[發(fā)明專利]基因表達量歸一化方法、程序和系統(tǒng)

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200580048098.7
• 申請日: 2005-11-18
• 公開（公告）號: CN101120251A
• 公開（公告）日: 2008-02-06
• 發(fā)明（設計）人: 大戶康紀;阿部友照
• 申請（專利權(quán)）人: 索尼株式會社
• 主分類號: G01N33/53
• 分類號: G01N33/53;C12Q1/68;G01N37/00;G06F19/00
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所
• 代理人: 宋莉

1.基因表達量歸一化方法，該方法包括：通過測定樣品中包含的在基因組中以基本上恒定比例存在的重復序列獲取所述樣品中的細胞數(shù)，并以該細胞數(shù)作為對從同一樣品中獲得的基因表達量進行歸一化的指標。

2.權(quán)利要求1的基因表達量歸一化方法，包括：

從同一樣品獲取DNA樣品和RNA樣品；

以所述DNA樣品作為用于獲取細胞數(shù)的樣品；

以所述RNA樣品作為用于獲取基因表達量的樣品。

3.權(quán)利要求2的基因表達量歸一化方法，其中用固定在DNA芯片的基板表面上用于獲取細胞數(shù)的檢測用核酸、與所述DNA樣品中包含的目標核酸之間雜交的測定值作為歸一化的指標，對固定于DNA芯片的基板表面上其它區(qū)域的用于基因表達分析的檢測用核酸、與所述RNA樣品中包含的目標核酸之間雜交的測定值進行歸一化。

4.權(quán)利要求1的基因表達量歸一化方法，其中所述重復序列是從片段化的基因組信息中搜索重復序列而獲得的序列。

5.權(quán)利要求1的基因表達量歸一化方法，其中所述重復序列是與Alu序列或其一部分相同的序列。

6.基因表達量歸一化程序，其涉及下述步驟，即，使用與樣品中細胞數(shù)相關的數(shù)值對從同一樣品獲得的與基因表達量相關的數(shù)值進行歸一化；其中所述與樣品中細胞數(shù)相關的數(shù)值是通過測定樣品中包含的在基因組中以基本上恒定比例存在的重復序列而獲取的。

7.權(quán)利要求6的基因表達量歸一化程序，其包含涉及下列步驟的程序：

對獲得的基因組信息進行片段化的步驟；

將片段化的基因組信息分類的步驟；

從分類的基因組信息中搜索重復序列的步驟；和

從搜索的重復序列中選擇用于獲取細胞數(shù)的重復序列的步驟。

8.基因表達量歸一化系統(tǒng)，其至少包括：

輸入裝置，其用于輸入與樣品中的細胞數(shù)相關的數(shù)值和與從同一樣品獲得的基因表達量相關的數(shù)值，其中所述與樣品中的細胞數(shù)相關的數(shù)值是通過測定樣品中包含的在基因組中以基本上恒定比例存在的重復序列而獲取的；

輸出裝置，用于輸出與基因表達量的歸一化相關的函數(shù)；和

基因表達量歸一化裝置，其使用所述函數(shù)對通過所述輸入裝置輸入的與細胞數(shù)相關的數(shù)值進行運算處理，從而將所述基因表達量歸一化。

9.權(quán)利要求8的基因表達量歸一化系統(tǒng)，其至少包括：

輸入裝置，用于輸入基因組信息；

輸出裝置，用于輸出與重復序列的搜索相關的函數(shù)；

片段化基因組信息獲取裝置，用于對基因組信息進行片段化；

片段化基因組信息分類裝置，用于對片段化的基因組信息進行分類；

重復序列搜索裝置，用于從分類的基因組信息中搜索重復序列；和

重復序列選擇裝置，用于從搜索的重復序列中選擇用于獲取細胞數(shù)的重復序列。