[發明專利]抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法、CDK5藥物和抗腫瘤藥物

在審

• 申請號: 202211704705.2
• 申請日: 2022-12-29
• 公開（公告）號: CN115762634A
• 公開（公告）日: 2023-03-07
• 發明（設計）人: 呂欣;李雄浩
• 申請（專利權）人: 三亞希諾科技有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;A61K45/00;A61P35/00;G16B50/00
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法、CDK5藥物和抗腫瘤藥物，其特征在于，該方法以CDK5為靶點，所述抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法包括以下步驟：

S1：以CDK5為受體蛋白，對受體蛋白與配體的結合位點進行預測；

S2：對所述結合位點中自帶的配體進行形狀構建，通過構建得到的形狀對Specs數據庫進行匹配篩選，根據形狀得分對配體進行排序，并挑選出匹配排序靠前的配體；

S3：通過排序靠前的配體自帶的小分子定義結合口袋的位置坐標以及大小，將小分子數據庫和受體進行格式轉化，并對形狀篩選的結果進行分子對接；

S4：通過構象分析打分方式對對接構象進行排序，初步確定靶向CDK5藥物。

2.如權利要求1所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，步驟S2中，所述Specs數據庫為預先建立的資料庫，所述Specs數據庫內部儲存有所需配體資料以及小分子三維結構信息，用于三維形狀的匹配查詢。

3.如權利要求2所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，根據形狀得分對配體進行排序時，形狀得分為三維形狀匹配得分，所述三維形狀匹配得分與配體和CDK5構建的三維形狀匹配效果成正比。

4.如權利要求3所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，對所述結合位點中自帶的配體進行形狀構建時，三維形狀采用rdkit軟件構建，用于篩選出相似的三維形狀。

5.如權利要求1所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，步驟S2中，對結合位點使用rdkit進行基于形狀的虛擬篩選，通過陽性化合物的形狀對Specs數據庫進行形狀匹配篩選，根據形狀匹配得分對配體進行排序，并挑選出匹配排序靠前的配體。

6.如權利要求5所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，步驟S3中，對結合位點通過watvina進行分子對接的虛擬篩選，通過基于形狀的虛擬篩選結果進行分子對接篩選，根據分子對接得分對配體進行排序，并挑選出匹配排序靠前的配體。

7.如權利要求6所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，步驟S3中，將小分子數據庫和受體轉化為PDBQT格式，并通過watvina對形狀篩選的結果進行分子對接；所述分子對接以自帶的原配體為中心定義結合口袋，并使用watvina進行基于半柔性分子對接。

8.如權利要求7所述的以CDK5為靶點的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法，其特征在于，步驟S4中，通過構象分析打分方式對對接構象進行排序時，構象分析打分的分值與分子對接效果成反比。

9.一種CDK5藥物，其特征在于，由如權利要求1-8任一項所述的抗腫瘤藥物的虛擬篩選方法篩選得到，所述CDK5藥物為初步確定靶向CDK5抑制劑。

10.一種抗腫瘤藥物，其特征在于，其含有權利要求9所述的CDK5藥物。