[發明專利]通過化學修飾胞嘧啶而簡化微生物核酸的方法

有效

• 申請號: 200580047630.3
• 申請日: 2005-12-05
• 公開（公告）號: CN101111606A
• 公開（公告）日: 2008-01-23
• 發明（設計）人: 道格拉斯·斯彭切爾·米勒;喬治·加博爾·L·米克洛斯
• 申請（專利權）人: 人類遺傳標記控股有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司
• 代理人: 章社杲;李丙林

1.一種用于簡化微生物基因組或微生物核酸的的方法，包括：

用一種修飾胞嘧啶的試劑處理微生物基因組或核酸以形成衍生微生物核酸；以及

擴增所述衍生微生物核酸以產生所述微生物基因組或核酸的簡化形式。

2.根據權利要求1所述的方法，包括在處理所述微生物基因組或核酸之前將微生物RNA轉化成DNA。

3.根據權利要求1所述的方法，包括處理微生物RNA以生成一種衍生RNA分子，然后轉化所述衍生的RNA以形成衍生的DNA分子。

4.根據權利要求1至3中任一項所述的方法，其中所述微生物基因組或核酸從噬菌體、病毒、類病毒、細菌、真菌、藻類、原生動物、螺旋體、或單細胞生物獲得。

5.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，其中所述微生物基因組或核酸選自編碼蛋白核酸、非編碼蛋白核酸、原核生物或單細胞真核微生物的核糖體基因區域。

6.根據權利要求5所述的方法，其中所述核糖體基因區域是原核生物中的16S或23S以及單細胞真核微生物中的18S或28S。

7.根據權利要求1至6中任一項所述的方法，其中所述試劑修飾未甲基化的胞嘧啶。

8.根據權利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述試劑選自亞硫酸氫鹽、醋酸鹽或檸檬酸鹽。

9.根據權利要求8所述的方法，其中所述試劑是亞硫酸氫鈉。

10.根據權利要求1至9中任一項所述的方法，其中所述試劑將互補雙鏈微生物基因組DNA的每一個鏈中胞嘧啶修飾為尿嘧啶，形成兩個衍生的但非互補的微生物核酸分子。

11.根據權利要求1至10中任一項所述的方法，其中相比于對應的未處理微生物基因組或核酸，所述衍生微生物核酸具有減少的胞嘧啶總數。

12.根據權利要求1至11中任一項所述的方法，其中相比于所述相應未處理的微生物基因組或核酸，所述微生物基因組或核酸的簡化形式具有減少的胞嘧啶總數。

13.根據權利要求1至12中任一項所述的方法，其中所述衍生微生物核酸基本上包含堿基腺嘌呤(A)、烏嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)并且具有與所述相應未處理的微生物基因組或核酸相同總數的堿基。

14.根據權利要求1至13中任一項所述的方法，其中所述微生物基因組或核酸的簡化形式基本上由堿基腺嘌呤(A)、烏嘌呤(G)和胸腺嘧啶(T)構成。

15.根據權利要求1至14中任一項所述的方法，其中通過適當的方式如聚合物鏈式反應(PCR)、等溫擴增或信號擴增來實施。

16.一種用于生產微生物特異核酸分子的方法，包括：

用一種修飾胞嘧啶的試劑處理包含微生物來源的DNA的樣品以形成衍生微生物核酸；以及

擴增所述衍生微生物核酸的至少一部分以形成一種簡化的核酸分子，其相比于相應未處理的微生物核酸，具有減少的胞嘧啶總數，其中所述簡化核酸分子包括對微生物或微生物型特異的核酸序列。

17.根據權利要求16所述的方法，其中所述微生物選自噬菌體、病毒、類病毒、細菌、真菌、藻類、原生動物、螺旋體、或單細胞有機體。

18.根據權利要求16或17所述的方法，其中所述微生物基因組或核酸選自編碼蛋白核酸、非編碼蛋白核酸、原核生物或單細胞真核微生物的核糖體基因區域。

19.根據權利要求18所述的方法，其中所述核糖體基因區域是原核生物中的16S或23S以及單細胞真核微生物中的18S或28S。

20.根據權利要求16至19中任一項所述的方法，其中所述試劑修飾未甲基化的胞嘧啶。

21.根據權利要求16至20中任一項所述的方法，其中所述試劑選自亞硫酸氫鹽、醋酸鹽或檸檬酸鹽。

22.根據權利要求21所述的方法，其中所述試劑是亞硫酸氫鈉。