[發(fā)明專利]用于檢測(cè)甲基化DNA的手段和方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200580047175.7
• 申請(qǐng)日: 2005-11-28
• 公開（公告）號(hào): CN101243191A
• 公開（公告）日: 2008-08-13
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: M·雷里
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 雷根斯堡大學(xué)臨床中心
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C07K14/47;C12N15/10;C12N15/62;G01N33/574
• 代理公司: 北京市中咨律師事務(wù)所
• 代理人: 黃革生;林柏楠

1.?具有編碼雙功能多肽的核苷酸序列的核酸分子，所述雙功能多肽包含屬于甲基-CpG結(jié)合蛋白(MBD)家族的蛋白質(zhì)的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域和抗體的Fc部分。

2.?權(quán)利要求1的核酸分子，其還包含編碼接頭多肽的核苷酸序列。

3.?權(quán)利要求1或2的核酸分子，其中所述屬于甲基-CpG結(jié)合蛋白(MBD)家族的蛋白質(zhì)的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域是MBD2蛋白質(zhì)的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域。

4.?權(quán)利要求1到3任一項(xiàng)的核酸分子，其包含選自如下的核苷酸序列：

(a)核酸分子，其具有SEQ?ID?NO：1(圖1)中顯示的核苷酸序列；

(b)核酸分子，其具有編碼具有SEQ?ID：NO?2(圖1)中顯示的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列；

(c)核酸分子，其具有編碼具有SEQ?ID：NO?2(圖1)中顯示的氨基酸序列的多肽的片段的核苷酸序列，其中所述片段包含所述多肽的至少氨基酸130到361，并且能夠結(jié)合甲基化的DNA；

(d)核酸分子，其具有編碼(a)到(c)任一項(xiàng)的多核苷酸編碼的多肽的變體的核苷酸序列，其中在所述變體中，一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基與所述多肽相比被替代，并且其中所述變體能夠結(jié)合甲基化的DNA；

(e)核酸分子，其與(a)到(d)任一項(xiàng)的核酸分子雜交并且與(a)的核酸分子的核苷酸序列至少65％同一并且編碼能夠結(jié)合甲基化DNA的多肽；

(f)核酸分子，其編碼與(b)的核酸分子編碼的多肽至少65％同一并且能夠結(jié)合甲基化DNA的多肽；和

(g)核酸分子，其具有作為(a)到(f)任一項(xiàng)的多核苷酸的核苷酸序列的簡(jiǎn)并序列的核苷酸序列；

或者這種多核苷酸的互補(bǔ)鏈。

5.?權(quán)利要求1到4任一項(xiàng)的核酸分子，其是DNA、cDNA、基因組DNA、RNA或者PNA。

6.?載體，其包含權(quán)利要求1到5任一項(xiàng)的核酸分子。

7.?權(quán)利要求6的載體，其中所述核酸分子有效連接允許在原核或真核宿主細(xì)胞中表達(dá)的表達(dá)控制序列。

8.?宿主細(xì)胞，其用權(quán)利要求1到5任一項(xiàng)的核酸分子或者權(quán)利要求6或7的載體基因工程化。

9.?產(chǎn)生能夠結(jié)合甲基化DNA的多肽的方法，其包括：培養(yǎng)權(quán)利要求8的宿主細(xì)胞并回收所述多肽。

10.?產(chǎn)生能夠表達(dá)多肽的細(xì)胞的方法，所述多肽能夠結(jié)合甲基化DNA，所述方法包括用權(quán)利要求6或7的載體在體外基因工程化細(xì)胞。

11.?多肽，其具有權(quán)利要求1到5任一項(xiàng)的核酸分子編碼的氨基酸序列或者可以通過權(quán)利要求10的方法得到。

12.?抗體，其特異結(jié)合權(quán)利要求11的多肽。

13.?組合物，其包含權(quán)利要求1到5任一項(xiàng)的核酸分子、權(quán)利要求6或7的載體、權(quán)利要求8的宿主細(xì)胞、權(quán)利要求11的多肽或者權(quán)利要求12的抗體。

14.?權(quán)利要求13的組合物，其是診斷組合物，任選還包含合適的診斷手段。

15.?權(quán)利要求13的組合物，其是藥物組合物，任選還包含可藥用載體。

16.?檢測(cè)甲基化DNA的體外方法，其包括

(a)將包含甲基化和/或未甲基化的DNA的樣品與權(quán)利要求11的多肽接觸；和

(b)檢測(cè)權(quán)利要求11的多肽與甲基化DNA的結(jié)合。

17.?權(quán)利要求16的方法，其是反向South-Western印跡、免疫沉淀、親和純化、甲基-CpG免疫沉淀(MCiP)或甲基結(jié)合(MB-)PCR。

18.?權(quán)利要求16或17的方法，其還包括步驟(c)通過限制酶消化、亞硫酸氫鹽測(cè)序、焦磷酸測(cè)序、DNA印跡或者PCR分析甲基化的DNA。

19.?權(quán)利要求11的多肽用于檢測(cè)甲基化DNA的用途。

20.?權(quán)利要求1到5任一項(xiàng)的核酸分子、權(quán)利要求6或7的載體、權(quán)利要求8的宿主細(xì)胞、權(quán)利要求11的多肽或者權(quán)利要求12的抗體用于制備檢測(cè)甲基化DNA的診斷組合物的用途。

21.?權(quán)利要求1到5任一項(xiàng)的核酸分子、權(quán)利要求6或7的載體、權(quán)利要求8的宿主細(xì)胞、權(quán)利要求11的多肽或者權(quán)利要求12的抗體用于制備檢測(cè)腫瘤組織或者腫瘤細(xì)胞的診斷組合物的用途。