[發明專利]一種篩選差異水平基因轉移的方法

在審

• 申請號: 202310304550.1
• 申請日: 2023-03-24
• 公開（公告）號: CN116312812A
• 公開（公告）日: 2023-06-23
• 發明（設計）人: 王帥;趙梓丞;李靜
• 申請（專利權）人: 深圳百人科技有限公司
• 主分類號: G16B40/20
• 分類號: G16B40/20;G16B50/00;G16B50/10
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明公開了水平基因轉移技術領域的一種篩選差異水平基因轉移的方法，包括以下步驟：S1：收集并過濾樣本中所有HGT事件；S2：收集交換過基因的屬對；S3：篩選差異屬對，本發明的有益效果是：本發明涉及一種篩選差異水平基因轉移的方法，提出的尋找差異水平基因轉移的方法可以反映物種間的動態關系和相互作用。本發明包括選擇差異HGT，確定共享至少一個HGT斷點對的差異分類群對，用Python中的scipy模塊將這兩個向量與Wilcoxon秩和檢驗進行比較，并根據P值升序對分類群對進行排序來確定差異分類群對。同時我們也根據類似的方法尋找差異HGT斷點。

技術領域

本發明涉及水平基因轉移技術領域，具體為一種篩選差異水平基因轉移的方法。

背景技術

為了尋找宏基因組和人體表型的關聯，在case-control研究中，研究者在宏基因組中尋找差異物種、差異基因、差異代謝通路、差異SNV等。這些差異生物標記為研究組間差異、尋找表型和宏基因組的關聯性提供了重要作用。人們使用這種方式發現了多種致病的細菌或菌株，這對我們了解疾病的機理甚至治療手段，都有重要作用；

人體微生物是個復雜的動態系統，里面各個細菌之間都有頻繁的基因交換，這導致細菌的基因成分都在不停改變。然而差異物種、差異基因、差異代謝通路、差異SNV等特征難以反映物種間的動態關系和相互作用。水平基因轉移(HGT)是指微生物物種間的基因片段傳遞，它通過傳遞遺傳信息將不同的物種聯系在一起。

為此，我們提出一種篩選差異水平基因轉移的方法。

發明內容

本發明的目的在于提供一種篩選差異水平基因轉移的方法，以解決上述背景技術中提出的問題。

為實現上述目的，本發明提供如下技術方案：一種篩選差異水平基因轉移的方法，包括以下步驟：

S1：收集并過濾樣本中所有HGT事件；

S2：收集交換過基因的屬對；

S3：篩選差異屬對。

優選的，所述S1中把基因組分成長度為100個堿基對的區間，所定位區間的索引用來表示斷點的位置。

優選的，所述S2中確定至少共享一個HGT斷點對的差異分類群對，帶有HGT的基因組被注釋為不同的分類水平。一個分類群對代表至少一個HGT出現在兩個分類群的基因組之間，然后為每個屬對構建兩個二進制向量，以分別記錄其是否在樣本和對照中存在。

優選的，所述S3中用Python語言中的scipy模塊將這兩個向量用Wilcoxon秩和檢驗進行比較，并根據P值的升序對HGT進行排序，來選擇差異HGT。

優選的，將所述P值小于0.05的類群對選為差異類群對，將所述P值小于0.05的HGT斷點對表示為差異HGT斷點。

優選的，這些分類群可以在任何分類水平上進行注釋。

與現有技術相比，本發明的有益效果是：本發明涉及一種篩選差異水平基因轉移的方法，提出的尋找差異水平基因轉移的方法可以反映物種間的動態關系和相互作用。本發明包括選擇差異HGT，確定共享至少一個HGT斷點對的差異分類群對，用Python中的scipy模塊將這兩個向量與Wilcoxon秩和檢驗進行比較，并根據P值升序對分類群對進行排序來確定差異分類群對。同時我們也根據類似的方法尋找差異HGT斷點。

附圖說明

圖1為本發明流程示意圖。

具體實施方式

實施例一

請參閱圖1，本發明提供一種技術方案：

一種篩選差異水平基因轉移的方法，包括以下步驟：

S1：收集并過濾樣本中所有HGT事件；