[發(fā)明專利]誘導(dǎo)型異源雙鏈產(chǎn)生子的改進(jìn)

無效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200580034310.4
• 申請(qǐng)日: 2005-10-10
• 公開（公告）號(hào): CN101146913A
• 公開（公告）日: 2008-03-19
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: L·A·蒂利
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: IHG法瑪柯有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 永新專利商標(biāo)代理有限公司
• 代理人: 林曉紅

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及誘導(dǎo)型異源雙鏈產(chǎn)生子(induced?heteroduplex?generator，IHG)分子，其提供了對(duì)現(xiàn)有技術(shù)中已知的此類分子的改進(jìn)。本發(fā)明進(jìn)一步涉及用于在本發(fā)明改進(jìn)的IHG和靶基因組DNA序列之間形成誘導(dǎo)型異源雙鏈的方法，以及涉及所述的誘導(dǎo)型異源雙鏈用于對(duì)動(dòng)物(例如哺乳動(dòng)物)、植物、病毒或細(xì)菌的DNA、通常是人DNA中的突變進(jìn)行基因型分型(genotyping)的分析方法。因此，本發(fā)明可被用于，例如，關(guān)于與遺傳性疾病相關(guān)的基因中的多態(tài)性和突變(例如囊性纖維化(CFTR基因)、苯丙酮酸尿癥(PAH基因)、鐮刀形紅細(xì)胞病和β-地中海貧血病(HBB基因)，以及致癌基因和腫瘤抑制基因中的體細(xì)胞突變。本發(fā)明也涉及包含本發(fā)明的誘導(dǎo)型異源雙鏈產(chǎn)生子的試劑盒，所述試劑盒可用于分析基因組DNA序列的方法中。

背景技術(shù)

在生物體的基因組中檢測(cè)DNA序列變異的能力(為了方便起見，以下簡(jiǎn)稱“多態(tài)性”，但沒有限制作用)，已經(jīng)成為診斷疾病和病癥中、以及預(yù)測(cè)對(duì)治療方案的反應(yīng)中的重要工具。使用早期變異檢測(cè)法，越來越可能在身體表現(xiàn)癥狀之前就診斷和治療、甚至預(yù)防疾病或病癥的發(fā)生。而且，變異檢測(cè)法可成為有用的研究工具，因?yàn)樗蓪?dǎo)致發(fā)現(xiàn)病癥的遺傳基礎(chǔ)，而所述的病癥原因迄今不為人所知或被認(rèn)為是非遺傳性的。

序列變異可以是很多不同的形式。例如，可以通過在基因的特定位點(diǎn)上將一個(gè)或多個(gè)核苷酸殘基取代為數(shù)目相同的其它核苷酸來產(chǎn)生變異。另一個(gè)實(shí)例是在基因的特定位點(diǎn)上缺失一個(gè)或多個(gè)核苷酸。另一個(gè)實(shí)例是在基因的特定位點(diǎn)上插入一個(gè)或多個(gè)額外的核苷酸。也可以是取代、缺失和插入的組合。序列變異的常見類型是單核苷酸多態(tài)性或SNP。SNP涉及在基因的特定位點(diǎn)上一個(gè)核苷酸殘基對(duì)另一個(gè)核苷酸的取代。雖然每個(gè)SNP僅涉及一個(gè)核苷酸，但是單個(gè)基因可包含很多SNP。

鑒定物種或者該物種的個(gè)體的特定基因是否含有序列變異，稱為基因型分型。所以，全長(zhǎng)測(cè)序是實(shí)現(xiàn)基因型分型的方法，但其耗時(shí)耗力并且效率極低。

在現(xiàn)有技術(shù)中已知的可選擇性基因型分型法利用了所謂的誘導(dǎo)型異源雙鏈產(chǎn)生子(以前也稱為通用異源雙鏈產(chǎn)生子，并在下文中用術(shù)語(yǔ)“IHG”來指代)。它們是模擬基因組DNA序列的合成DNA序列，但其含有與在基因組DNA內(nèi)已知的多態(tài)性位點(diǎn)相對(duì)的核苷酸位置上和(在現(xiàn)有技術(shù)中)與之相鄰的(即直接相鄰)核苷酸位置上遺傳工程化引入的受控的核苷酸取代、缺失、插入或其組合(統(tǒng)稱為“識(shí)別標(biāo)記(identifier)”)。為了檢測(cè)基因組DNA中的序列變異，分別用相同的基因座特異性PCR引物來擴(kuò)增IHG和基因組DNA序列，隨后通過加熱和緩慢冷卻來使相應(yīng)的PCR產(chǎn)物彼此雜交來產(chǎn)生DNA異源雙鏈。然后，例如通過非變性的聚丙烯酰胺微型膠電泳，來分辨(resolve)所產(chǎn)生的異源雙鏈。根據(jù)在IHG和基因組DNA之間錯(cuò)配的數(shù)目、類型和位置，產(chǎn)生以不同速率遷移的不同異源雙鏈，因此產(chǎn)生了不同等位基因的特征性條帶圖。

下列參考文獻(xiàn)論述了誘導(dǎo)型異源雙鏈產(chǎn)生子的用途：

1.Bidwell，JL，Clay，TM，Wood，NAP，Pursall，MC，Martin，AF，Bradley，BA?andHui，KM(1993)Rapid?HLA-DR-Dw?and?DP?matching?by?PCR?fingerprinting?and?relatedDNA?heteroduplex?technologies，pp?99-116?in：Handbook?of?HLA?Typing?Techniques[EdsKM?Hui&JL?Bidwell]CRC?Press：Boca?Raton，F(xiàn)lorida.

2.Wood，N，Tyfield，L，Bidwell，J(1993)Rapid?classification?of?phenylketonuriagenotypes?by?analysis?of?heteroduplexes?generated?by?PCR-amplifiable?synthetic?DNA.Human?Mutation?2：131-137.