[發(fā)明專(zhuān)利]鑒別萱草屬品種的SSR分子標(biāo)記引物組合及其應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202211725805.3
• 申請(qǐng)日: 2022-12-30
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN116083629A
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-05-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳芬;馬麗;劉博;任靜
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院宿遷農(nóng)科所
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京華際知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11676
• 代理人: 王戰(zhàn)

本發(fā)明提供一種鑒別萱草屬品種的SSR分子標(biāo)記引物組合及其應(yīng)用，通過(guò)從萱草屬品種基因組數(shù)據(jù)中獨(dú)立開(kāi)發(fā)了SSR相關(guān)的分子標(biāo)記引物，對(duì)開(kāi)發(fā)的80對(duì)SSR引物進(jìn)行擴(kuò)增及多態(tài)性篩選，最終選擇11對(duì)引物進(jìn)行500個(gè)萱草品種的鑒定，結(jié)果驗(yàn)證11對(duì)引物組合多態(tài)性高、擴(kuò)增片段清晰、標(biāo)記穩(wěn)定，能對(duì)500個(gè)品種進(jìn)行區(qū)分鑒定。本發(fā)明開(kāi)發(fā)的11對(duì)引物組合可應(yīng)用于萱草屬種和品種鑒定、分子身份證構(gòu)建及遺傳多樣性分析等方面，同時(shí)是萱草核心種質(zhì)構(gòu)建、分子標(biāo)記輔助育種的良好工具，前景十分廣闊。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，涉及萱草屬微衛(wèi)星標(biāo)記引物組及其應(yīng)用，具體涉及利用萱草屬基因組序列開(kāi)發(fā)SSR核心引物組及在萱草屬品種鑒定、指紋圖譜構(gòu)建、遺傳多樣性分析評(píng)價(jià)方面的應(yīng)用。

背景技術(shù)

萱草屬為阿?；扑薷荼净ɑ?，自然種約為14個(gè)，我國(guó)分布最多，共有11個(gè)種，包括萱草、黃花菜、大苞萱草和多花萱草等。萱草屬植物適應(yīng)性強(qiáng)且易于雜交，目前已在美國(guó)萱草協(xié)會(huì)登錄近10萬(wàn)個(gè)園藝品種。但是，由于許多品種間形態(tài)相似性較高、品種來(lái)源記載不詳、同物異名與異物同名現(xiàn)象頻發(fā)，給生產(chǎn)和市場(chǎng)流通帶來(lái)了困難，缺乏快速準(zhǔn)確的鑒定方法。

傳統(tǒng)的植物品種鑒定方法包括性狀鑒定、顯微鑒定和理化鑒定。這些鑒定方法受植物生長(zhǎng)環(huán)境和加工工藝影響，在應(yīng)用方面存在占地大、耗時(shí)長(zhǎng)、工作量大且準(zhǔn)確度低等問(wèn)題。而利用分子技術(shù)進(jìn)行品種鑒定具有不受環(huán)境影響、快速高效、可用標(biāo)記多等優(yōu)點(diǎn)。研究人員利用AFLP、RAPD、ISSR和SSR分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)萱草屬植物的親緣關(guān)系及遺傳多樣性進(jìn)行分析(于曉英等，2002；洪亞輝等，2003；沈鵬等，2010；曹冬梅等，2011；朱華芳等，2009；黎海利，2009；沈鵬，2010；朱云華，2010)，開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記構(gòu)建了部分萱草屬種和園藝品種的種質(zhì)遺傳圖譜和分子標(biāo)識(shí)表。

但是萱草屬園藝品種繁多，現(xiàn)有的分子標(biāo)記分辨率分辨的群體較小，不足以鑒定區(qū)分全部品種，因此，持續(xù)不斷開(kāi)發(fā)新的分子標(biāo)記，對(duì)于萱草屬種和品種鑒定是非常必要的。SSR標(biāo)記因其多態(tài)性高、穩(wěn)定性好、多等位基因、共顯性、數(shù)量豐富、基因組覆蓋性好和操作簡(jiǎn)單等優(yōu)點(diǎn)(Powellet?al，1996)被廣泛應(yīng)用于遺傳多樣性及核心種質(zhì)構(gòu)建、品種指紋圖譜繪制、品種鑒定、遺傳圖譜、目的基因定位等領(lǐng)域。本研究從萱草屬基因組數(shù)據(jù)中開(kāi)發(fā)SSR相關(guān)分子標(biāo)記，并研究其在萱草屬品種鑒定中的應(yīng)用，對(duì)萱草屬種和萱草品種鑒定以及分子標(biāo)記輔助育種具有重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明為解決上述問(wèn)題，提供一種鑒別萱草屬品種的SSR分子標(biāo)記引物組合及其應(yīng)用。

本發(fā)明為實(shí)現(xiàn)上述目的，通過(guò)以下技術(shù)方案予以實(shí)現(xiàn)：一種鑒別萱草屬品種的SSR分子標(biāo)記引物，其特征在于，所述分子標(biāo)記引物包括如下11對(duì)，其正向引物和反向引物的核苷酸序列具體如下：

一種萱草SSR分子標(biāo)記的檢測(cè)方法，包括以下步驟：

(1)提取萱草基因組DNA；

(2)合成Xc1-Xc11所示的引物組，以步驟(1)提取的基因組DNA為模板，利用引物組進(jìn)行PCR擴(kuò)增獲得擴(kuò)增產(chǎn)物；

(3)對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行分離和多態(tài)性檢測(cè)。

作為本方案進(jìn)一步優(yōu)化，12.5ul所述PCR擴(kuò)增體系為：Template1ug，Primer1：0.5ul，Primer2：0.5ul；2×Taq?PCR?Mix：6.25ul；ddH2O：補(bǔ)至12.5ul。

作為本方案進(jìn)一步優(yōu)化，PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?1)94℃預(yù)變性3min，(2)94℃變性30sec，(3)Tm℃退火30sec，(4)72℃延伸1min，(5)返回第二步，重復(fù)29個(gè)循環(huán)，(6)4℃保存。

鑒別萱草屬品種的SSR分子標(biāo)記引物在萱草品種鑒定中的應(yīng)用。