使用SNP分型用微陣列廣泛分析多個基因的報告(Lo?HS，Wang?Z，Hu?Y，Yang?HH，Gere?S，Buetow?KH，Lee?MP.Allelic?variation?in?gene?expression?is?common?in?the?human?genome(在人類基因組中等位基因變異在基因表達中是常見的).Genome?Res.Aug；13(8)；1855-62.PMID：12902379、2003年)。這里，通過使用了polyT引物的普通RT法將帶有PolyA的mRNA轉變為cDNA，根據與通常的基因組DNA分型技術同樣的實驗規程，利用使用了多個特異引物的多重PCR法調制樣品，使樣品雜交于陣列，根據其信號比測定每個等位基因不同的cDNA(mRNA)的表達量比。但是，在帶有polyA的成熟型mRNA中，僅為剪接后的外顯子的序列，其長度很短、能夠評價的多態性(SNP)也很少。因此，能夠利用的多態性(SNP)有所局限，難以發現在每個等位基因上表達量均有差別的基因。