[發(fā)明專利]一種膽道閉鎖潛在分子亞型及其核心基因的識別方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 202210368254.3 | 申請日： | 2022-04-08 |
| 公開（公告）號： | CN114783515A | 公開（公告）日： | 2022-07-22 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 洪貴妮;李紅東;陳治宏 | 申請（專利權(quán)）人： | 贛南醫(yī)學(xué)院 |
| 主分類號： | G16B20/30 | 分類號： | G16B20/30;G16H50/20;G06K9/62 |
| 代理公司： | 長沙國科天河知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 43225 | 代理人： | 彭小蘭 |
| 地址： | 341000 江*** | 國省代碼： | 江西;36 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 膽道 閉鎖 潛在 分子 及其 核心 基因 識別 方法 | ||
1.一種膽道閉鎖潛在分子亞型及其核心基因的識別方法，其特征在于，所述方法包括：
步驟A：從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫獲取膽道閉鎖組織原始表達(dá)譜數(shù)據(jù)，對所述表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理得到包含正常組織樣本、疾病組織樣本的背景基因；
步驟B：將背景基因兩兩組合，比較所述正常組織樣本、所述疾病組織樣本中基因?qū)Φ南鄬Ρ磉_(dá)秩次關(guān)系差異，確定具有潛在疾病分子亞型鑒別能力的基因?qū)?，根?jù)所述具有潛在疾病分子亞型鑒別能力的基因?qū)ψR別疾病分子亞型；
步驟C：基于預(yù)先設(shè)計的加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)提取所述疾病分子亞型相關(guān)的基因模塊作為候選模塊；
步驟D：對所述候選模塊內(nèi)的基因進(jìn)行蛋白與蛋白之間的互作分析，篩選得到核心基因。
2.根據(jù)權(quán)利要求1任意一個權(quán)利要求所述的方法，其特征在于，所述步驟A：從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫獲取膽道閉鎖組織原始表達(dá)譜數(shù)據(jù)，對所述表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理得到包含正常組織樣本、疾病組織樣本的背景基因，具體包括：
從GEO下載原始膽道閉鎖組織表達(dá)譜數(shù)據(jù)，利用R軟件Affy軟件包提供的RMA算法對其進(jìn)行背景校正，并利用平臺注釋文件將探針I(yè)D對應(yīng)到基因ID上。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟B：將背景基因兩兩組合，比較所述正常組織樣本、所述疾病組織樣本中基因?qū)Φ南鄬Ρ磉_(dá)秩次關(guān)系差異，確定具有潛在疾病分子亞型鑒別能力的基因?qū)?，根?jù)所述具有潛在疾病分子亞型鑒別能力的基因?qū)ψR別疾病分子亞型，具體包括：
步驟B1：基于基因?qū)χ袃苫虻幕虮磉_(dá)水平大小關(guān)系，篩選所述正常組織樣本中基因間表達(dá)穩(wěn)定的基因?qū)ψ鳛榉€(wěn)定基因?qū)Γ?/p>
步驟B2：基于所述穩(wěn)定基因?qū)υ诩膊〗M織樣本中相對表達(dá)秩次關(guān)系的改變情況，篩選所述疾病組織樣本中的逆轉(zhuǎn)基因?qū)Γ?/p>
步驟B3：基于所述逆轉(zhuǎn)基因?qū)υ诩膊颖局械南鄬Ρ磉_(dá)秩次關(guān)系，篩選得到具有潛在疾病分子亞型鑒別能力的基因?qū)Γ凰鼍哂袧撛诩膊》肿觼喰丸b別能力的基因?qū)M足逆轉(zhuǎn)對的秩次關(guān)系的改變只在部分疾病患者之中發(fā)生，同時逆轉(zhuǎn)對將疾病樣本分成兩組，且兩組間識別的差異基因存在生物學(xué)功能的擾動；
步驟B4：根據(jù)所述潛在疾病分子亞型鑒別能力的基因?qū)ψR別疾病分子亞型。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述步驟B1：基于基因?qū)χ袃苫虻幕虮磉_(dá)水平大小關(guān)系，篩選所述正常組織樣本中基因間表達(dá)穩(wěn)定的基因?qū)ψ鳛榉€(wěn)定基因?qū)?，具體包括：
將正常組織樣本中的背景基因兩兩組合，根據(jù)公式(1)，篩選滿足P(GiGj)≥0.9，的基因?qū)榉€(wěn)定基因?qū)Γ?/p>
其中n表示所有的正常樣本數(shù)，t代表第t個樣本，GiGj表示基因i和基因j的表達(dá)水平大小關(guān)系。
5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述步驟B2：基于所述穩(wěn)定基因?qū)υ诩膊〗M織樣本中相對表達(dá)秩次關(guān)系的改變情況，篩選所述疾病組織樣本中的逆轉(zhuǎn)基因?qū)?，具體包括：
基于正常組織樣本中得到的穩(wěn)定基因?qū)i，Gj，檢驗所述穩(wěn)定基因?qū)i，Gj間相對表達(dá)秩次關(guān)系在疾病樣本中的改變情況，利用Fisher精確檢驗，將滿足假陽性發(fā)現(xiàn)率FDR小于5％的基因?qū)Υ_定為逆轉(zhuǎn)基因?qū)Α?/p>
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