[發(fā)明專(zhuān)利]涉及核糖開(kāi)關(guān)的基于結(jié)構(gòu)的化合物設(shè)計(jì)

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200580046277.7
• 申請(qǐng)日: 2005-11-08
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN101111847A
• 公開(kāi)（公告）日: 2008-01-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: R·R·布雷克;J·利姆;R·貝蒂;K·F·布朗特;I·普斯卡茲
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 耶魯大學(xué);科羅拉多大學(xué)評(píng)議會(huì)
• 主分類(lèi)號(hào): G06G7/48
• 分類(lèi)號(hào): G06G7/48;C07H21/04;C12Q1/68;C12Q1/18
• 代理公司: 北京北翔知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司
• 代理人: 張廣育;姜建成

1.天然鳥(niǎo)嘌呤應(yīng)答性核糖開(kāi)關(guān)的原子結(jié)構(gòu)，包括圖6中所示的原子結(jié)構(gòu)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1的原子結(jié)構(gòu)，其中所述原子結(jié)構(gòu)的原子坐標(biāo)包括圖6中所示原子的表6中所列的原子坐標(biāo)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1的原子結(jié)構(gòu)，其中所述原子結(jié)構(gòu)的原子坐標(biāo)包括表6中所列的原子坐標(biāo)。

4.一種識(shí)別與核糖開(kāi)關(guān)相互作用的化合物的方法，包括：

(a)使用權(quán)利要求1的原子結(jié)構(gòu)與待測(cè)化合物進(jìn)行建模；和

(b)測(cè)定待測(cè)化合物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用。

5.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中所述測(cè)定待測(cè)化合物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用的步驟包括測(cè)定核糖開(kāi)關(guān)模型中的待測(cè)化合物的預(yù)計(jì)最小相互作用能、預(yù)計(jì)結(jié)合常數(shù)、預(yù)計(jì)解離常數(shù)或它們的組合。

6.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中所述測(cè)定待測(cè)化合物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用的步驟包括測(cè)定待測(cè)化合物和核糖開(kāi)關(guān)模型中的一個(gè)或多個(gè)預(yù)計(jì)的鍵、一種或多種預(yù)計(jì)的相互作用或它們的組合。

7.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中所述核糖開(kāi)關(guān)為鳥(niǎo)嘌呤核糖開(kāi)關(guān)。

8.根據(jù)權(quán)利要求7的方法，其中所述鳥(niǎo)嘌呤核糖開(kāi)關(guān)為表5中的核糖開(kāi)關(guān)。

9.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中在(b)步驟中測(cè)定原子接觸，由此測(cè)定待測(cè)化合物與核糖開(kāi)關(guān)的相互作用。

10.根據(jù)權(quán)利要求9的方法，還包括下述步驟：

(c)識(shí)別待測(cè)化合物的類(lèi)似物；

(d)測(cè)定待測(cè)化合物的類(lèi)似物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用。

11.根據(jù)權(quán)利要求10的方法，其中所述化合物為次黃嘌呤。

12.一種殺菌方法，包括將細(xì)菌與權(quán)利要求10的方法所識(shí)別的類(lèi)似物相接觸。

13.一種殺菌方法，包括將細(xì)菌與權(quán)利要求4的方法所識(shí)別的化合物相接觸。

14.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中使用基于凝膠的分析來(lái)測(cè)定待測(cè)化合物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用。

15.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中使用基于芯片的分析來(lái)測(cè)定待測(cè)化合物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用。

16.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中所述待測(cè)化合物的相互作用是通過(guò)范德華相互作用、氫鍵、靜電相互作用、疏水相互作用或它們的組合。

17.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中所述核糖開(kāi)關(guān)含有RNA切割核酶。

18.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中當(dāng)含有淬滅部分的核酸被切割時(shí)產(chǎn)生熒光信號(hào)。

19.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中使用分子信標(biāo)技術(shù)來(lái)產(chǎn)生熒光信號(hào)。

20.根據(jù)權(quán)利要求4的方法，其中使用高通量篩選來(lái)實(shí)行所述方法。

21.一種識(shí)別與核糖開(kāi)關(guān)相互作用的化合物的方法，包括將核糖開(kāi)關(guān)與待測(cè)化合物相接觸，其中在核糖開(kāi)關(guān)與待測(cè)化合物相互作用時(shí)產(chǎn)生熒光信號(hào)。

22.一種識(shí)別與核糖開(kāi)關(guān)相互作用的化合物的方法，包括：

(a)識(shí)別核糖開(kāi)關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)；

(b)對(duì)核糖開(kāi)關(guān)和待測(cè)化合物進(jìn)行建模；和

(c)測(cè)定待測(cè)化合物是否與核糖開(kāi)關(guān)相互作用。

23.根據(jù)權(quán)利要求22的方法，其中所述核糖開(kāi)關(guān)為鳥(niǎo)嘌呤核糖開(kāi)關(guān)。

24.根據(jù)權(quán)利要求23的方法，其中所述鳥(niǎo)嘌呤核糖開(kāi)關(guān)為表5中的核糖開(kāi)關(guān)。

25.一種可調(diào)節(jié)的基因表達(dá)構(gòu)建體，包括編碼RNA的核酸分子，所述RNA包括與編碼區(qū)域可操作地連接的核糖開(kāi)關(guān)，其中所述核糖開(kāi)關(guān)為表5中的核糖開(kāi)關(guān)，其中所述核糖開(kāi)關(guān)調(diào)節(jié)RNA的表達(dá)，其中所述核糖開(kāi)關(guān)和編碼區(qū)域?yàn)楫愒吹摹?/p>

26.根據(jù)權(quán)利要求25的基因表達(dá)構(gòu)建體，其中所述核糖開(kāi)關(guān)被觸發(fā)分子所激活，其中所述核糖開(kāi)關(guān)在被觸發(fā)分子激活時(shí)產(chǎn)生信號(hào)。

27.一種檢測(cè)目的化合物的方法，所述方法包括使樣本與核糖開(kāi)關(guān)相接觸，其中所述核糖開(kāi)關(guān)為表5中的核糖開(kāi)關(guān)，其中所述核糖開(kāi)關(guān)被目的化合物所激活，其中所述核糖開(kāi)關(guān)在被目的化合物激活時(shí)產(chǎn)生信號(hào)，其中所述核糖開(kāi)關(guān)在樣本中含有目的化合物時(shí)產(chǎn)生信號(hào)。