[發明專利]具有光可裂解的鍵的富含對映體的化合物以及與其有關的方法

無效

• 申請號: 00812153.2
• 申請日: 2000-08-31
• 公開（公告）號: CN1371356A
• 公開（公告）日: 2002-09-25
• 發明（設計）人: B·M·斯凱德;S·J·法爾康布里奇;S·B·D·溫特;C·J·洛克
• 申請（專利權）人: 佳根基因組學公司
• 主分類號: C07C229/34
• 分類號: C07C229/34;C07C237/22;C07D211/64;C07F9/24;C07F9/141;C12P41/00
• 代理公司: 中國國際貿易促進委員會專利商標事務所
• 代理人: 李華英

本發明總的涉及富含對映體的化合物，具體地說，是具有一個或多個光可裂解的鍵的富含對映體的化合物，以及與其有關的方法，包括合成方法。

發明背景

盡管DNA的放射性標記和熒光標記已在分子生物學和遺傳學中廣泛地用于檢測目的，但對于高水平倍增來說標記物的數目太少，不適用于大規模、迅速地獲得數據。現已開發了由小分子的可裂解的質譜標記物(CMST)組成的一類新的標記物，并已用于單核苷酸多態性(SNP)基因型測定和基因表達測量應用(參見例如：PCT國際出版物WO?99/05319；WO?97/27331；WO?97/27327和WO?97/27325的一個方面)。該系統是基于CMST經由接頭、諸如光可裂解的接頭與寡核苷酸的共價連接。每個標記物具有對于指定的寡核苷酸序列來說特異性的不同的質量。例如，通過從寡核苷酸的光學裂解并同時用標準單四極質譜儀使用氣壓化學電離(APCI)進行檢測，來鑒定是否存在等位基因或被表達的序列。

本發明提供了有益的標記物，包括可通過質譜法檢測的標記物，以及它們的使用方法，正如本文中更充分公開的。

發明概述

本發明提供了具有光可裂解的鍵的富含對映體的化合物，以及用富含對映體的光可裂解的標記物制備標記分子的方法。本發明的優點包括在需要將結構上類似的標記分子的各個成員分離開這樣的情況下能夠得到單個的不同產物，以及如本文中更充分公開的其他相關優點。

在一個方面，本發明提供了式(1)或(II)化合物：

其中R¹選自鹵素和有機基團；R²和R³獨立地選自氫和具有大于15道爾頓的質量的有機基團，其中R²和R³可以合在一起構成羰基，或者可以在一個環狀結構中連接在一起；Z是不包括碳在內的(n+1)價的原子，其中n是大于0的整數；R⁴獨立地選自氫、鹵素和具有大于15道爾頓的質量的有機基團，條件是至少有一個R⁴(即R^4a)是具有大于100道爾頓的質量的有機基團；R⁵在各種存在情況下，獨立地為鹵素或具有小于500道爾頓的質量的有機基團；m選自0、1、2、3和4；其中若R²＝R³＝H，則當Z(R₄)_n是-NH(CO)-CH(iBu)-NH(CO)-(CH₂Ph或O-t-Bu)時R¹不是CO₂(H或CH₃)，而當Z是OH時R¹不是CH₂CO₂t-Bu；且其中若式(I)和(II)化合物均存在于混合物中，則該混合物中式(I)∶式(II)的摩爾比不是50∶50。

在本發明的不同實施方案中，Z是氮；R^4a是可利用質譜法檢測的；R²和R³各自為氫；R¹包含合成或天然的生物學物質(例如核酸、蛋白質或糖)；和/或R^4a具有小于10000道爾頓的質量和C_1-500N_0-100O_0-100S_0-10P_0-10H_αF_βI_δ的分子式，其中α、β和δ的總和足以使C、N、O、P和S原子的未得到滿足的化合價得到滿足。

在另一個實施方案中，R^4a具有化學式T²-(J-T³-)_p-；其中T²是由碳和一個或多個氫、氟、碘、氧、氮、硫和磷構成的、具有15-500道爾頓的質量的有機基團；T³是由碳和一個或多個氫、氟、碘、氧、氮、硫和磷構成的、具有50-1000道爾頓的質量的有機基團；J是直連鍵或選自酰胺、酯、胺、硫化物、醚、硫酯、二硫化物、硫醚、脲、硫脲、氨基甲酸酯、硫代氨基甲酸酯、席夫堿、還原席夫堿、亞胺、肟、腙、磷酸酯、膦酸酯、磷酰胺、膦酰胺、磺酸酯、氨磺酰或碳-碳鍵的官能團；p是1-50的整數，當n大于1時，各個T³和J獨立地進行選擇。