[發明專利]植物組學：涉及草藥組合物的基于基因組的方法

無效

• 申請號: 01802006.2
• 申請日: 2001-03-09
• 公開（公告）號: CN1386135A
• 公開（公告）日: 2002-12-18
• 發明（設計）人: 龔忠恕;白果能;李御賢;佘玉萍;鄭永齊
• 申請（專利權）人: 耶魯大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/00
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司
• 代理人: 張廣育,楊九昌

1、一種建立草藥組合物的標準化草藥生物應答陣列(HBR陣列)的方法，該方法包括：

d)選出特征化的草藥組合物；

e)使生物系統與一批特征化的草藥組合物接觸并收集關于兩種或多種標志的數據，其中標志之一是通過使用核酸微陣列確定的基因表達的變化，是通過下列步驟產生的：

iv)生成一個細胞庫系統；

v)描繪來自與草藥組合物接觸前后的細胞庫系統的細胞的基因表達圖形；

vi)選出表達水平因與草藥組合物接觸而發生變化的那些基因作為標志；

f)將步驟b)的標志數據儲存起來作為標準化HBR陣列。

2、權利要求1的方法，它進一步包括：

g)使用兩種或多種與在步驟b)中用的相同或不同的標志對更多批次的草藥組合物重復步驟b)和c)；

h)將在步驟c)和d)中得到的HBR陣列結合在一起；和

i)分析步驟e)的合并后的HBR陣列，生成特征化草藥組合物的標準化HBR陣列。

3、權利要求1或2的方法，其中特征化草藥組合物具有至少一種已知的生物應答。

4、權利要求1或2的方法，其中對于特征化草藥組合物已知下列一項或多項：化學測試、所用的植物部分、該特征化草藥組合物中的一種或多種單個草藥的生長條件、該特征化草藥組合物中的一種或多種單個草藥的收獲前處理情況、該特征化草藥組合物中的一種或多種單個草藥的收獲后處理情況、該特征化草藥組合物的收獲后處理情況、以及該草藥組合物中單個草藥的相對比例。

5、權利要求1或2的方法，其中細胞庫系統包括一個主細胞庫和一個工作細胞庫。

6、權利要求5的方法，其中工作細胞庫的細胞從主細胞庫得到。

7、權利要求5的方法，其中使用來自工作細胞庫的細胞對來自與草藥組合物接觸前后的細胞庫系統的細胞的基因表達圖形加以描繪。

8、權利要求1或2的方法，其中基因表達的變化用核酸微陣列測定。

9、權利要求8的方法，其中所述表達水平因與草藥組合物接觸而發生變化的基因在以下標準的基礎上進行選擇：在核酸微陣列中的信噪比約為2.5或更高，和差別表達率的變化約為1.5或更高。

10、權利要求8的方法，其中儲存有關表達水平發生了變化的約10至約20000個基因的數據作為HBR陣列的一部分。

11、權利要求10的方法，其中儲存有關表達水平發生了變化的約10至約1500個基因的數據作為HBR陣列的一部分。

12、一種評估草藥組合物的方法，該方法包括：

a)使生物系統與一批草藥組合物接觸并收集關于兩種或多種標志的數據，其中標志之一是通過使用核酸微陣列確定的基因表達的變化，是通過下列步驟產生的：

i)生成一個細胞庫系統；

ii)描繪來自與草藥組合物接觸前后的細胞庫系統的細胞的基因表達圖形；

iii)選出表達水平因與草藥組合物接觸而發生變化的那些基因作為標志；

b)將收集的標志數據與標準化HBR陣列對比，比較與批量草藥組合物相同或基本相同的草藥組合物，其中標準化HBR陣列含有關于基因表達的標志數據之一。

13、確定草藥組合物是否滿足標準規范的方法，該方法包括：

a)使生物系統與一批草藥組合物接觸并收集關于兩種或多種標志的數據，其中標志之一是通過使用核酸微陣列確定的基因表達的變化，是通過下列步驟產生的：

i)生成一個細胞庫系統；

ii)描繪來自與草藥組合物接觸前后的細胞庫系統的細胞的基因表達圖形；

iii)選出表達水平因與草藥組合物接觸而發生變化的那些基因作為標志；

b)將收集的標志數據與標準化HBR陣列對比，比較與批量草藥組合物相同或基本相同的草藥組合物，其中標準化HBR陣列含有關于基因表達的標志數據之一；和

c)確定在可接受的水平內具有與標準化HBR陣列類似的標志數據的草藥組合物。

14、權利要求13的方法，其中所述確定在可接受的水平內具有與標準化HBR陣列類似的標志數據的草藥組合物的步驟是定量或定性的測定。