[發明專利]一種包含55個高效能常染色體微單倍型的遺傳標記體系及其檢測引物和試劑盒

在審

• 申請號: 202310226027.1
• 申請日: 2023-03-09
• 公開（公告）號: CN116287308A
• 公開（公告）日: 2023-06-23
• 發明（設計）人: 梁偉波;屈勝秋;譚夢煜;薛佳銘;張冉冉;楊帆;呂梅勵;劉桂宏;鄭亞子;吳秋碩
• 申請（專利權）人: 四川大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 成都正德明志知識產權代理有限公司 51360
• 代理人: 張小娟

本發明公開了一種包含55個高效能常染色體微單倍型的遺傳標記體系及其檢測引物和試劑盒。遺傳標記體系包括位點mh01ZL?007、mh01ZL?008、mh01ZL?009、mh01ZL?010、mh01ZL?011、mh01ZL?012、mh01ZL?013、mh02ZL?006、mh02ZL?007、mh02ZL?008、mh02ZL?009、mh02ZL?010、mh03ZL?004、mh03ZL?005等共計55個位點，60對檢測引物如表2所示。本發明提供的遺傳標記組合能夠有效的用于法醫檢測，具有良好的重復性、極高的靈敏度、穩定性和高系統效能，且適用性廣，在混合樣本檢測、個體識別，親緣關系分析中具有很好的應用潛力，在實際檢案中具有極高的應用價值。

技術領域

本發明屬于法醫學鑒定技術領域，具體涉及一種包含55個高效能常染色體微單倍型的遺傳標記體系及其檢測引物和試劑盒。

背景技術

DNA混合物經常在犯罪現場提取到的一種含有兩個或兩個以上供者DNA的樣本。混合樣本中多個供者間的隨機擴增效應、等位基因丟失和等位基因共享常常使混合物的解釋復雜化。因此，在復雜混合物中提取有用的線索并減少其他因素的干擾一直是具有挑戰性的。2013年，Kidd等人首次提出了微單倍型(microhaplotype,MH)，是一種長度少于300個核苷酸的法醫遺傳標記，由兩個或兩個以上密切相關的單核苷酸多態性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)組成。MHs數量眾多，在基因組中分布廣泛，具有多態性高、突變重組率低、無stutter等特點，已成為復雜混合物分析的理想標記。目前，已有超過400個MHs被發表，Kidd等提出以有效等位基因數(effectivenumberofalleles，A_e)作為衡量MHs的混合DNA分析性能的參數，A_e的值越大，遺傳標記的多態性程度越高，越適合應用于混合樣本分析。但目前無論是Kidd團隊發表的微單倍型，還是后續其他團隊篩選的微單倍型遺傳標記，其微單倍型多態性仍不夠高，A_e值通常在3左右，對于復雜的混合樣本分析效果有限。

在篩選人類基因組中微單倍型的過程中，多個密切相關的SNPs之間可能存在一個或多個插入和刪除(insertionanddeletionpolymorphism,InDel)，且InDels的特征與SNPs相似。因此，建議在微單倍型的廣義定義中加入InDel，使其完整定義為一種長度少于300個核苷酸，由兩個或兩個以上緊密相連的SNPs/InDels組成的法醫學遺傳標記。使用包含InDel的廣義微單倍型遺傳標記，不僅保留了傳統定義下的MHs的優點，且擴大了篩選的位點數量，并大大增加MHs的多態性，有利于法醫實踐中DNA混合物的分析。因此，開發一套更高多態性的廣義微單倍型遺傳標記是混合DNA分析應用中所需要的。

發明內容

針對現有技術中的上述不足，本發明提供一種包含55個高效能常染色體微單倍型的遺傳標記體系及其檢測引物和試劑盒，本發明在傳統微單倍型篩選的基礎上，本發明將InDels納入微單倍型的定義中進行全基因組的篩選。該55個微單倍型具有極高的多態性、無擴增偏差、無stutter峰、片段短、擴增子短、突變率低、重組率低的優點。本發明提供的遺傳標記組合能夠有效的用于法醫檢測，具有良好的重復性、極高的靈敏度、穩定性和高系統效能，且適用性廣，在混合樣本檢測、個體識別，親緣關系分析中具有很好的應用潛力，在實際檢案中具有極高的應用價值。

為實現上述目的，本發明解決其技術問題所采用的技術方案是：

一種包含55個高效能常染色體微單倍型的遺傳標記體系，該遺傳標記體系包括的位點信息如下表1：

表1?55個微單倍型遺傳標記的具體信息