[發明專利]一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17K SNP測序分型芯片及應用在審
| 申請號： | 202210732402.5 | 申請日： | 2022-06-24 |
| 公開（公告）號： | CN115287364A | 公開（公告）日： | 2022-11-04 |
| 發明（設計）人： | 胡曉湘;王宇哲;朱迪;任江麗;李寧 | 申請（專利權）人： | 中國農業大學 |
| 主分類號： | C12Q1/6888 | 分類號： | C12Q1/6888;C12Q1/6874;G16B20/20;G16B20/30;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京衛平智業專利代理事務所(普通合伙) 11392 | 代理人： | 閆萍 |
| 地址： | 100193 *** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 種豬 公斤 體重 性狀 育種 17 snp 測序分型 芯片 應用 | ||
1.一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17K SNP測序分型芯片，其特征在于，包含16932個SNP位點。
2.一種權利要求1所述的一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17KSNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于，包括以下步驟：
步驟1，對豬樣本群體中的每個個體基因組DNA進行低深度重測序，測序深度為0.4×-0.8×/樣本；
步驟2，基于步驟1得到的測序數據進行基因組SNP標記檢測，鑒定上述豬樣本群體中的多態位點，并對多態位點進行基因分型，得到全基因組SNP；
步驟3，對豬群體中的個體在85-130kg范圍內進行稱重，按照下式(1)矯正得到達百公斤體重日齡表型，其中數值A取決于品種和性別，剔除離群值；
步驟4，在經步驟3剔除了離群值的豬群體中隨機選出固定數量的個體作為發現群體，基于上述發現群體對步驟3得到的剔除了離群值的豬達百公斤體重日齡表型進行全基因組關聯分析，篩選與豬達百公斤體重日齡相關的功能位點；
步驟5，篩選出基因組骨架位點，以用于捕獲除主效位點外其他基因組效應；
步驟6，合并步驟4得到的與豬達百公斤體重日齡相關的功能位點和步驟5得到的基因組骨架位點，得到豬達百公斤體重日齡性狀特異的16932個標記集合，生成最終的豬達百公斤體重日齡性狀育種17K SNP測序分型芯片。
3.如權利要求2所述的一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17K SNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于：
步驟2中所述鑒定多態位點的位點過濾參數為：估計最小等位基因頻率EAF＞0.01，測序深度≥1.5IQR；
步驟2中所述對多態位點進行基因分型，其分型結果的過濾參數為：最小等位基因頻率MAF＞0.01，填充信息得分INFO SCORE＞0.4。
4.如權利要求2所述的一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17KSNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于：
步驟4中所述篩選與豬達百公斤體重日齡性狀相關的功能位點的篩選標準為P＜0.0001。
5.如權利要求2所述的一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17KSNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于：
步驟5中所述篩選出基因組骨架位點的具體步驟為：對步驟2中得到的全基因組SNP進行LD過濾，過濾條件為：以1000bp為窗口長度，窗口內部兩兩SNP位點的LD r2值大于0.25時刪除其中一個位點，最終得到基因組骨架位點。
6.一種權利要求1所述的一種豬達百公斤體重日齡性狀育種17KSNP測序分型芯片的應用，其特征在于，包括如下步驟：
步驟1，建立參考群體，利用所述測序分型芯片獲得參考群體中每個個體的基因型數據，同時記錄上述參考群體表型數據，通過合適的統計模型可以估計出每個SNP或不同染色體片段的效應值；
步驟2，然后對候選群體的每個個體，利用所述測序分型芯片方法進行基因分型，利用參考群體中估計得到的SNP效應值來計算候選群體中每個個體的基因組估計育種值；
步驟3，根據育種值的排名對優秀個體進行選留。
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