[發明專利]一種與豬體長相關的SNP分子標記及其擴增引物和應用

在審

• 申請號: 202210991808.5
• 申請日: 2022-08-17
• 公開（公告）號: CN116004843A
• 公開（公告）日: 2023-04-25
• 發明（設計）人: 方美英;雒亞彪;薛明明;湯啟國;何帥涵;許橋;楊曉陽
• 申請（專利權）人: 三亞中國農業大學研究院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 王歡

本發明公開了一種與豬體長相關的SNP分子標記及其擴增引物和應用。該分子標記位于豬HHEX基因的5’UTR區前的啟動子區第?416位堿基和?288位堿基(以ATG前的第一個堿基為?1)，分別存在C?T突變和G?A突變，且完全連鎖。本發明首次發掘了豬HHEX基因中的一對完全連鎖SNP分子標記與豬的體長性狀相關，因此可用于豬標記輔助選擇育種，即提供了豬HHEX基因中一對完全連鎖SNP分子標記在豬體長性狀的標記輔助育種的新用途，實現了對豬體長性狀的早期篩選，篩選方法簡單快速。

技術領域

本發明涉及分子標記技術領域，尤其涉及一種與豬體長相關的SNP分子標記及其擴增引物和應用。

背景技術

我國是世界第一大豬生產和消費大國，豬肉在我國肉類消費中占比長期保持60％以上。體長性狀是物種進化過程中最重要的數量性狀之一，其在物種間以及物種內不同品種間均存在較大差異。已有研究表明體長性狀遺傳力為0.29-0.55，是中等以上遺傳力性狀，生物體的生長發育、健康以及疾病等正相關，是一個受多因素作用的綜合復雜性狀。在農用經濟動物中，體長性狀與動物的產肉量息息相關，因此一直是家畜養殖業的重要改良性狀之一。研發出快速、簡便、有效的豬體長性狀的分子遺傳標記，可以應用于大群體的檢測，進行早期選種選育，增加體長的選擇壓，加快遺傳改良工作進程。

HHEX(Hematopoietically?expressed?homeoboxprotein，造血表達同源框蛋白)是一種含DNA結合同源域的分歧同源蛋白類轉錄因子。研究顯示，HHEX是一種在造血細胞、血管系統、肝臟、甲狀腺、心臟、胰腺和皮膚發育過程中，通過調控細胞的增殖和分化而形成正常形態的關鍵轉錄因子。在軟骨細胞中研究發現，HHEX在小鼠軟骨細胞分化過程中可促進軟骨細胞標志因子X型膠原蛋白(COL10)的表達，從而影響軟骨發育。而軟骨發育與體長性狀直接相關，說明HHEX基因在體長發育中起到關鍵性的作用。HHEX及其家族成員在小鼠模型上的功能研究較為透徹，而在豬上的功能至今仍未有報道。此外，豬HHEX基因中是否存在于可用于豬體長性狀選育的分子標記也尚不清楚。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了一種與豬體長相關的SNP分子標記及其擴增引物和應用。

本發明的第一個目的在于提供與豬體長性狀相關的SNP分子標記。

本發明的第二個目的是提供檢測該SNP分子標記的引物、試劑盒。

本發明的第三個目的是提供上述SNP分子標記、引物和試劑盒在選育長體長豬種中的應用。

本發明的第四個目的是提供利用所述的SNP分子標記鑒定豬體長的方法以及豬品種改良育種的方法。

本發明的目的是通過以下技術方案實現的：

首先以10頭五指山豬和10頭大白豬基因組為模板，利用PCR技術混池測序了豬HHEX基因啟動子區段部分堿基序列，通過對HHEX基因的部分區段的序列分析，序列結果采用chromasPro?v1.41軟件進行分析尋找SNP突變位點，篩選出影響豬體長性狀的SNP位點，發現在HHEX基因的5’UTR區前的啟動子區第-416位堿基和-288位堿基(以ATG前的第一個堿基為-1)分別存在C-T突變和G-A突變，且完全連鎖。