[發明專利]一種檢測ctDNA的恒溫無酶系統的構建及其應用

在審

• 申請號: 202210388045.5
• 申請日: 2022-04-14
• 公開（公告）號: CN114774543A
• 公開（公告）日: 2022-07-22
• 發明（設計）人: 譚凱月;鄒麗麗;呂倩;楊澤銳
• 申請（專利權）人: 廣東省科學院生物與醫學工程研究所
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 齊鍵

1.一種ctDNA檢測探針組，其特征在于，所述ctDNA檢測探針組包括發夾序列組和報告序列組；

所述發夾序列組包括發夾序列H₁和發夾序列H₂；

所述發夾序列H₁包括序列A，序列B，序列C和序列D；

所述序列A和序列B靶向結合目標ctDNA；

所述發夾序列H₂包括序列E和序列F；所述序列E與所述序列B和序列C互補配對，且序列C的堿基數大于序列A的堿基數；

所述發夾序列H₁和發夾序列H₂在目標ctDNA的引發下，相互雜交形成穩定的雙鏈DNA復合物；

所述報告序列組包括Reporter-F和Reporter-Q；

所述Reporter-F與Reporter-Q互補配對；

所述Reporter-F與所述序列D互補配對，且配對堿基數大于與Reporter-Q的配對堿基數。

2.根據權利要求1所述的ctDNA檢測探針組，其特征在于，所述ctDNA為乳腺癌ctDNA。

3.根據權利要求2所述的ctDNA檢測探針組，其特征在于，所述ctDNA的核苷酸序列為：5’-CTCAGTGATTTTAGAGAGAGGAT-3’。

4.根據權利要求1所述的ctDNA檢測探針組，其特征在于，

所述發夾序列H₁的核苷酸序列為：5’-ATCCTCTCTCTAAAATCACTGAGCCATGTGTAGACTCAGTGATTTTAGACCTTGTCATAGAGCAC-3’；

所述發夾序列H₂的核苷酸序列為：5’-TCACTGAGTCTACACATGGCTCAGTGATTTTAGACCATGTGTAGA-3’；

所述Reporter-F的核苷酸序列為：5’-CGAGTGCTCTATGACAAGGTCTAAAA-3’；

所述Reporter-Q的核苷酸序列為：5’-CCTTGTCATAGAGCACTCG-3’。

5.根據權利要求1所述的ctDNA檢測探針組，其特征在于，所述Reporter-F與Reporter-Q中的一條連接有熒光基團，另一條連接有淬滅基團。

6.一種檢測試劑，其特征在于，所述檢測試劑中含有權利要求1～5中任一項所述的ctDNA檢測探針組。

7.權利要求1～5中任一項所述的ctDNA檢測探針組在制備ctDNA檢測產品中的應用。

8.根據權利要求7所述的應用，其特征在于，所述產品包括檢測試劑、檢測試劑盒、檢測芯片。

9.根據權利要求7所述的應用，其特征在于，所述ctDNA檢測產品的使用方法為：

(1)分別將權利要求1～5中的發夾序列H₁、發夾序列H₂和報告序列組退火，獲得具有折疊結構的發夾序列H₁和H₂、以及報告分子復合物；

(2)混合具有折疊結構的發夾序列H₁和H₂、以及報告分子復合物，加入檢測樣品，37±1℃下反應至少35min，對比反應前后的熒光強度變化，判斷檢測樣品中是否含有目標ctDNA。

10.根據權利要求8所述的應用，其特征在于，步驟(2)中的判斷標準為：

(1)若反應前后的熒光強度無顯著差異，則檢測樣品中不含目標ctDNA；

(2)若反應前后的熒光強度存在顯著差異，則檢測樣品中含有目標ctDNA。